genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  329  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102918602--102918635	16	2.0	18	88	11	54	41	14	0	44	1.45
102935426--102935469	16	2.7	16	86	10	54	54	0	0	45	0.99
102937921--102937958	19	2.0	19	85	10	51	76	2	2	18	1.02
102938929--102939024	21	4.4	21	74	6	75	41	11	19	27	1.86
102940756--102940795	21	2.0	21	85	5	55	20	27	37	15	1.92
102957792--102958067	77	3.7	76	80	8	325	35	11	5	46	1.64
102957831--102958045	76	3.0	68	78	10	241	36	11	5	47	1.61
102957900--102958067	76	2.2	77	88	1	239	33	11	4	50	1.59
102965073--102965143	20	3.3	20	70	14	70	30	25	4	39	1.75
102965070--102965156	44	2.0	43	95	2	156	28	25	4	41	1.75
102966493--102966581	23	3.9	22	71	10	63	31	14	23	30	1.94
102971547--102971575	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
102971666--102971738	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
102980353--102980479	23	5.3	23	77	8	121	33	19	22	24	1.97
102980326--102980454	46	2.7	46	80	5	125	34	20	20	24	1.97
102980434--102980488	26	2.2	26	83	6	69	32	18	23	25	1.97
102981735--102981923	24	8.0	24	88	5	278	28	21	21	28	1.99
102981756--102981922	23	7.1	23	91	3	262	29	20	20	28	1.98
102981756--102981924	47	3.6	47	95	0	302	28	20	21	28	1.98
102981981--102982037	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
102981969--102982039	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
102981974--102982028	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102982076--102982123	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
102985916--102986018	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
102993954--102994056	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
103001168--103001356	24	8.0	24	90	5	296	28	21	22	28	1.99
103001189--103001355	23	7.1	23	93	3	280	28	20	22	28	1.99
103001189--103001357	47	3.6	47	98	0	320	28	20	22	28	1.99
103001414--103001470	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
103001402--103001472	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
103001407--103001461	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
103021512--103021539	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
103022902--103022946	22	2.0	22	83	8	56	42	13	4	40	1.64
103024664--103024836	46	3.8	45	76	10	179	21	19	30	29	1.97
103024657--103024829	93	1.9	93	93	0	301	21	20	30	28	1.98
103033061--103033103	21	2.0	20	86	8	59	79	0	9	11	0.95
103034078--103034102	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
103037089--103037138	20	2.5	20	80	3	64	14	12	10	64	1.51
103044912--103045018	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
103044950--103045014	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
103044952--103045012	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
103045034--103045067	12	2.9	12	95	4	61	61	0	0	38	0.96
103045371--103045451	35	2.3	36	95	2	146	35	14	12	37	1.84
103045371--103045459	17	4.9	19	86	10	134	35	15	11	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103045371--103045467	35	2.7	35	89	7	126	36	14	12	37	1.84
103045387--103045456	19	3.9	18	88	9	74	37	15	11	35	1.84
103045930--103046330	83	4.9	83	96	3	701	26	20	20	32	1.97
103046258--103046832	119	5.0	119	94	3	966	29	18	17	34	1.95
103046258--103046831	237	2.5	235	93	4	877	29	18	17	33	1.95
103047868--103047925	1	58.0	1	75	0	53	1	10	0	87	0.60
103047868--103047925	11	5.7	10	79	16	66	1	10	0	87	0.60
103047868--103047925	19	3.2	18	81	13	75	1	10	0	87	0.60
103055292--103055398	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
103055330--103055394	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
103055332--103055392	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
103055381--103055455	39	1.9	39	81	10	91	60	1	1	37	1.14
103055750--103055830	35	2.3	36	93	2	137	37	14	11	37	1.82
103055750--103055838	17	4.9	19	84	10	125	37	15	10	37	1.82
103055750--103055847	35	2.8	35	86	7	119	37	14	11	36	1.82
103055766--103055835	19	3.9	18	87	9	65	38	15	10	35	1.81
103061694--103061953	91	2.8	91	75	6	220	31	18	20	28	1.97
103065315--103065372	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
103071119--103071144	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
103071232--103071300	25	2.7	25	88	4	93	68	8	4	18	1.33
103075053--103075436	50	7.7	50	79	4	409	26	17	26	29	1.98
103075053--103075431	101	3.8	99	80	5	401	25	17	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103075054--103075427	151	2.5	149	90	3	601	25	18	26	29	1.98
103088164--103088224	22	2.8	21	78	9	50	49	3	0	47	1.18
103088353--103088437	21	4.0	19	72	20	62	36	1	2	60	1.18
103088357--103088437	11	7.6	10	78	9	63	37	1	2	59	1.19
103088733--103088764	15	2.1	15	94	0	55	59	15	0	25	1.36
103094169--103094199	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
103095630--103095698	28	2.4	29	76	9	70	46	4	1	47	1.31
103101499--103101565	28	2.4	29	80	9	86	58	1	7	32	1.35
103101508--103101568	29	2.1	28	85	8	79	60	0	8	31	1.26
103103261--103103591	44	7.4	44	72	11	156	29	22	18	29	1.97
103107550--103107662	52	2.2	52	98	0	217	16	25	34	23	1.95
103109098--103109315	39	5.6	39	89	0	310	38	23	24	12	1.90
103111966--103112027	15	4.1	15	91	0	88	51	16	16	16	1.77
103111959--103112029	30	2.3	30	80	2	79	52	16	16	14	1.76
103119775--103119857	3	27.0	3	95	4	148	66	0	0	33	0.92
103119923--103119989	28	2.4	29	80	9	86	58	1	7	32	1.35
103119932--103119992	29	2.1	28	85	8	79	60	0	8	31	1.26
103122606--103122641	18	1.9	19	88	5	56	75	2	16	5	1.12
103125465--103125540	38	2.1	35	83	11	91	67	9	1	22	1.27
103125646--103125700	18	2.9	19	78	13	60	56	0	7	36	1.27
103125682--103125744	19	3.2	20	82	8	76	61	0	3	34	1.12
103125644--103125745	49	2.2	46	79	13	109	58	0	5	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103128072--103128192	57	2.1	57	80	6	129	30	16	21	31	1.95
103128871--103129022	76	2.0	76	98	0	295	28	18	16	36	1.92
103130273--103130363	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
103130380--103130455	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
103130343--103130856	94	5.5	94	89	0	695	26	29	11	32	1.91
103130521--103130595	22	3.3	22	65	17	62	26	29	12	32	1.92
103130735--103130808	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
103130711--103130785	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
103130377--103130825	47	9.6	47	93	0	682	25	28	12	33	1.92
103133599--103134073	40	11.9	40	90	0	662	26	27	21	25	2.00
103135518--103135608	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
103135625--103135700	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
103135766--103135840	22	3.3	22	65	17	62	26	29	12	32	1.92
103135956--103136030	24	3.2	24	62	24	59	26	32	13	28	1.94
103135622--103136117	47	10.6	47	93	0	731	25	28	12	33	1.92
103139031--103139059	14	2.1	14	100	0	58	13	13	13	58	1.63
103140259--103140296	4	9.2	4	83	16	51	23	2	0	73	0.95
103140258--103140297	21	1.9	21	100	0	80	25	2	0	72	0.97
103141132--103141175	21	2.1	20	87	8	61	20	2	2	75	1.03
103141136--103141185	22	2.3	22	79	6	57	28	2	2	68	1.12
103142835--103143002	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
103151141--103151308	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103160251--103160418	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
103160267--103160416	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
103164760--103164841	42	2.0	42	82	4	103	20	36	24	18	1.95
103167805--103168004	36	5.3	36	71	13	143	23	20	20	35	1.96
103167829--103167953	40	3.2	40	72	17	127	22	16	19	41	1.90
103167768--103168028	76	3.4	76	83	2	335	23	19	19	37	1.94
103169497--103169539	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
103169500--103169543	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
103172294--103172366	12	6.2	12	76	10	62	52	1	27	19	1.54
103172326--103172376	23	2.2	24	86	10	70	50	0	23	25	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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