genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  326  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102035917--102035961	18	2.5	17	86	10	63	57	4	0	37	1.19
102035925--102035962	18	2.1	19	95	5	69	55	5	0	39	1.23
102037990--102038037	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102038081--102038139	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
102038190--102038308	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
102038190--102038308	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
102038500--102038563	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
102046282--102046329	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102046373--102046431	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
102046483--102046574	23	4.0	23	87	9	134	26	22	25	26	2.00
102046482--102046599	24	5.0	23	82	9	139	27	22	24	25	1.99
102046482--102046599	46	2.5	48	89	6	170	27	22	24	25	1.99
102046791--102046854	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
102054999--102055126	47	2.7	47	82	2	150	31	28	15	25	1.96
102055670--102055729	29	2.1	28	84	9	77	28	28	1	41	1.66
102057765--102057913	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
102057806--102057913	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
102065881--102066029	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
102065922--102066029	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
102074894--102074997	40	2.6	40	81	4	113	23	29	22	25	1.99
102091699--102091741	17	2.5	17	96	0	77	6	27	34	30	1.83
102091998--102092045	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102092089--102092147	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
102092198--102092302	47	2.2	48	89	6	160	28	21	24	24	1.99
102092198--102092316	24	5.0	24	82	9	145	27	22	24	25	2.00
102092508--102092571	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
102093826--102093956	40	3.3	40	83	2	174	25	27	22	24	2.00
102093826--102093992	40	4.2	40	78	8	153	25	26	21	26	1.99
102093842--102093992	80	1.9	79	81	9	182	24	26	21	27	2.00
102101830--102101996	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
102110450--102110591	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
102110488--102110617	40	3.2	40	83	2	172	23	22	28	26	1.99
102115293--102115427	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
102115239--102115428	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
102118903--102119052	80	1.9	80	82	0	192	25	24	22	27	2.00
102118903--102119052	40	3.8	40	79	1	140	25	24	22	27	2.00
102120714--102120861	46	3.2	46	71	21	155	30	28	18	22	1.97
102124072--102124219	74	2.0	74	98	0	287	39	6	20	33	1.79
102142535--102142603	28	2.5	28	90	2	104	42	26	10	21	1.84
102144087--102144148	26	2.4	26	75	0	70	32	17	16	33	1.92
102147548--102147690	47	3.0	48	90	5	218	27	21	22	28	1.99
102147548--102147689	71	2.0	72	90	4	225	27	21	22	28	1.99
102147548--102147690	24	6.0	24	92	4	218	27	21	22	28	1.99
102147748--102147804	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102147736--102147806	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
102147741--102147795	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
102155640--102155784	24	6.0	24	94	2	229	26	21	23	28	1.99
102155841--102155897	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
102155829--102155899	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
102155834--102155888	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
102158854--102158951	43	2.3	43	94	0	169	34	23	16	25	1.95
102166361--102166520	43	3.7	43	79	5	153	34	21	14	29	1.93
102168390--102168490	27	3.7	26	82	8	103	37	18	23	19	1.94
102171902--102172032	43	3.0	43	81	6	149	33	27	14	24	1.94
102173475--102173526	25	2.1	25	85	0	68	30	21	21	26	1.98
102180059--102180176	44	2.7	42	77	13	114	30	26	14	28	1.95
102186472--102186574	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
102193442--102193544	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
102200194--102200400	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
102200194--102200399	79	2.6	80	82	5	238	25	25	22	25	2.00
102207052--102207181	40	3.2	40	76	2	145	25	27	23	23	2.00
102214234--102214442	6	33.8	6	72	16	151	48	14	18	18	1.81
102214275--102214414	62	2.3	62	94	2	246	49	15	17	17	1.80
102214234--102214442	25	8.4	25	82	7	159	48	14	18	18	1.81
102214239--102214439	19	10.8	19	70	19	131	48	14	18	18	1.82
102214561--102214612	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102214545--102214698	67	2.3	67	97	0	290	30	21	29	18	1.97
102214924--102215253	27	12.3	27	83	2	378	24	18	20	36	1.94
102215258--102215675	27	15.4	27	81	3	257	38	8	21	32	1.83
102215258--102215675	81	5.1	81	75	2	336	38	8	21	32	1.83
102215368--102215449	28	3.0	27	85	3	74	30	8	20	40	1.82
102215354--102215472	55	2.2	55	80	6	125	31	8	19	40	1.81
102215655--102215825	27	6.2	27	70	13	100	29	7	21	41	1.80
102215258--102215675	54	7.7	54	77	5	297	38	8	21	32	1.83
102215727--102215825	27	3.7	26	77	9	101	29	7	23	40	1.81
102218464--102218689	40	5.7	40	87	4	264	26	21	26	26	1.99
102218498--102218722	80	2.8	80	83	8	237	28	20	24	25	1.99
102221050--102221295	6	39.8	6	72	14	162	50	15	17	16	1.79
102221050--102221295	19	13.3	18	73	14	162	50	15	17	16	1.79
102221055--102221183	37	3.5	37	76	4	100	51	15	17	15	1.77
102221110--102221295	25	7.5	24	80	7	139	48	15	18	17	1.81
102221129--102221241	37	3.1	37	83	5	122	48	17	18	15	1.81
102221050--102221294	62	4.0	62	86	2	307	50	15	17	16	1.79
102221152--102221260	37	2.9	38	81	10	111	50	17	17	14	1.78
102221414--102221465	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
102221398--102221551	67	2.3	67	96	0	290	31	22	28	18	1.97
102221481--102221532	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
102221804--102222052	27	9.2	27	84	4	297	25	18	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102221776--102222052	54	5.1	54	85	2	317	25	19	19	35	1.95
102221777--102222043	81	3.3	81	84	4	317	25	19	19	34	1.96
102222057--102222419	27	13.4	27	78	5	187	38	6	21	32	1.80
102222057--102222419	54	6.7	54	77	5	322	38	6	21	32	1.80
102222156--102222217	28	2.2	29	82	8	83	30	8	19	41	1.80
102222057--102222419	81	4.5	80	77	3	341	38	6	21	32	1.80
102222373--102222566	27	7.2	26	74	10	124	30	7	21	39	1.82
102222398--102222572	55	3.2	54	80	8	212	29	8	22	40	1.82
102224521--102224766	6	39.8	6	71	16	155	49	14	17	18	1.80
102224581--102224766	25	7.5	25	80	7	154	47	14	18	18	1.82
102224562--102224762	62	3.2	62	91	2	332	49	15	17	17	1.80
102224528--102224763	62	3.8	62	89	1	85	48	14	18	18	1.81
102224526--102224757	37	5.9	37	72	16	164	48	15	18	18	1.81
102224798--102224976	27	6.7	27	81	7	204	25	19	18	35	1.95
102224798--102224988	80	2.4	81	87	0	267	25	18	18	36	1.94
102224798--102225030	54	4.3	56	82	7	259	26	17	19	36	1.94
102224819--102225038	27	8.2	27	81	3	219	25	15	19	39	1.91
102224798--102225038	81	3.0	81	83	6	269	26	16	19	37	1.93
102225043--102225436	27	14.4	27	78	7	240	37	7	21	32	1.82
102225043--102225436	54	7.2	54	76	5	317	37	7	21	32	1.82
102225389--102225559	27	6.3	26	74	9	110	32	7	21	39	1.81
102225268--102225593	109	3.0	107	79	7	270	35	7	22	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102225415--102225583	55	3.1	55	77	9	168	29	8	21	40	1.83
102237695--102237858	39	4.2	39	90	3	247	29	23	23	23	1.99
102237695--102237858	80	2.1	78	89	2	247	29	23	23	23	1.99
102244152--102244277	47	2.7	46	80	12	150	30	16	29	23	1.96
102244152--102244373	94	2.4	92	83	8	252	28	18	28	24	1.98
102261766--102261808	21	2.0	21	86	0	59	30	27	16	25	1.97
102262782--102262861	38	2.1	37	90	2	124	45	41	1	12	1.50
102263322--102263348	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
102263937--102263984	22	2.2	22	92	0	78	29	2	0	68	1.01
102263937--102263987	19	2.5	21	87	9	70	27	1	0	70	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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