genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  157  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49098884--49098923	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
49113403--49113522	20	6.1	19	76	5	87	40	8	13	37	1.74
49113408--49113522	59	1.9	60	84	5	153	39	7	13	39	1.74
49116256--49116311	20	2.7	21	80	5	60	50	8	0	41	1.34
49118329--49118366	19	2.0	20	84	5	51	60	15	2	21	1.47
49121256--49121290	10	3.5	10	88	0	52	25	2	20	51	1.61
49124252--49124356	53	2.0	53	92	0	174	19	8	28	43	1.80
49127279--49127343	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
49131251--49131279	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
49131929--49132058	43	3.0	43	81	6	156	21	18	27	32	1.97
49135044--49135206	24	6.8	24	98	0	308	20	17	26	36	1.94
49142975--49143137	24	6.8	24	98	0	308	20	17	26	36	1.94
49148938--49149154	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
49148934--49149154	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
49157002--49157187	40	4.7	40	92	5	299	24	22	27	25	2.00
49157006--49157220	40	5.5	40	88	6	298	25	22	27	24	2.00
49157002--49157187	79	2.4	78	89	6	286	24	22	27	25	2.00
49160687--49160713	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
49160749--49160822	29	2.6	28	82	8	87	25	29	17	27	1.97
49161257--49161310	6	9.0	6	91	0	72	42	5	1	50	1.36
49161257--49161310	8	6.8	8	89	0	72	42	5	1	50	1.36
49161257--49161308	14	3.7	14	92	0	77	42	5	1	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49161901--49161925	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
49163622--49163751	43	3.0	43	80	6	147	24	18	24	32	1.97
49167458--49167498	18	2.3	18	86	0	55	21	12	12	53	1.70
49171525--49171577	27	2.0	27	92	0	88	39	18	15	26	1.90
49171802--49171846	17	2.6	17	89	0	72	15	40	35	8	1.79
49172602--49172648	7	6.6	7	92	2	76	55	0	44	0	0.99
49179680--49179782	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
49184118--49184150	17	1.9	17	93	0	57	69	0	15	15	1.19
49184127--49184169	14	3.2	13	81	18	52	72	0	11	16	1.13
49186528--49186643	43	2.7	43	78	2	126	27	15	26	30	1.96
49190597--49190645	2	24.5	2	91	0	80	51	0	46	2	1.12
49192529--49192569	21	2.0	21	100	0	82	19	17	14	48	1.81
49194319--49194372	27	2.0	27	92	0	90	51	9	9	29	1.65
49196068--49196101	2	17.0	2	87	0	50	50	44	0	5	1.26
49197727--49197799	37	2.0	37	97	0	137	38	16	10	34	1.84
49198434--49198586	51	3.0	51	80	2	193	30	25	19	24	1.98
49202543--49202577	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
49202964--49203111	7	20.1	7	69	23	58	64	0	2	32	1.09
49202951--49203111	12	13.2	12	70	17	84	63	1	1	32	1.13
49202951--49203111	26	6.1	25	72	17	105	63	1	1	32	1.13
49203122--49203189	16	4.4	16	76	9	61	64	0	2	32	1.08
49204645--49204859	69	3.1	69	90	0	340	26	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49204792--49205427	84	7.5	84	84	5	685	27	25	13	33	1.93
49204915--49205041	39	3.1	39	64	20	96	28	24	10	37	1.88
49204979--49205206	39	5.6	39	66	20	112	26	24	13	35	1.92
49204792--49205252	249	1.8	251	89	1	728	27	25	12	34	1.92
49204947--49205426	44	11.3	43	70	13	289	26	26	13	33	1.93
49205215--49205426	87	2.4	88	88	1	309	27	27	13	31	1.94
49212301--49212325	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49213834--49214168	48	7.0	48	97	0	616	32	9	27	30	1.88
49214145--49214188	20	2.2	20	100	0	88	34	4	25	36	1.76
49214049--49214267	116	1.9	116	94	0	384	33	7	27	31	1.84
49214103--49214235	68	2.0	68	96	0	248	34	6	26	33	1.81
49214165--49214267	48	2.1	48	94	0	179	35	5	27	31	1.80
49214315--49214434	37	3.2	37	90	4	188	27	15	31	25	1.96
49220539--49220628	43	2.1	43	82	8	105	52	11	3	33	1.53
49220980--49221045	7	9.1	7	78	17	55	66	0	1	31	1.01
49220980--49221128	15	10.8	14	70	21	93	63	1	2	32	1.16
49220967--49221134	47	3.4	47	73	11	124	63	1	2	32	1.18
49220973--49221135	12	13.1	12	68	21	54	62	1	2	33	1.19
49221171--49221213	16	2.6	17	82	10	54	67	0	0	32	0.91
49223373--49223397	13	1.9	13	100	0	50	40	24	8	28	1.83
49224490--49224533	18	2.4	18	96	0	79	38	11	25	25	1.89
49224909--49225039	65	2.0	65	96	0	244	43	18	14	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49225042--49225092	26	2.0	26	88	0	75	25	15	19	39	1.91
49225042--49225098	26	2.2	26	83	3	69	26	19	17	36	1.94
49233594--49233655	28	2.2	28	94	0	106	33	27	8	30	1.86
49233763--49233852	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
49233763--49233877	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
49234936--49234969	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
49241423--49241607	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
49241422--49241628	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
49241421--49241628	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
49245633--49245817	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
49245632--49245838	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
49245631--49245838	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
49248388--49248449	28	2.2	28	94	0	106	33	27	8	30	1.86
49248558--49248647	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
49248558--49248672	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
49249726--49249759	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
49255952--49255983	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
49256221--49256282	28	2.2	28	94	0	106	32	29	8	30	1.86
49256388--49256476	27	3.2	27	93	3	142	17	26	23	31	1.97
49256388--49256501	56	2.1	54	83	6	140	17	26	21	34	1.96
49260194--49260226	16	2.1	16	94	0	57	36	18	9	36	1.82
49262920--49263061	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49262959--49263087	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
49270924--49271090	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
49275418--49275490	34	2.1	34	82	2	83	36	8	13	41	1.75
49276299--49276384	23	3.7	23	79	13	79	24	17	18	39	1.92
49288738--49288826	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
49288738--49288820	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
49288749--49288826	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
49303291--49303328	19	2.0	19	100	0	76	52	10	10	26	1.68
49307104--49307216	6	18.3	6	71	18	81	46	14	20	18	1.83
49307125--49307216	25	3.7	25	92	0	157	45	14	21	18	1.84
49307334--49307441	27	4.0	26	83	5	126	36	21	23	19	1.95
49307600--49307664	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
49308052--49308193	54	2.6	54	86	2	187	26	19	18	36	1.94
49308051--49308174	27	4.6	27	83	0	149	24	20	18	37	1.94
49308054--49308193	27	5.2	27	80	1	138	26	19	17	37	1.93
49308179--49308276	27	3.6	27	72	2	72	28	10	24	36	1.88
49308047--49308222	81	2.2	81	75	4	176	28	17	18	35	1.94
49308232--49308437	81	2.5	81	83	1	234	28	9	22	39	1.85
49308232--49308437	27	7.6	27	87	0	205	28	9	22	39	1.85
49309933--49309978	22	2.1	22	95	0	83	39	19	10	30	1.86
49310441--49310532	25	3.7	25	85	0	130	45	14	19	20	1.85
49310654--49310758	27	3.9	27	80	5	113	36	18	22	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49310916--49310979	22	2.9	22	75	9	58	31	23	23	21	1.99
49311384--49311509	27	4.7	27	80	0	153	25	19	19	36	1.94
49311384--49311509	54	2.3	54	88	0	189	25	19	19	36	1.94
49311493--49311807	27	11.7	26	76	8	227	29	8	22	39	1.83
49311547--49311807	81	3.2	80	81	4	299	28	8	22	40	1.83
49311602--49311807	27	7.6	27	86	0	250	30	7	20	41	1.81
49311601--49311799	54	3.7	54	86	0	281	31	8	20	40	1.81
49318417--49318494	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
49324994--49325495	49	10.3	49	92	3	802	32	7	29	30	1.85
49327523--49327591	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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