genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  279  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86819487--86819564	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
86819667--86819789	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
86826589--86826708	29	4.2	30	82	7	142	27	31	13	27	1.94
86852493--86852517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
86854674--86854772	40	2.5	40	86	1	128	13	13	27	46	1.79
86857199--86857236	14	2.4	16	83	16	53	34	0	42	23	1.55
86858486--86858534	23	2.2	22	82	10	55	44	24	0	30	1.54
86860342--86860400	20	2.9	21	82	7	77	33	13	18	33	1.90
86860452--86860590	23	6.0	23	88	6	192	28	20	21	29	1.98
86860452--86860590	69	2.0	71	88	8	214	28	20	21	29	1.98
86860784--86860847	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
86863617--86863846	40	5.8	40	92	2	369	23	23	26	26	2.00
86863617--86863872	80	3.2	80	90	5	380	23	23	26	26	2.00
86867340--86867561	79	2.8	80	83	9	265	24	22	27	25	2.00
86867340--86867563	119	1.9	120	83	8	296	24	21	27	25	1.99
86867339--86867563	40	5.7	39	86	8	260	24	21	27	25	1.99
86867346--86867596	79	3.2	77	80	11	260	26	20	26	26	1.99
86875100--86875301	40	5.1	40	88	3	277	25	23	25	26	2.00
86875100--86875299	79	2.5	79	89	5	289	25	23	25	26	2.00
86876872--86876945	25	3.0	24	84	9	96	27	22	20	29	1.98
86876995--86877033	20	2.0	20	94	0	69	33	20	12	33	1.91
86876996--86877040	20	2.2	20	88	0	63	33	22	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86884575--86884636	31	2.0	31	87	3	90	25	22	12	38	1.90
86884828--86884923	47	2.0	49	84	11	128	28	21	20	29	1.98
86884828--86884923	25	4.0	24	84	11	126	28	21	20	29	1.98
86884973--86885011	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
86884974--86885018	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
86896818--86896850	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86900294--86900455	41	4.0	40	88	4	227	33	24	24	18	1.97
86900635--86900710	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
86900869--86900920	25	2.1	25	100	0	104	28	7	23	40	1.82
86906319--86906358	21	2.0	20	85	5	53	37	15	10	37	1.80
86911595--86911747	40	3.8	40	85	3	182	25	27	20	26	1.99
86919583--86919760	40	4.5	40	83	6	175	25	28	20	25	1.99
86919583--86919760	80	2.2	80	82	4	200	25	28	20	25	1.99
86924108--86924271	40	4.1	40	81	3	195	24	21	28	25	1.99
86926807--86926854	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
86927153--86927396	86	2.8	85	81	4	267	27	19	23	29	1.98
86927152--86927396	43	5.7	42	84	4	235	27	19	23	29	1.98
86927153--86927385	84	2.7	85	82	4	263	27	18	24	30	1.98
86928557--86928589	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86929328--86929394	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
86930802--86930967	40	4.2	40	83	5	194	27	25	19	27	1.99
86930802--86930968	80	2.1	79	83	7	214	27	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86935737--86935888	40	3.8	40	89	1	171	26	27	20	25	1.99
86935761--86935888	40	3.2	40	91	2	186	26	27	21	25	1.99
86937925--86937988	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
86942245--86942426	39	4.6	39	86	2	231	24	22	30	22	1.99
86942244--86942464	117	1.9	116	79	7	250	25	21	30	22	1.99
86945283--86945338	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
86947742--86947914	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
86947739--86947909	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
86949445--86949561	55	2.1	55	85	0	153	25	29	26	18	1.98
86957711--86957840	27	4.8	28	86	6	178	40	20	10	29	1.86
86970466--86970655	50	3.8	50	84	3	231	29	27	17	25	1.98
86970895--86970948	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
86972339--86972651	27	11.6	27	88	1	385	28	23	8	39	1.84
86973894--86973941	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
86973985--86974043	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
86974094--86974236	24	6.0	24	88	7	193	28	22	22	26	1.99
86974094--86974236	47	3.0	47	87	7	191	28	22	22	26	1.99
86974094--86974237	71	2.0	72	86	6	204	29	22	22	26	1.99
86974428--86974491	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
86977598--86977635	19	2.0	19	100	0	76	36	21	5	36	1.76
86978135--86978254	43	2.8	43	79	12	131	31	28	17	22	1.97
86978362--86978416	27	2.0	29	82	13	71	49	14	3	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86985800--86985884	44	1.9	45	87	2	127	34	20	20	25	1.96
86989987--86990171	40	4.6	40	79	3	210	25	23	27	23	2.00
86996453--86996603	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
86996453--86996603	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
87004444--87004609	40	4.2	39	82	4	158	24	27	22	25	2.00
87004459--87004609	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
87009239--87009423	40	4.6	40	80	7	205	24	24	27	23	2.00
87009241--87009423	80	2.3	81	84	4	228	24	24	27	22	2.00
87012646--87012759	27	4.2	28	87	3	146	38	17	17	26	1.92
87013123--87013163	20	2.0	20	90	0	64	17	17	26	39	1.91
87013078--87013283	98	2.1	98	84	1	270	19	17	26	35	1.95
87013473--87013560	6	14.3	6	71	17	56	19	19	15	45	1.86
87013479--87013540	25	2.5	25	89	0	88	17	22	17	41	1.90
87015902--87016002	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
87022677--87022852	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87022674--87022845	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
87024818--87024863	24	2.0	23	82	4	56	41	10	19	28	1.85
87030227--87030402	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87030224--87030395	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
87034991--87035143	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
87053009--87053069	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
87057525--87057585	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87058599--87058637	18	2.2	18	100	0	78	30	23	12	33	1.92
87068982--87069016	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
87078768--87078820	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
87080085--87080280	48	4.1	48	91	0	302	39	6	23	30	1.80
87083511--87083611	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
87088571--87088600	8	3.8	8	95	0	51	40	26	6	26	1.81
87092242--87092405	47	3.6	46	75	6	163	31	29	17	21	1.96
87092341--87092426	46	1.9	45	83	4	111	31	27	19	20	1.97
87097794--87097879	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
87099303--87099358	18	3.1	18	70	10	60	41	10	7	41	1.67
87099286--87099358	36	2.0	37	91	2	121	43	9	6	39	1.64
87101591--87101709	44	2.6	46	82	6	145	23	27	19	29	1.98
87105099--87105256	42	3.7	42	81	4	183	32	14	22	30	1.94
87105648--87105697	25	2.0	25	100	0	100	52	4	4	40	1.39
87118744--87118897	42	3.6	42	88	1	218	29	22	15	31	1.95
87131889--87131955	27	2.5	27	92	0	116	22	26	10	40	1.86
87132188--87132218	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
87137083--87137116	17	1.9	18	88	5	52	32	0	23	44	1.54
87138676--87138745	20	3.5	20	98	0	131	17	31	32	18	1.94
87147528--87147582	27	2.0	27	92	0	92	49	7	7	36	1.58
87153170--87153341	93	1.8	93	91	0	281	28	28	20	22	1.99
87153162--87153331	46	3.7	46	75	13	168	30	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87158477--87158546	29	2.5	27	77	11	77	57	0	1	41	1.08
87158841--87158920	29	2.8	28	72	10	72	36	0	2	61	1.10
87158842--87158945	9	11.4	9	69	19	56	30	0	3	65	1.10
87158851--87158922	28	2.5	28	86	8	101	36	0	2	61	1.11
87159730--87159787	24	2.2	26	82	17	68	34	8	8	48	1.65
87160122--87160204	38	2.2	38	97	0	157	16	49	12	21	1.78
87160618--87160697	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
87160622--87160697	18	4.1	18	80	12	82	30	3	1	64	1.20
87160609--87160701	26	3.6	26	72	10	82	29	3	1	66	1.14
87161045--87161078	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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