genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  306  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95514036--95514299	40	6.7	39	88	4	379	24	29	22	23	1.99
95514040--95514295	80	3.2	80	94	2	430	24	29	22	23	1.99
95514353--95514427	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
95516847--95517187	47	7.3	47	94	0	576	28	29	9	32	1.88
95516847--95517187	187	1.8	188	93	0	594	28	29	9	32	1.88
95520820--95521080	39	6.7	39	86	5	359	24	29	21	23	1.99
95520824--95521076	77	3.2	79	92	2	406	24	29	22	23	1.99
95521134--95521208	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
95523612--95523948	47	7.3	47	93	2	540	29	29	8	32	1.87
95523733--95523807	22	3.3	22	65	17	62	25	30	12	32	1.92
95527039--95527167	40	3.2	40	82	5	156	22	24	29	23	1.99
95530605--95530790	48	3.9	48	88	1	241	26	17	25	30	1.97
95536347--95536469	40	3.1	40	83	2	149	30	22	24	22	1.99
95545267--95545292	9	2.9	9	100	0	52	46	23	19	11	1.82
95545506--95545621	58	2.0	58	98	0	223	37	8	18	36	1.81
95551096--95551142	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
95551186--95551247	18	3.3	18	88	4	88	37	11	17	33	1.86
95551292--95551462	24	7.0	24	88	4	227	30	21	20	27	1.98
95551293--95551442	50	3.0	50	91	3	250	32	20	19	28	1.97
95551292--95551448	74	2.1	72	90	3	242	31	21	20	27	1.98
95551293--95551462	48	3.5	48	90	4	252	30	21	20	27	1.98
95557891--95557939	25	2.0	25	88	8	73	30	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95557964--95558156	24	8.0	24	88	4	264	29	22	20	27	1.98
95563406--95563445	19	2.1	19	100	0	80	10	32	5	52	1.56
95564713--95564751	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
95564802--95564969	24	7.0	24	88	2	239	29	20	20	29	1.98
95582299--95582393	48	2.0	48	91	0	154	24	17	27	30	1.97
95588941--95589072	43	3.1	42	79	6	140	30	25	15	28	1.96
95592446--95592558	37	3.1	37	88	6	167	27	29	19	23	1.98
95592708--95592889	98	1.9	98	87	2	267	31	25	7	35	1.84
95592705--95592889	48	3.8	48	85	5	246	31	25	7	35	1.84
95592927--95593004	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
95592905--95593026	23	5.3	22	62	30	58	25	30	13	31	1.93
95592811--95593070	47	5.5	47	90	3	382	26	28	12	33	1.92
95598005--95598157	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
95598006--95598188	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
95603775--95603972	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
95603841--95603958	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
95603809--95603972	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
95607233--95607399	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
95608225--95608270	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95612015--95612167	39	3.9	39	88	0	225	24	19	31	24	1.98
95612016--95612198	39	4.6	39	86	0	222	24	21	30	24	1.99
95617070--95617149	40	2.0	40	92	0	133	11	30	23	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95629843--95630010	40	4.2	40	83	1	140	25	22	25	27	2.00
95637456--95637567	40	2.8	40	85	5	120	23	19	27	29	1.98
95637493--95637632	40	3.5	40	80	1	120	25	20	26	28	1.99
95639139--95639166	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
95642195--95642306	43	2.6	42	83	5	145	28	23	16	31	1.96
95644491--95644515	12	2.1	12	100	0	50	48	0	16	36	1.46
95645833--95645890	20	2.9	20	84	5	64	58	6	6	27	1.50
95645874--95646329	3	153.3	3	70	10	240	59	2	7	31	1.36
95645933--95645988	23	2.4	23	88	5	78	67	1	3	26	1.16
95647074--95647107	18	1.9	17	88	5	50	8	20	23	47	1.78
95647365--95647393	15	2.0	15	93	6	51	0	6	10	82	0.83
95668209--95668462	53	4.8	52	79	9	232	36	18	23	21	1.95
95668216--95668415	108	1.8	109	88	5	307	35	18	24	23	1.96
95668654--95668684	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
95674889--95675157	39	6.9	39	90	0	412	23	26	28	22	1.99
95679273--95679423	40	3.8	39	84	2	151	23	26	23	27	2.00
95679273--95679423	80	1.9	79	83	6	198	23	26	23	27	2.00
95687250--95687400	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00
95695051--95695214	40	4.2	40	78	6	158	23	27	22	26	2.00
95698723--95698874	40	3.8	40	76	6	139	27	23	26	23	2.00
95698760--95698890	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
95713258--95713371	37	3.1	37	91	2	176	26	32	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95713514--95714244	48	15.5	48	87	4	1049	31	24	6	37	1.81
95713860--95713932	35	2.1	35	97	0	137	36	26	2	34	1.71
95713812--95713980	83	2.0	83	98	0	329	33	25	4	36	1.77
95724545--95724603	29	2.1	28	96	3	109	8	38	20	32	1.83
95724545--95724611	29	2.3	29	90	7	93	8	37	22	31	1.85
95725921--95726138	40	5.4	40	88	1	249	23	22	27	26	2.00
95725932--95726178	120	2.1	120	80	2	273	25	21	26	26	2.00
95734884--95734937	21	2.6	20	79	5	54	27	5	5	61	1.41
95736728--95736784	20	2.8	20	71	7	53	29	1	0	68	1.00
95738693--95738736	3	14.7	3	95	0	79	36	0	31	31	1.58
95743699--95743871	83	2.1	83	93	0	292	36	26	7	29	1.84
95751699--95751738	20	2.0	21	85	5	55	40	0	0	60	0.97
95753362--95753417	20	2.8	20	74	15	53	33	1	1	62	1.16
95757224--95757307	26	3.2	26	94	3	143	35	3	23	36	1.73
95758924--95759090	27	6.2	27	88	2	219	19	23	22	34	1.96
95763216--95763345	40	3.2	40	81	4	156	24	28	23	23	2.00
95766249--95766357	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
95767795--95767870	26	2.8	26	88	4	98	34	21	13	31	1.91
95767973--95768139	27	6.2	27	89	2	228	19	24	22	34	1.97
95770376--95770426	20	2.5	20	90	6	77	27	13	17	41	1.87
95774843--95774989	43	3.5	42	83	3	179	30	28	17	23	1.97
95779087--95779117	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95780264--95780314	24	2.1	25	88	3	77	56	3	1	37	1.29
95780466--95780495	8	3.8	8	100	0	60	10	40	50	0	1.36
95780893--95780934	20	2.1	20	86	0	57	45	2	2	50	1.27
95783401--95783571	39	4.3	39	89	3	220	25	28	21	25	1.99
95783401--95783624	40	5.7	40	83	6	226	25	28	21	25	1.99
95786506--95786641	48	2.8	48	82	3	148	27	15	30	27	1.96
95786649--95786826	42	4.1	42	77	8	167	27	17	26	28	1.98
95786692--95786856	90	1.8	90	85	5	235	28	20	26	24	1.99
95786663--95786859	42	4.6	41	75	12	153	27	19	27	25	1.99
95791440--95791608	46	3.6	46	89	2	248	28	20	29	21	1.98
95791431--95791704	92	2.9	92	79	8	272	28	20	28	22	1.98
95791527--95791779	49	5.3	48	74	10	180	28	20	26	23	1.99
95798914--95798952	19	2.0	20	85	5	53	41	20	2	35	1.66
95799496--95799523	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
95811375--95811419	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
95814687--95814720	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
95815426--95815485	10	6.0	10	84	11	79	68	3	8	20	1.30
95819710--95819806	47	2.1	47	98	0	185	37	25	2	35	1.68
95821492--95821545	25	2.2	25	100	0	108	20	25	11	42	1.85
95831071--95831129	29	2.1	29	81	6	68	28	22	15	33	1.94
95831000--95831293	144	2.0	145	99	0	581	29	25	16	27	1.97
95831226--95831327	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95839065--95839123	29	2.1	29	81	6	68	28	22	15	33	1.94
95838994--95839288	145	2.0	145	100	0	590	29	25	16	27	1.97
95839221--95839322	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
95844861--95844911	19	2.8	19	85	11	63	19	3	0	76	0.94
95847329--95847544	47	4.6	46	85	2	279	25	28	11	33	1.91
95847343--95847414	22	3.1	22	67	18	56	23	30	9	36	1.87
95847352--95847426	22	3.3	21	68	17	60	25	30	10	33	1.90
95847344--95847544	94	2.1	94	90	0	312	24	28	12	33	1.92
95851228--95851569	79	4.3	78	82	9	288	25	28	22	24	2.00
95851223--95851574	119	2.9	119	82	11	391	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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