genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  297  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92621935--92622029	28	3.4	28	77	0	109	30	21	25	23	1.99
92630686--92630738	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
92630955--92631103	57	2.6	55	75	10	138	32	21	15	30	1.94
92632643--92632776	55	2.4	56	82	6	155	37	17	17	27	1.92
92632625--92633123	29	17.6	27	76	7	212	38	19	18	23	1.93
92632625--92633130	85	5.9	85	73	11	237	38	19	18	23	1.93
92632826--92633010	28	6.5	27	77	14	142	38	17	21	22	1.93
92632836--92633119	56	5.0	55	76	9	230	37	17	21	22	1.94
92632832--92633118	28	10.1	28	77	5	118	37	17	21	22	1.94
92635176--92635327	43	3.5	43	75	5	146	28	18	21	30	1.97
92639576--92640027	57	7.9	57	72	5	304	37	18	20	23	1.94
92639808--92639884	28	2.7	28	84	6	84	40	23	18	18	1.91
92639600--92640027	29	15.0	29	72	7	248	37	18	20	23	1.94
92644765--92644798	16	2.1	16	100	0	68	26	26	5	41	1.78
92646144--92646303	43	3.7	43	75	6	146	28	15	25	30	1.95
92647321--92647486	87	1.9	87	91	0	269	22	22	22	31	1.98
92647299--92647499	87	2.3	87	83	3	262	21	24	23	29	1.99
92652664--92652781	29	4.2	29	76	7	118	26	28	14	30	1.95
92652669--92652777	58	1.9	57	86	1	155	24	30	15	29	1.96
92657504--92657543	16	2.5	16	83	0	53	20	20	10	50	1.76
92660580--92660666	27	3.3	26	82	4	102	19	21	22	35	1.96
92668209--92668294	26	3.3	26	79	8	84	22	22	19	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92668209--92668263	27	2.1	27	86	3	76	21	23	20	34	1.97
92668918--92669014	49	2.0	49	95	0	176	44	24	13	17	1.85
92670334--92670362	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
92679967--92680149	40	4.6	40	84	6	228	27	28	19	24	1.99
92688151--92688333	40	4.6	40	82	6	210	26	28	20	24	1.99
92689047--92689076	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
92705159--92705225	34	2.0	34	100	0	134	32	7	14	44	1.74
92718197--92718221	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92719579--92719622	22	2.0	22	100	0	88	31	9	4	54	1.52
92723455--92723613	43	3.7	43	82	1	158	31	28	16	22	1.96
92725210--92725247	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
92725476--92725646	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
92725471--92725643	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
92726066--92726125	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
92733038--92733208	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
92733033--92733205	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
92733623--92733682	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
92737609--92737772	39	4.2	40	78	4	147	25	26	22	25	2.00
92741813--92741851	8	4.9	8	87	0	60	41	23	25	10	1.86
92742051--92742165	29	4.0	28	79	2	104	24	16	29	29	1.96
92743979--92744131	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
92743980--92744162	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92743986--92744200	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
92751994--92752146	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
92751995--92752177	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
92752001--92752215	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
92756286--92756322	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
92757461--92757498	12	3.2	12	92	0	67	23	36	31	7	1.84
92771098--92771167	27	2.5	28	90	2	106	28	14	27	30	1.95
92774699--92774736	20	1.9	20	84	10	51	21	7	26	44	1.79
92779842--92779879	17	2.2	17	90	0	58	31	26	21	21	1.98
92780366--92780450	27	3.2	26	85	5	107	27	22	18	31	1.97
92782421--92782651	48	4.9	48	79	7	242	29	24	18	26	1.98
92792353--92792396	19	2.3	19	92	4	70	34	22	2	40	1.67
92792361--92792401	19	2.2	19	86	8	57	39	19	4	36	1.73
92793899--92793985	45	1.9	45	95	0	156	35	25	13	25	1.93
92795904--92796018	39	2.9	39	82	2	131	26	21	29	21	1.99
92795865--92796056	40	4.8	40	77	6	167	24	21	29	24	1.99
92795918--92796031	39	2.9	39	81	3	122	25	22	29	21	1.99
92800368--92800592	40	5.6	40	82	5	258	24	24	27	23	2.00
92800368--92800628	80	3.3	79	82	5	294	25	23	26	24	2.00
92800375--92800592	120	1.8	121	86	6	318	24	23	27	23	2.00
92808537--92808756	40	5.5	41	83	4	182	24	23	28	23	2.00
92808533--92808756	80	2.8	78	82	5	252	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92808540--92808756	120	1.8	120	84	7	298	24	23	28	23	2.00
92811132--92811235	32	3.2	32	100	0	208	46	9	20	24	1.80
92815740--92815957	79	2.7	79	80	11	241	25	27	21	25	1.99
92815754--92815957	40	5.1	40	82	8	247	25	27	22	24	1.99
92816665--92816692	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92818289--92818339	21	2.4	21	90	0	75	31	31	13	23	1.93
92825856--92825957	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
92825945--92826045	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
92833642--92833743	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
92833731--92833831	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
92837953--92838212	53	4.9	52	82	4	268	37	17	25	20	1.94
92837953--92838212	106	2.4	108	82	1	308	37	17	25	20	1.94
92839257--92839305	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92840122--92840288	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92847258--92847306	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
92848129--92848295	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92850911--92851005	40	2.4	40	92	0	154	30	29	20	20	1.97
92854155--92854193	9	4.3	9	80	0	51	61	15	2	20	1.45
92860809--92860967	48	3.3	48	86	9	195	24	17	32	25	1.97
92860809--92861021	48	4.4	48	79	10	190	24	18	29	26	1.98
92868510--92868630	48	2.5	48	83	5	145	29	15	29	24	1.96
92868608--92868735	49	2.6	49	92	0	193	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92868558--92868783	49	4.6	48	80	8	183	26	19	28	25	1.98
92868779--92869020	120	2.0	120	99	0	475	31	13	23	31	1.93
92870193--92870242	22	2.3	21	76	10	55	18	16	8	58	1.62
92872111--92872149	19	2.1	19	100	0	78	33	10	20	35	1.86
92874795--92874820	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
92880456--92880531	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
92886536--92886636	28	3.4	27	72	19	78	24	27	20	26	1.99
92886534--92886672	60	2.3	59	82	8	156	25	25	20	28	1.99
92891495--92891571	38	2.0	38	97	0	145	32	14	7	45	1.73
92893380--92893597	47	4.6	46	76	11	142	24	29	18	27	1.98
92893284--92893597	94	3.3	92	78	8	269	25	28	18	27	1.98
92895290--92895328	20	2.0	19	85	5	51	53	10	12	23	1.69
92896125--92896161	14	2.6	14	91	8	58	29	0	56	13	1.37
92896125--92896165	21	1.9	22	90	5	66	31	0	53	14	1.41
92911225--92911274	20	2.5	20	87	3	66	16	2	24	58	1.49
92911906--92911945	20	2.1	19	85	4	53	12	10	0	77	0.99
92915228--92915286	20	3.0	20	70	9	57	38	20	27	13	1.90
92917001--92917064	27	2.4	26	82	5	83	42	10	14	32	1.80
92919721--92919761	13	3.2	13	89	0	64	36	12	9	41	1.76
92922043--92922479	110	4.0	110	89	1	617	34	21	12	31	1.90
92923498--92923525	13	2.2	13	100	0	56	39	32	14	14	1.86
92924539--92924585	8	6.0	8	80	11	53	14	8	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92924539--92924604	16	4.1	15	79	13	53	18	7	0	74	1.05
92927504--92927543	22	1.9	20	85	10	53	52	0	7	40	1.30
92929838--92929862	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
92932734--92932781	24	2.0	24	100	0	96	37	8	16	37	1.79
92936940--92937753	47	17.3	47	94	0	1367	32	9	29	27	1.89
92937871--92937947	37	2.1	37	87	4	111	24	19	33	22	1.97
92943692--92943731	21	2.0	21	95	5	73	10	35	27	27	1.89
92946043--92946213	46	3.7	46	76	12	152	25	28	16	29	1.97
92948905--92949095	40	4.8	39	82	7	215	26	28	20	24	1.99
92948879--92949097	79	2.7	79	82	8	248	26	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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