genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  55  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15468197--15468308	47	2.4	47	79	5	129	37	22	14	25	1.92
15473050--15473109	27	2.2	27	93	0	102	36	21	3	38	1.70
15473969--15474005	18	2.0	20	89	10	60	37	0	13	48	1.43
15474116--15474164	24	2.1	23	84	3	62	48	8	0	42	1.32
15475270--15475333	24	2.7	23	80	2	74	23	12	20	43	1.85
15475366--15475424	27	2.2	27	81	0	64	61	11	5	22	1.50
15476762--15476820	17	3.5	17	77	13	59	71	3	16	8	1.25
15476762--15476833	34	2.2	33	80	7	83	72	2	18	6	1.20
15486736--15486769	11	3.1	11	95	0	59	64	14	8	11	1.49
15498220--15498246	13	2.1	13	100	0	54	48	0	44	7	1.31
15499452--15499641	50	3.8	50	77	4	188	28	20	27	23	1.99
15499447--15499634	100	1.9	100	82	2	236	29	18	27	24	1.98
15511411--15511436	11	2.4	11	100	0	52	23	0	34	42	1.54
15515506--15515711	40	5.2	40	88	1	299	23	23	25	27	2.00
15526981--15527030	24	2.1	24	100	0	100	62	4	4	30	1.32
15529181--15529318	73	1.9	73	82	5	172	34	21	26	17	1.95
15529840--15529866	10	2.7	10	100	0	54	44	14	0	40	1.46
15532214--15532319	50	2.1	50	98	1	203	22	20	14	42	1.88
15532383--15532451	30	2.3	31	80	7	79	60	4	0	34	1.16
15534530--15534566	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
15534653--15534699	24	2.0	24	87	4	69	48	34	4	12	1.61
15535185--15535342	46	3.4	46	92	1	246	20	24	13	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15535403--15535558	33	4.7	33	70	12	104	23	26	19	30	1.98
15538294--15538318	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
15538291--15538359	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
15538572--15538639	30	2.3	30	82	5	75	27	19	5	47	1.72
15551995--15552103	46	2.5	43	85	10	118	25	31	16	26	1.97
15552017--15552182	46	3.6	47	82	8	189	23	30	18	27	1.98
15559094--15559223	40	3.2	40	80	4	156	23	24	27	23	2.00
15562455--15562873	48	8.7	48	85	3	477	28	30	15	25	1.96
15562451--15562874	144	2.9	144	85	3	575	28	30	15	25	1.96
15563482--15563624	71	2.0	71	100	0	286	35	18	19	26	1.95
15570446--15570664	48	4.6	47	85	4	215	29	28	15	26	1.96
15570484--15570675	48	4.0	48	88	0	249	29	27	16	27	1.97
15578382--15578463	44	1.9	42	85	5	110	36	21	2	39	1.67
15579959--15580001	13	3.1	14	83	10	52	46	4	0	48	1.22
15580295--15580337	3	14.0	3	95	4	77	0	32	0	67	0.91
15581592--15581662	6	11.3	6	71	14	54	73	4	19	2	1.13
15581579--15581642	32	2.0	32	96	0	119	64	9	20	6	1.45
15581627--15581666	13	3.2	13	85	3	55	77	0	22	0	0.77
15581898--15581970	31	2.4	32	78	19	93	45	2	1	50	1.24
15584368--15584418	27	1.9	26	92	4	84	39	3	25	31	1.74
15586615--15586647	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
15587759--15587788	2	15.0	2	92	0	51	0	46	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15589444--15589517	30	2.5	30	80	8	87	28	18	21	31	1.97
15589455--15589633	66	2.7	65	81	5	182	28	15	26	30	1.96
15601222--15601578	47	7.6	46	72	14	241	23	28	19	28	1.98
15601218--15601578	94	3.9	94	79	9	373	23	28	19	28	1.98
15606080--15606120	6	7.2	6	81	8	50	51	2	0	46	1.14
15606313--15606351	15	2.6	16	80	16	55	46	12	0	41	1.42
15620315--15620349	17	2.1	17	94	0	61	60	14	8	17	1.58
15620389--15620477	39	2.3	39	76	9	92	53	1	2	42	1.20
15620469--15620504	17	2.2	16	90	5	54	72	0	8	19	1.10
15623413--15623482	32	2.2	32	92	0	113	40	4	27	28	1.75
15623413--15623482	16	4.4	16	87	0	95	40	4	27	28	1.75
15623469--15623555	45	2.0	44	86	11	124	34	4	21	39	1.74
15623718--15623762	21	2.1	21	84	8	56	57	4	0	37	1.19
15623934--15623968	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
15624036--15624090	4	13.8	4	96	0	74	41	0	0	58	0.98
15627302--15627431	40	3.2	40	81	4	156	23	23	28	24	2.00
15633254--15633294	14	3.0	14	89	3	57	43	39	0	17	1.49
15633342--15633403	27	2.4	25	83	5	70	25	4	27	41	1.75
15633416--15633460	21	2.1	21	84	8	56	15	8	33	42	1.78
15640525--15640778	70	3.6	70	78	2	231	31	22	20	25	1.98
15646282--15646405	58	2.1	58	98	0	239	48	12	11	28	1.75
15646298--15646424	58	2.2	58	91	1	202	52	11	8	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15646531--15646991	78	5.8	78	82	8	506	38	13	16	32	1.87
15648969--15649065	46	2.2	43	76	10	99	35	0	5	59	1.19
15649006--15649075	20	3.3	20	71	20	54	35	0	5	58	1.22
15649021--15649070	20	2.5	20	81	12	59	34	0	8	58	1.28
15649779--15649821	4	10.8	4	100	0	86	23	0	0	76	0.78
15655685--15655741	24	2.5	24	72	13	57	47	3	0	49	1.18
15656660--15656720	16	3.9	16	78	4	61	52	1	11	34	1.47
15656945--15656973	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
15660123--15660192	35	2.0	35	100	0	140	37	22	8	31	1.85
15661838--15661898	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
15664104--15664141	17	2.2	17	100	0	76	42	0	18	39	1.50
15664929--15664968	21	1.9	21	84	0	53	32	2	15	50	1.57
15666523--15666572	12	4.1	12	77	12	57	60	0	22	18	1.37
15667661--15668719	352	3.0	352	98	0	2046	32	13	21	31	1.93
15671852--15671890	18	2.1	19	85	4	53	51	2	7	38	1.44
15691265--15691376	61	1.9	58	83	5	143	39	2	7	50	1.44
15696169--15696198	5	6.0	5	92	0	51	76	0	0	23	0.78
15696663--15696691	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
15697079--15697111	15	2.1	16	88	5	50	33	18	12	36	1.88
15702820--15702862	21	2.0	21	86	0	59	67	11	20	0	1.22
15705634--15705759	35	3.6	35	80	4	148	30	12	24	32	1.92
15710411--15710519	42	2.6	42	82	0	146	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15714371--15714399	15	1.9	15	100	0	58	37	6	20	34	1.80
15716701--15716761	30	2.0	30	87	0	86	24	6	13	55	1.61
15716883--15716916	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
15719687--15719796	26	4.2	26	88	0	175	33	4	24	37	1.76
15721417--15721529	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
15721415--15721529	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
15724963--15724994	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
15732099--15732242	39	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
15735125--15735235	42	2.6	42	81	0	123	32	24	12	30	1.92
15735125--15735254	42	3.1	42	77	4	102	33	23	12	30	1.92
15738601--15738630	12	2.5	12	100	0	60	26	46	20	6	1.75
15740793--15740846	21	2.6	21	76	23	60	51	0	7	40	1.30
15741949--15741984	17	2.1	18	90	10	58	44	2	2	50	1.31
15749634--15749671	6	6.7	6	82	11	53	0	13	0	86	0.56
15749634--15749671	11	3.4	11	88	3	58	0	13	0	86	0.56
15749630--15749666	12	3.0	12	92	4	56	0	13	0	86	0.57
15756442--15756468	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
15770279--15770308	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
15770308--15770352	23	2.0	23	81	0	54	42	11	6	40	1.67
15773564--15774466	442	2.0	442	94	0	1581	25	19	22	32	1.97
15775213--15775240	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
15776269--15776322	16	3.4	17	77	12	60	53	0	3	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15778221--15778312	41	2.2	42	92	5	159	15	17	38	29	1.90
15782329--15782354	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
15783154--15783207	2	28.0	2	92	7	94	51	0	0	48	1.00
15785462--15785497	18	2.1	18	90	10	58	72	0	8	19	1.10
15787701--15787845	40	3.7	39	75	7	114	26	22	20	31	1.98
15788226--15788273	21	2.3	21	89	7	71	20	0	45	33	1.52
15788273--15788335	22	2.9	22	92	2	101	26	6	44	22	1.76
15788365--15788415	14	3.6	14	76	10	50	17	0	39	43	1.49
15788932--15788975	18	2.4	19	85	7	56	22	38	0	38	1.55
15791783--15791837	28	2.0	28	85	7	76	38	3	18	40	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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