genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  194  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61199078--61199259	24	7.4	26	70	10	89	36	20	24	18	1.94
61199206--61199259	27	2.0	27	89	3	83	37	22	24	16	1.94
61199329--61199389	24	2.5	25	78	2	70	45	16	19	18	1.85
61206054--61206220	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61206054--61206220	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61207045--61207090	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61214055--61214221	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61214055--61214221	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61215046--61215091	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61216998--61217146	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
61217039--61217146	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
61223929--61224029	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
61223958--61224033	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
61227925--61228365	47	9.4	47	92	0	693	28	30	8	32	1.87
61238014--61238063	22	2.4	21	87	12	77	18	2	4	76	1.04
61238004--61238080	38	2.1	37	82	7	93	19	5	3	71	1.21
61238100--61238207	21	5.2	20	79	12	96	37	0	1	59	1.15
61238091--61238188	42	2.3	43	80	8	119	37	0	4	58	1.17
61238283--61238342	22	2.9	21	87	7	79	41	0	1	56	1.09
61238324--61238383	13	4.5	13	76	17	52	40	0	1	58	1.08
61238283--61238345	20	3.0	21	86	9	85	41	0	1	57	1.08
61238301--61238380	28	2.6	30	77	20	78	38	0	1	60	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61238324--61238380	29	2.1	27	87	9	80	36	0	1	61	1.07
61238529--61238557	13	2.1	14	93	6	51	58	0	3	37	1.15
61238751--61238793	14	3.0	14	83	6	59	25	0	4	69	1.07
61242516--61242548	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
61242514--61242548	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
61242600--61242636	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
61243274--61243319	16	2.6	18	76	16	51	39	10	0	50	1.38
61243658--61243683	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
61252200--61252241	10	4.2	10	79	11	50	66	4	7	21	1.35
61254169--61254218	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
61259085--61259147	22	2.9	22	95	2	110	19	28	42	9	1.82
61260251--61260425	47	3.7	47	77	10	137	22	30	19	26	1.98
61263405--61263507	30	3.4	30	79	0	125	23	22	24	30	1.99
61265223--61265278	28	2.0	28	100	0	112	57	0	17	25	1.41
61266069--61266202	45	3.1	44	80	9	148	23	15	27	32	1.95
61270206--61270253	13	3.4	14	83	13	55	60	0	0	39	0.97
61270206--61270253	15	3.5	13	83	16	53	60	0	0	39	0.97
61270230--61270304	21	3.5	21	76	22	75	58	1	1	38	1.15
61270213--61270294	35	2.3	35	77	8	87	58	1	1	39	1.14
61270352--61270422	23	3.0	23	83	8	81	57	0	0	42	0.98
61270352--61270468	22	5.2	23	76	14	93	54	3	0	41	1.17
61270457--61270531	24	3.3	23	75	17	59	72	6	4	17	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61270499--61270559	24	2.5	24	84	10	79	77	4	4	13	1.10
61271794--61271861	15	4.4	15	74	18	59	45	0	1	52	1.09
61273161--61273193	16	2.1	16	100	0	66	75	0	0	24	0.80
61273161--61273198	9	4.3	9	83	16	53	76	0	0	23	0.79
61288595--61288622	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
61290305--61290351	24	2.0	24	100	0	94	29	4	21	44	1.71
61291887--61292146	47	5.5	46	70	16	151	26	19	31	23	1.98
61291788--61292146	94	3.8	93	77	8	309	25	20	31	23	1.98
61291887--61292052	47	3.6	43	77	12	154	24	18	32	25	1.97
61292022--61292146	49	2.6	48	82	7	137	28	20	29	21	1.98
61299512--61299636	49	2.6	48	83	7	146	27	20	31	21	1.98
61303193--61303217	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
61306554--61306616	32	2.0	32	96	0	117	28	23	12	34	1.92
61309660--61309697	20	1.9	20	100	0	76	44	10	2	42	1.52
61310510--61310640	64	2.0	64	98	0	253	34	21	12	32	1.90
61311104--61311128	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
61316466--61316512	23	2.1	22	88	4	67	44	0	0	55	0.99
61316500--61316542	17	2.4	18	80	7	61	41	4	0	53	1.21
61321918--61321953	13	2.8	12	91	4	54	8	30	52	8	1.61
61322908--61322975	20	3.4	20	97	0	127	30	27	14	26	1.95
61323726--61323763	20	2.0	20	94	5	69	2	31	0	65	1.06
61323807--61323843	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61329739--61329898	56	2.9	55	81	5	189	18	16	34	30	1.94
61335393--61335425	14	2.4	14	94	0	57	36	15	9	39	1.79
61353235--61353292	23	2.5	24	75	5	57	10	25	27	36	1.89
61356639--61356687	25	2.0	25	95	0	89	40	28	8	22	1.82
61359024--61359385	46	7.7	46	73	9	184	28	18	29	24	1.98
61359065--61359383	46	6.8	47	74	12	228	27	18	29	24	1.98
61363977--61364082	53	2.0	53	94	0	185	28	16	12	42	1.85
61366509--61366686	40	4.5	40	86	3	227	25	26	22	24	2.00
61378585--61378627	19	2.2	20	91	4	70	30	16	30	23	1.96
61378650--61378821	50	3.4	50	87	1	229	32	13	15	37	1.87
61378650--61378882	50	4.6	50	80	6	222	34	14	14	36	1.87
61382742--61382800	30	2.0	30	86	6	84	40	0	38	20	1.53
61383013--61383058	9	5.1	9	91	0	74	32	10	10	45	1.74
61384993--61385019	12	2.2	12	100	0	54	55	18	0	25	1.43
61385116--61385241	62	2.0	62	100	0	252	39	4	16	38	1.70
61389044--61389153	26	4.2	26	92	0	166	34	6	23	35	1.80
61392123--61392217	46	2.1	46	92	4	156	51	10	30	7	1.63
61394671--61394699	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
61396381--61396436	28	2.0	29	82	3	69	30	23	3	42	1.71
61404320--61404469	51	2.9	51	89	0	237	27	8	28	35	1.86
61406479--61406686	55	3.8	53	79	7	222	22	25	17	34	1.95
61406479--61406679	108	1.8	110	87	6	302	22	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61410982--61411025	23	1.9	23	85	0	61	27	13	18	40	1.88
61413457--61413630	43	4.1	43	77	11	180	28	24	18	28	1.98
61421017--61421118	42	2.4	43	81	6	118	29	25	16	28	1.97
61422592--61422708	35	3.3	35	65	19	98	34	5	23	37	1.77
61422562--61422705	71	2.0	71	100	0	288	36	5	22	35	1.77
61422562--61422668	35	3.0	36	62	22	89	37	5	21	35	1.77
61425320--61425378	19	3.0	20	85	12	77	62	1	1	33	1.15
61425402--61425431	13	2.3	13	94	0	51	53	0	0	46	1.00
61425563--61425615	20	2.7	19	80	19	56	49	1	7	41	1.42
61425755--61425794	18	2.2	18	86	8	55	65	2	0	32	1.06
61427796--61427839	22	2.0	22	86	0	61	54	2	0	43	1.12
61427842--61427877	19	1.9	18	88	5	54	36	2	0	61	1.11
61427879--61427904	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
61427931--61427987	15	3.5	15	71	17	51	49	0	3	47	1.18
61430045--61430101	30	1.9	30	89	7	89	17	31	31	19	1.95
61436742--61436999	40	6.5	40	88	2	342	25	27	22	24	2.00
61449149--61449312	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
61453967--61453995	14	2.1	14	100	0	58	27	10	27	34	1.89
61457297--61457366	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
61457297--61457378	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
61464150--61464333	40	4.7	40	86	7	218	25	26	22	26	2.00
61465041--61465066	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61468405--61468956	179	3.1	178	93	3	921	32	23	18	25	1.97
61472586--61472752	40	4.2	40	88	8	220	24	26	22	26	2.00
61472586--61472752	79	2.1	79	83	10	218	24	26	22	26	2.00
61476860--61477117	40	6.5	40	90	2	360	25	27	23	23	2.00
61485060--61485116	30	1.9	30	88	0	87	17	31	31	19	1.95
61486423--61486739	67	4.7	67	83	3	363	22	23	16	37	1.93
61490457--61490595	40	3.5	40	87	5	194	25	23	25	25	2.00
61490457--61490564	39	2.8	39	94	2	182	24	22	26	26	2.00
61490455--61490635	79	2.3	79	81	7	199	27	22	25	25	2.00
61498451--61498590	40	3.5	40	85	3	185	25	22	25	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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