Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  305  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95233428--95233528
19
5.4
18
75
22
93
67
0
0
30
1.04
95233706--95233870
10
16.7
10
67
13
65
30
4
1
63
1.26
95233708--95233784
21
3.8
20
72
16
59
31
7
0
61
1.25
95233780--95233831
19
2.7
20
85
5
63
23
3
3
69
1.22
95233817--95233891
20
3.8
19
77
18
82
32
0
4
64
1.12
95233817--95233891
9
7.8
9
79
10
62
32
0
4
64
1.12
95234451--95234505
23
2.4
23
100
0
110
40
7
0
52
1.29
95235966--95236013
24
2.0
25
83
4
62
60
2
0
37
1.09
95240210--95240270
20
3.0
20
90
0
95
27
6
22
42
1.78
95243236--95243265
15
2.1
15
93
6
53
36
26
6
30
1.82
95247417--95247550
41
3.2
41
70
15
130
28
28
17
26
1.97
95247373--95247606
84
2.8
84
90
0
380
27
28
17
27
1.97
95249484--95249513
15
2.1
15
93
6
53
36
26
6
30
1.82
95252728--95252908
40
4.6
40
88
4
260
24
20
29
24
1.99
95253510--95253587
38
2.1
38
100
0
156
26
12
20
39
1.89
95256610--95256663
26
2.1
26
96
0
99
51
12
14
20
1.75
95267653--95267679
13
2.1
13
100
0
54
22
37
25
14
1.93
95273986--95274112
45
2.8
45
79
2
148
24
13
25
36
1.92
95275250--95275368
29
4.2
30
75
12
108
26
31
15
27
1.95
95275252--95275364
58
2.0
57
82
8
140
24
31
15
27
1.96
95279072--95279152
42
1.9
42
82
5
101
25
19
30
23
1.98
95282895--95283195
154
2.0
154
88
0
449
41
17
16
24
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95286004--95286069
33
2.0
33
96
0
123
30
10
12
46
1.75
95286915--95287017
23
4.5
23
85
7
120
34
4
12
47
1.63
95286955--95287028
23
3.2
23
83
7
62
39
2
10
47
1.53
95286938--95287028
46
2.0
46
80
8
105
35
4
12
48
1.60
95289310--95289494
40
4.6
40
87
6
243
28
18
25
27
1.98
95295571--95295780
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
95302628--95302672
23
1.9
24
90
4
74
22
24
11
42
1.86
95302734--95302988
55
4.8
54
78
7
238
21
23
18
36
1.95
95302782--95302981
108
1.8
110
87
4
298
22
24
18
34
1.96
95309963--95310017
20
2.8
20
80
5
58
34
9
10
45
1.71
95316578--95316609
16
2.0
16
100
0
64
43
12
6
37
1.68
95318555--95318589
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
95320861--95321167
47
6.5
44
71
16
158
27
20
28
23
1.99
95320861--95321167
94
3.3
93
75
13
292
27
20
28
23
1.99
95328464--95328795
94
3.5
94
75
13
258
28
20
29
21
1.98
95328528--95328794
48
5.7
47
72
15
151
28
19
29
22
1.98
95328570--95328794
92
2.4
93
80
10
244
28
19
29
22
1.98
95331642--95331718
23
3.4
23
94
1
129
16
33
28
20
1.95
95334092--95334257
83
2.0
83
96
0
305
39
15
14
31
1.87
95341164--95341245
32
2.6
32
82
3
103
26
4
15
52
1.63
95342645--95342687
19
2.2
20
87
4
61
60
9
2
27
1.40
95347366--95347397
16
2.0
16
100
0
64
50
0
18
31
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95352062--95352197
50
2.8
48
86
6
170
22
29
19
28
1.98
95359608--95359827
50
4.7
46
75
15
168
24
27
19
28
1.99
95362420--95362447
5
5.6
5
100
0
56
82
0
0
17
0.68
95364209--95364281
38
2.0
35
85
15
96
38
4
9
47
1.55
95364594--95364628
2
17.5
2
87
0
52
48
2
2
45
1.32
95366043--95366102
30
2.0
30
93
0
102
36
11
18
33
1.87
95366196--95366233
20
1.9
20
100
0
76
47
0
2
50
1.15
95368495--95368619
27
4.6
27
81
4
126
28
7
20
43
1.78
95368449--95368619
27
6.3
27
77
6
112
30
7
18
43
1.78
95386780--95386843
30
2.2
29
88
2
101
34
23
17
25
1.96
95392430--95392563
52
2.5
55
80
3
148
37
20
22
20
1.95
95397703--95397763
30
2.0
30
84
6
79
31
24
6
37
1.81
95407928--95408071
27
5.3
27
84
5
150
39
19
11
29
1.87
95408315--95408423
50
2.2
50
93
0
182
23
21
30
24
1.99
95410946--95410983
6
6.5
6
81
6
51
15
2
2
78
0.97
95410939--95411004
29
2.2
29
76
12
71
22
4
3
69
1.20
95412773--95412817
19
2.3
20
78
17
51
42
4
6
46
1.50
95413051--95413163
21
5.5
21
68
13
65
14
0
34
50
1.49
95413218--95413249
15
2.1
15
94
0
55
65
0
6
28
1.16
95416032--95421931
105
56.4
105
82
10
6648
34
5
4
55
1.42
95417129--95417162
14
2.4
14
90
9
52
32
0
0
67
0.91
95417256--95417282
5
5.4
5
100
0
54
22
0
0
77
0.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95417558--95417596
5
8.0
5
82
5
53
25
0
0
74
0.82
95417669--95417701
10
3.4
10
83
8
50
33
0
0
66
0.92
95417971--95418021
11
4.4
11
75
20
50
35
0
0
64
0.94
95417975--95418021
24
1.9
24
86
4
67
34
0
0
65
0.93
95417973--95418010
14
3.0
13
88
11
53
36
0
0
63
0.95
95418085--95418109
12
2.1
12
100
0
50
32
0
0
68
0.90
95418307--95418351
14
3.1
14
78
6
54
28
0
0
71
0.87
95418643--95421928
202
15.9
203
81
12
3266
33
5
4
56
1.43
95418955--95419134
86
2.1
84
88
4
263
34
6
5
54
1.47
95419242--95419422
92
1.9
94
89
2
285
33
6
4
55
1.44
95420170--95420196
5
5.4
5
100
0
54
22
0
0
77
0.76
95420453--95420494
12
3.2
13
83
10
59
35
0
2
61
1.09
95420896--95420927
5
6.4
5
100
0
64
21
0
0
78
0.76
95420908--95421055
43
3.3
43
71
18
149
31
6
4
57
1.45
95420903--95421055
48
3.3
48
65
22
135
30
6
4
58
1.44
95421083--95421107
11
2.3
11
100
0
50
32
0
0
68
0.90
95421628--95421659
5
6.4
5
100
0
64
21
0
0
78
0.76
95422186--95422304
9
13.0
9
75
11
100
46
13
2
37
1.57
95422166--95422303
65
2.1
66
87
2
197
47
13
2
36
1.56
95427307--95427335
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
95428181--95428305
43
2.9
42
84
3
151
24
30
17
27
1.97
95428171--95428318
43
3.5
42
78
6
145
26
27
17
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95434960--95435056
42
2.3
42
83
3
115
17
32
26
22
1.96
95435046--95435084
12
3.2
12
100
0
78
15
23
33
28
1.95
95437258--95437455
40
4.9
40
90
4
278
27
21
25
25
1.99
95437258--95437483
40
5.7
40
87
7
173
27
21
25
25
1.99
95437258--95437490
120
1.9
120
81
10
280
27
21
25
25
1.99
95439603--95439655
22
2.5
22
75
3
54
20
33
26
18
1.96
95447730--95447779
26
1.9
26
87
0
73
18
24
22
36
1.95
95447829--95447883
24
2.3
24
80
0
65
14
27
23
34
1.94
95451773--95451841
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
95451764--95451851
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
95455632--95455733
20
5.2
20
67
4
64
34
16
31
17
1.93
95455614--95455674
19
3.2
19
69
4
50
36
14
31
18
1.91
95455663--95455723
19
3.2
19
71
2
50
32
18
32
16
1.93
95455594--95455792
39
5.1
39
83
0
227
32
17
32
17
1.94
95464746--95464894
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
95464787--95464894
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
95472846--95472994
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
95472887--95472994
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
95476919--95477077
43
3.7
43
74
9
135
30
15
23
31
1.95
95477857--95477911
22
2.5
22
82
8
67
21
1
29
47
1.61
95480254--95480336
41
2.0
41
92
0
139
27
9
27
34
1.88
95482277--95482314
20
1.9
20
88
0
58
34
7
13
44
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95487114--95487143
11
2.7
11
94
0
51
33
36
0
30
1.58
95493020--95493163
55
2.7
53
77
6
164
20
22
20
36
1.95
95495559--95495889
48
6.8
48
80
4
292
29
19
25
25
1.99
95503896--95504064
46
3.6
46
80
8
173
24
28
18
28
1.98
95504037--95504163
47
2.7
46
80
7
148
26
27
16
29
1.97
95503991--95504163
46
3.7
45
77
10
152
24
27
18
28
1.98
95506008--95506038
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
95506005--95506044
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
95506270--95506485
55
4.0
54
77
6
231
21
24
18
36
1.95
95510014--95510402
47
8.3
47
95
0
661
28
29
9
32
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433