genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  145  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44863908--44864005	31	3.2	31	94	0	160	19	19	14	46	1.83
44863895--44864011	19	6.3	18	68	17	60	20	17	12	48	1.80
44863918--44864036	25	4.9	24	77	11	62	20	17	14	47	1.82
44865968--44866254	27	10.6	27	86	0	367	39	20	8	31	1.83
44865968--44866308	81	4.2	81	84	0	378	39	21	8	30	1.84
44865968--44866309	27	12.7	27	80	5	210	39	21	8	30	1.83
44865962--44866365	27	15.0	26	77	7	137	38	21	8	31	1.84
44866044--44866363	81	4.0	81	81	3	205	38	20	8	32	1.83
44866347--44866630	27	10.6	27	88	2	383	34	19	20	25	1.96
44867075--44867139	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
44867298--44867426	27	4.8	26	91	3	168	19	23	21	35	1.96
44867576--44867673	31	3.2	31	91	0	142	21	19	13	45	1.84
44867586--44867682	6	15.8	6	73	16	74	21	18	14	45	1.85
44868377--44868406	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
44870514--44870568	23	2.4	23	75	6	67	74	3	1	20	1.06
44884374--44884419	23	2.0	23	100	0	92	26	8	26	39	1.85
44886684--44886736	25	2.1	25	100	0	106	58	7	26	7	1.52
44887088--44887119	16	1.9	17	93	6	57	25	0	21	53	1.46
44895529--44895611	25	3.3	25	78	8	80	26	21	21	30	1.99
44896717--44896754	19	2.0	20	89	5	60	47	2	13	36	1.56
44898582--44898733	40	3.8	40	82	3	155	23	28	21	26	1.99
44908193--44908376	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44908233--44908421	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44909865--44910016	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
44912406--44912569	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44912406--44912603	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
44919987--44920150	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
44919987--44920184	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
44933777--44933884	43	2.6	42	77	10	105	29	23	21	25	1.99
44946422--44946722	27	11.1	27	85	4	383	28	22	8	40	1.84
44946424--44946722	81	3.7	81	87	2	431	28	22	8	40	1.83
44946727--44946921	27	7.2	27	84	2	230	34	18	20	26	1.95
44946727--44946922	54	3.6	54	85	2	259	34	18	19	26	1.96
44947124--44947202	27	2.9	27	86	3	97	21	21	22	34	1.97
44947291--44947349	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
44947730--44947891	6	26.8	6	76	15	156	20	17	12	48	1.80
44947705--44947891	85	2.2	85	95	0	329	21	17	12	48	1.80
44947705--44947912	30	7.1	30	81	11	207	21	17	12	48	1.80
44949819--44950004	50	3.7	50	78	8	207	26	18	25	29	1.98
44951776--44951876	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44951805--44951876	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44958019--44958178	29	5.5	30	87	8	195	33	13	25	27	1.94
44958048--44958178	59	2.3	57	92	5	210	34	14	25	25	1.94
44958048--44958178	29	4.5	29	92	4	203	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44963669--44963828	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
44963669--44963828	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
44968739--44968839	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
44968768--44968839	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
44970386--44970437	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
44975952--44976031	27	3.0	27	85	7	101	32	17	22	27	1.96
44976461--44976530	27	2.7	25	73	18	70	20	22	18	38	1.93
44976647--44976711	25	2.6	25	87	0	94	23	18	9	49	1.76
44976701--44976731	12	2.6	12	94	0	53	16	12	9	61	1.56
44978807--44978994	27	7.0	27	87	1	261	35	18	20	25	1.95
44979358--44979398	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
44979615--44979718	25	4.4	25	76	16	96	19	22	13	45	1.85
44979659--44979739	6	13.3	6	75	17	78	17	18	14	49	1.80
44979637--44979713	19	3.8	19	76	15	82	18	22	14	45	1.85
44979638--44979737	43	2.3	43	89	0	155	18	20	14	48	1.82
44984050--44984173	45	2.7	46	80	7	139	24	13	27	34	1.93
44986936--44987000	15	4.3	15	80	5	69	12	15	16	55	1.69
44986936--44987000	30	2.2	30	83	10	80	12	15	16	55	1.69
44991437--44991471	6	5.8	6	86	0	52	42	17	22	17	1.88
44991451--44991561	45	2.5	45	88	2	161	41	17	18	22	1.90
44991541--44991594	6	9.0	6	93	0	81	50	11	16	22	1.77
44991541--44991594	18	3.0	18	91	0	90	50	11	16	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44991785--44991852	21	3.3	21	68	15	61	39	20	8	30	1.83
44992799--44992856	24	2.4	24	83	11	66	27	15	5	51	1.64
45014874--45014933	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
45017318--45017369	6	8.7	6	91	0	77	44	15	23	17	1.86
45017349--45017453	45	2.3	45	83	3	131	42	17	17	22	1.88
45018281--45018338	30	1.9	30	89	0	89	39	8	22	29	1.84
45028150--45028207	31	1.9	30	86	10	82	36	12	1	50	1.50
45028812--45028846	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
45030973--45031158	40	4.7	40	84	6	193	25	20	26	26	1.99
45031026--45031181	80	2.0	79	80	11	176	27	19	26	26	1.99
45034338--45034677	51	6.7	51	76	5	271	27	18	23	30	1.98
45034338--45034570	100	2.3	102	88	1	344	27	18	23	29	1.98
45034287--45034728	151	2.9	151	81	6	491	26	17	24	31	1.97
45042165--45042294	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
45042181--45042331	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
45042165--45042331	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
45050187--45050316	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
45050203--45050353	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
45050187--45050353	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
45055588--45055772	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
45055581--45055772	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
45063613--45063797	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45063606--45063797	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
45071695--45071778	25	3.4	25	83	0	105	22	23	22	30	1.99
45071743--45071797	24	2.2	25	83	3	67	25	23	21	29	1.99
45075539--45075598	23	2.6	22	75	12	59	53	5	3	38	1.39
45082801--45082867	25	2.7	23	76	13	62	58	1	2	37	1.23
45083464--45083497	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
45083786--45083842	29	1.9	30	85	3	80	43	12	8	35	1.73
45092218--45092369	40	3.8	40	86	5	182	23	26	22	26	2.00
45100317--45100379	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
45103349--45103516	40	4.2	40	80	4	169	26	26	20	26	1.99
45103349--45103516	80	2.1	80	82	2	194	26	26	20	26	1.99
45114062--45114099	19	2.0	19	100	0	76	31	0	5	63	1.17
45120909--45120953	24	1.9	24	90	4	74	48	0	40	11	1.39
45125399--45125566	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
45125399--45125566	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
45133367--45133534	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
45133367--45133534	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
45144182--45144225	22	2.0	23	86	13	65	29	4	6	59	1.44
45151179--45151216	20	1.9	20	84	10	51	23	13	18	44	1.85
45166800--45166858	30	2.0	30	86	0	82	18	23	28	28	1.98
45167275--45167323	23	2.2	22	82	10	55	30	0	22	46	1.52
45195268--45195437	45	3.9	45	83	8	208	23	19	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45203681--45203842	45	3.7	44	88	3	236	25	20	28	25	1.99
45216317--45216494	40	4.5	40	86	3	218	24	29	23	23	1.99
45223111--45223162	21	2.5	21	82	14	72	32	0	21	46	1.52
45225802--45225849	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
45225893--45225950	20	2.9	20	92	0	98	36	12	20	31	1.89
45225897--45225950	11	5.3	11	70	17	53	37	12	20	29	1.90
45226001--45226073	23	3.1	23	92	7	121	28	21	20	28	1.98
45226000--45226094	24	4.0	24	86	12	133	28	22	22	27	1.99
45226288--45226351	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
45229890--45230012	52	2.4	52	90	2	185	34	15	25	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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