genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  50  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13719652--13719690	20	1.9	21	89	5	62	41	23	20	15	1.90
13728554--13728584	16	2.0	15	93	6	53	29	6	38	25	1.81
13732342--13732754	38	9.9	38	74	16	304	31	24	14	29	1.95
13732429--13732754	85	3.9	76	80	11	238	31	24	14	29	1.95
13732342--13732754	123	3.3	123	88	4	567	31	24	14	29	1.95
13732602--13732723	48	2.6	48	89	3	185	32	23	14	28	1.94
13732510--13732754	133	1.8	132	87	2	366	31	24	15	28	1.95
13738925--13739036	46	2.5	44	91	7	172	21	30	19	28	1.98
13738925--13739092	46	3.7	46	79	11	168	20	31	19	27	1.97
13741300--13741402	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
13749287--13749389	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
13754748--13754801	19	2.9	19	84	13	60	53	7	0	38	1.29
13759298--13759375	4	18.0	4	75	15	66	51	0	2	46	1.14
13759296--13759374	27	3.0	27	90	3	126	53	0	2	44	1.14
13772643--13772978	3	109.0	3	66	25	95	62	0	3	33	1.17
13772710--13772974	51	5.5	46	71	19	163	63	0	2	33	1.14
13772702--13772983	30	9.4	30	69	21	141	63	0	2	32	1.12
13774771--13775126	45	8.3	45	67	18	148	25	23	19	31	1.98
13774637--13775191	127	4.4	128	76	10	555	25	23	19	30	1.98
13774816--13775191	82	4.5	82	78	9	391	25	24	19	30	1.98
13774695--13775081	209	1.9	209	90	2	616	25	23	20	31	1.98
13782727--13783059	3	108.0	3	66	26	100	62	0	3	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13782746--13783004	30	8.9	28	71	18	158	62	0	3	33	1.16
13782732--13783066	20	16.5	20	67	23	120	62	0	2	33	1.16
13782732--13783060	156	2.1	155	79	13	342	63	0	3	32	1.16
13788610--13788643	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
13788721--13788767	20	2.4	19	86	10	60	68	4	4	23	1.26
13789006--13789049	24	1.9	22	86	9	61	29	22	2	45	1.65
13789837--13789885	19	2.7	18	81	12	55	42	2	6	48	1.39
13792520--13792600	40	2.0	40	100	0	162	19	19	14	45	1.85
13793086--13793118	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
13793548--13793693	53	2.8	53	89	0	229	32	13	28	26	1.93
13802810--13802843	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
13802921--13802967	20	2.4	19	86	10	60	68	4	4	23	1.26
13804043--13804091	19	2.7	18	81	12	55	42	2	6	48	1.39
13807251--13807283	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
13807713--13807858	53	2.8	53	86	0	211	34	13	26	26	1.93
13810497--13810524	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
13814489--13814688	40	5.0	40	84	3	251	23	19	29	29	1.98
13814485--13814696	80	2.7	80	85	6	295	23	19	28	28	1.98
13819695--13819735	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
13822630--13822662	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
13829118--13829158	20	2.0	20	85	4	55	9	21	0	68	1.18
13841947--13842161	49	4.4	49	96	0	376	28	9	33	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13842263--13842346	37	2.3	37	93	2	143	25	19	34	21	1.96
13845237--13845468	43	5.4	43	92	1	360	12	24	33	29	1.93
13845785--13845892	45	2.5	42	83	8	119	23	24	26	25	2.00
13847479--13847529	20	2.5	20	84	12	68	72	3	1	21	1.11
13847489--13847529	21	1.9	21	95	5	73	73	4	2	19	1.13
13848950--13848992	11	4.0	11	79	14	54	67	0	0	32	0.91
13849582--13849636	19	2.8	19	78	10	58	40	3	0	56	1.17
13850774--13850810	9	4.1	9	85	0	56	45	16	10	27	1.80
13851023--13851079	30	1.9	29	85	3	78	19	43	0	36	1.51
13851946--13852170	112	2.0	112	100	0	450	32	13	16	37	1.88
13856636--13856676	21	2.0	21	95	0	73	24	14	29	31	1.95
13856840--13856950	44	2.7	39	78	17	118	33	8	26	32	1.85
13859586--13859631	22	2.1	22	95	0	83	34	17	26	21	1.95
13859586--13859644	22	2.7	22	87	7	68	32	20	22	25	1.98
13863459--13863626	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
13863475--13863626	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
13871452--13871618	40	4.2	40	79	3	158	23	27	23	25	2.00
13876963--13877129	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
13876963--13877129	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
13884162--13884328	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
13884162--13884328	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
13897216--13897249	13	2.6	13	90	0	50	23	0	20	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13897387--13897426	21	1.9	21	90	10	64	32	42	5	20	1.73
13898401--13898439	17	2.4	16	84	12	53	5	25	0	69	1.09
13898919--13898982	22	3.0	22	77	9	69	48	1	0	50	1.10
13898902--13898992	38	2.3	40	81	9	109	51	1	2	45	1.20
13898902--13898995	39	2.4	38	82	8	111	52	1	2	44	1.20
13898933--13899006	27	2.8	25	78	13	78	55	1	0	43	1.08
13903601--13903768	40	4.2	40	76	7	162	26	23	26	23	2.00
13912694--13912796	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
13916587--13916613	14	1.9	14	100	0	54	22	14	22	40	1.90
13921652--13921809	27	5.9	27	77	0	118	27	18	14	39	1.89
13922231--13922331	27	3.7	27	84	4	105	27	22	14	34	1.94
13922258--13922411	27	5.7	27	75	1	94	28	24	13	33	1.93
13922287--13922419	54	2.4	54	86	1	176	27	26	13	33	1.94
13929640--13929666	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
13935310--13935479	46	3.7	45	75	7	162	22	29	20	28	1.98
13938040--13938302	47	5.5	48	72	12	204	26	20	30	22	1.99
13937988--13938305	47	6.7	49	72	12	198	27	20	29	22	1.98
13949593--13949710	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
13949561--13949724	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
13957165--13957282	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
13957133--13957296	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
13964626--13964665	21	2.0	21	85	5	55	30	27	32	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13965914--13966041	46	2.7	47	76	12	129	21	28	20	29	1.98
13968493--13968550	19	3.1	19	94	0	98	44	22	6	25	1.77
13972061--13972120	30	2.0	30	93	0	102	30	21	11	36	1.89
13981867--13981945	39	2.0	39	95	0	140	36	5	15	43	1.69
13981906--13982006	28	3.8	28	67	18	79	36	5	14	42	1.71
13981906--13982032	51	2.5	51	92	0	200	36	5	14	43	1.69
13981956--13982032	22	3.2	22	67	22	55	35	5	15	44	1.69
13984699--13984924	51	4.7	51	81	12	278	38	5	13	42	1.67
13984759--13984837	39	2.0	39	97	0	149	39	3	13	43	1.63
13984708--13984888	90	2.0	90	95	0	326	38	4	14	42	1.67
14004971--14005007	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
14006718--14006784	31	2.2	31	91	0	107	62	4	5	26	1.38
14006725--14006796	31	2.3	31	82	4	90	65	2	4	27	1.25
14009116--14009168	17	2.8	18	75	24	56	28	15	0	56	1.39
14009116--14009163	22	2.2	22	88	7	71	25	16	0	58	1.38
14009128--14009163	5	6.8	5	90	6	54	22	19	0	58	1.40
14009128--14009184	26	2.1	27	84	9	73	24	17	0	57	1.39
14009158--14009205	21	2.3	22	79	17	57	27	12	0	60	1.32
14009191--14009243	18	2.8	17	78	15	52	24	13	0	62	1.31
14009270--14009391	5	22.4	5	70	21	59	30	16	0	53	1.43
14009291--14009419	28	4.4	28	72	19	95	29	13	0	57	1.36
14009492--14009533	16	2.7	16	78	14	52	28	4	2	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14009724--14009791	5	12.6	5	75	14	55	20	22	0	57	1.41
14009723--14009791	22	3.1	21	77	8	57	20	21	0	57	1.40
14010801--14010828	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
14015152--14015211	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
14026743--14026901	39	4.1	39	96	0	282	27	20	28	23	1.99
14033257--14033298	22	1.9	22	90	9	68	38	2	23	35	1.68
14034575--14034694	39	3.1	39	91	0	186	29	20	26	24	1.99
14037798--14038168	108	3.3	110	80	8	410	33	19	19	28	1.96
14040126--14040163	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14040291--14040342	26	2.0	26	100	0	104	26	7	3	61	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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