genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  190  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59698790--59698836	21	2.2	21	80	0	58	34	19	46	0	1.50
59699232--59699397	43	3.9	43	83	1	208	24	24	21	29	1.99
59701457--59701503	20	2.3	20	96	0	85	14	12	27	44	1.82
59706155--59706218	33	2.0	32	84	9	85	26	23	25	25	2.00
59710905--59711116	40	5.3	40	93	1	347	28	25	22	22	1.99
59725691--59725858	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
59732911--59733086	46	3.8	46	77	14	191	21	19	28	30	1.98
59732908--59733079	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
59734851--59734881	16	2.0	16	93	6	55	58	12	3	25	1.50
59741580--59741691	27	4.2	26	79	7	98	17	24	21	36	1.95
59743963--59744001	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
59744842--59744988	43	3.4	43	73	19	144	23	19	28	27	1.99
59750659--59750866	40	5.2	40	80	2	184	25	22	25	25	2.00
59750665--59750866	80	2.5	80	82	3	219	25	22	26	25	2.00
59758689--59758896	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
59758691--59758896	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
59762225--59762263	18	2.1	19	85	4	53	58	0	2	38	1.12
59763154--59763298	43	3.4	42	82	7	150	23	17	28	30	1.97
59767055--59767181	44	2.8	46	87	4	195	29	28	20	21	1.98
59769557--59769645	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
59769557--59769636	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
59769568--59769645	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59772566--59772737	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
59772558--59772733	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
59772609--59772752	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
59774872--59774999	40	3.2	40	79	1	150	25	26	21	25	2.00
59777905--59777952	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59777991--59778047	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
59777989--59778059	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
59778000--59778054	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
59778109--59778202	24	4.0	23	90	5	152	26	22	21	29	1.99
59778104--59778209	24	4.4	24	90	3	151	28	21	21	28	1.99
59778104--59778209	48	2.2	48	91	3	169	28	21	21	28	1.99
59778416--59778478	30	2.1	30	87	0	90	33	15	25	25	1.95
59785956--59786003	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59786040--59786090	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
59786137--59786256	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
59786136--59786263	24	5.4	23	91	3	193	28	21	21	28	1.99
59786135--59786256	47	2.6	47	97	0	226	28	22	20	28	1.98
59791499--59791594	37	2.7	34	83	13	131	34	6	16	42	1.73
59791639--59791697	9	6.4	9	82	3	64	22	5	20	52	1.65
59798342--59798385	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
59803032--59803075	19	2.3	19	84	4	52	36	25	15	22	1.94
59804520--59804575	25	2.3	23	77	17	60	66	0	32	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59808985--59809019	17	2.0	18	88	5	54	60	11	8	20	1.57
59811642--59811828	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
59814823--59814872	14	3.5	14	79	20	59	12	12	12	64	1.51
59817002--59817187	49	3.8	47	79	11	178	25	17	28	28	1.98
59823755--59823787	15	2.1	17	88	11	52	39	0	15	45	1.46
59824074--59824126	25	2.2	24	83	10	63	16	24	20	37	1.93
59824088--59824137	23	2.1	25	85	7	68	18	26	18	38	1.93
59827187--59827293	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
59827301--59827370	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
59840046--59840185	46	3.0	44	74	14	115	29	30	18	22	1.97
59841501--59841609	27	4.0	26	82	8	128	36	21	23	18	1.95
59841501--59841609	54	2.0	54	85	3	148	36	21	23	18	1.95
59841689--59841743	28	2.0	28	88	0	83	38	14	12	34	1.84
59841689--59841760	28	2.6	29	78	12	80	36	13	13	36	1.85
59846466--59846496	16	1.9	16	93	0	53	54	6	32	6	1.51
59848753--59848790	20	1.9	20	100	0	76	34	15	7	42	1.76
59850934--59850992	27	2.2	26	82	8	66	33	13	10	42	1.78
59850977--59851188	27	7.8	27	88	2	291	31	10	20	37	1.87
59853809--59854017	46	4.5	46	69	17	121	29	18	27	23	1.98
59856532--59856563	15	2.2	15	94	5	57	31	0	12	56	1.37
59857591--59857624	18	1.9	18	88	5	52	50	11	23	14	1.76
59861322--59861576	127	2.0	127	97	0	483	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59865017--59865054	20	1.9	20	84	10	51	13	34	23	28	1.92
59867151--59867205	22	2.5	22	78	0	65	41	21	12	23	1.88
59867555--59867641	27	3.2	27	86	3	113	28	13	18	39	1.89
59867568--59867700	27	4.9	28	80	7	125	30	9	20	39	1.85
59871896--59872011	39	3.0	39	89	2	171	24	18	28	28	1.98
59880703--59880758	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
59888400--59888505	39	2.7	39	92	0	176	26	20	24	28	1.99
59888400--59888559	78	2.1	78	80	4	180	25	21	26	26	2.00
59889616--59889684	27	2.6	27	80	0	75	43	15	17	23	1.87
59890108--59890196	27	3.3	27	87	3	126	33	14	13	38	1.85
59890093--59890196	54	1.9	54	82	3	129	35	15	15	33	1.89
59890119--59890302	27	6.8	27	82	6	167	32	9	19	39	1.83
59890119--59890312	54	3.6	54	82	4	221	33	9	20	37	1.84
59900800--59900963	27	6.0	27	79	5	195	33	15	21	29	1.94
59900806--59900984	55	3.3	55	85	6	222	32	16	22	28	1.95
59903100--59903141	21	2.0	21	85	0	57	47	4	2	45	1.36
59907850--59907880	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
59908514--59908557	21	2.1	21	100	0	70	43	13	4	38	1.65
59910970--59911163	40	4.9	40	92	0	318	26	22	27	22	1.99
59911308--59911701	195	2.0	195	99	0	779	32	12	21	32	1.91
59913110--59913289	40	4.5	40	87	2	247	26	21	24	27	1.99
59914591--59914637	23	2.0	23	100	0	94	25	8	23	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59918336--59918503	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
59920738--59920913	40	4.4	40	83	4	230	25	23	28	22	1.99
59920738--59920913	79	2.2	80	85	3	230	25	23	28	22	1.99
59928838--59929087	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
59934515--59934682	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
59934531--59934682	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
59937330--59937363	12	2.8	12	81	0	50	44	0	38	17	1.49
59947749--59947929	40	4.6	39	77	9	152	24	20	27	27	1.99
59955807--59956026	40	5.5	39	77	8	167	25	22	26	25	2.00
59955807--59956000	40	4.8	39	81	6	194	24	22	27	26	2.00
59955807--59956026	79	2.8	79	78	9	232	25	22	26	25	2.00
59963010--59963043	18	1.9	18	88	5	52	58	5	11	23	1.55
59965875--59966044	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
59965870--59966041	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	22	1.99
59966481--59966507	14	1.9	14	100	0	54	18	37	7	37	1.79
59971649--59971819	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
59971641--59971816	46	3.8	46	79	10	214	28	27	21	22	1.99
59972241--59972301	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
59974548--59974595	24	2.0	25	88	12	73	16	4	0	79	0.89
59974621--59974663	20	2.3	19	84	11	54	65	0	6	27	1.18
59982244--59982451	40	5.2	40	83	2	220	25	26	21	25	2.00
59990191--59990396	40	5.2	39	81	5	209	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59990189--59990395	79	2.6	79	80	3	229	26	26	21	25	2.00
59992442--59992554	44	2.8	40	82	11	131	25	23	29	21	1.99
59994893--59995076	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
59994933--59995121	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
60002948--60003131	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
60002988--60003176	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
60006364--60006522	27	5.9	27	79	10	164	36	20	22	20	1.95
60006382--60006522	54	2.6	55	91	5	225	36	22	22	18	1.95
60008100--60008153	26	2.2	23	79	17	72	35	29	7	27	1.84
60008106--60008156	26	2.0	26	100	0	102	37	23	7	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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