genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  20  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5312024--5312060	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
5312027--5312068	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
5312405--5312604	45	4.5	45	82	1	231	26	27	14	32	1.94
5312621--5313041	78	5.4	78	87	2	614	24	22	19	33	1.97
5321896--5321983	46	1.9	46	92	0	140	27	28	22	21	1.99
5333986--5334012	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
5334747--5334778	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
5334910--5334947	19	2.0	19	94	0	67	65	13	0	21	1.26
5353342--5353367	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5353636--5353673	19	2.0	19	89	0	58	31	23	13	31	1.93
5356086--5357053	44	22.4	44	82	7	1178	29	17	30	22	1.97
5356086--5357053	87	11.2	87	83	7	1131	29	17	30	22	1.97
5357341--5357386	17	2.5	17	86	10	56	86	0	6	6	0.69
5357341--5357386	19	2.6	18	86	6	58	86	0	6	6	0.69
5358191--5358226	16	2.2	16	90	0	54	22	0	2	75	0.94
5358267--5358296	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
5358563--5358600	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
5362486--5362528	21	2.0	22	82	13	54	44	9	2	44	1.49
5365161--5365186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5365784--5365835	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
5368735--5368774	6	6.7	6	88	11	64	2	47	0	50	1.14
5371774--5371815	2	21.0	2	95	0	75	47	0	52	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5375001--5375130	64	2.0	63	98	1	251	29	15	15	40	1.88
5378921--5378957	17	2.1	18	90	5	58	56	0	0	43	0.99
5383854--5383905	22	2.4	22	93	0	86	26	11	28	32	1.91
5384739--5384940	38	5.3	38	88	3	271	23	21	25	29	1.99
5384762--5384940	78	2.3	76	86	3	252	21	21	26	29	1.99
5384933--5385044	43	2.6	43	86	0	170	11	22	32	33	1.90
5390658--5390859	38	5.3	38	83	2	242	23	20	24	31	1.98
5390689--5390859	78	2.2	76	82	2	225	23	19	25	31	1.98
5390852--5390963	43	2.6	43	91	0	179	12	25	31	31	1.92
5390882--5390976	43	2.2	43	86	0	127	14	23	32	29	1.94
5391292--5391399	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
5394640--5394689	19	2.6	19	96	0	91	20	34	30	16	1.94
5396303--5396477	46	3.8	46	76	13	187	30	29	19	20	1.97
5396311--5396482	93	1.8	93	91	0	281	29	30	19	20	1.97
5402004--5402178	46	3.8	46	76	13	187	30	29	19	20	1.97
5402012--5402183	93	1.8	93	91	0	281	29	30	19	20	1.97
5404103--5404132	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
5408788--5408822	15	2.3	15	100	0	70	48	22	22	5	1.72
5423740--5423781	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
5433827--5433918	47	2.0	46	93	4	159	51	5	16	27	1.66
5434495--5434546	29	1.9	27	85	14	72	53	5	11	28	1.60
5438384--5438421	17	2.2	17	90	0	58	60	2	2	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5438384--5438453	22	3.5	20	75	14	56	58	1	2	37	1.22
5444924--5445321	185	2.2	187	86	4	560	27	21	15	35	1.93
5451584--5451709	50	2.5	50	96	0	225	34	16	23	25	1.95
5451685--5451745	31	2.0	31	90	0	95	27	16	26	29	1.97
5451706--5451793	46	1.9	46	86	4	124	28	21	21	28	1.99
5460840--5461085	122	2.0	122	99	0	483	41	14	10	32	1.81
5465653--5465692	17	2.4	17	95	0	71	45	22	15	17	1.85
5467115--5467231	39	3.0	39	79	12	121	34	10	15	40	1.81
5468749--5468793	23	2.0	22	83	8	56	60	0	2	37	1.09
5469206--5469295	19	4.3	20	72	21	78	42	1	3	53	1.24
5470581--5470636	16	3.5	16	87	0	76	39	5	25	30	1.78
5470618--5470711	44	2.1	44	86	4	125	32	5	25	36	1.79
5470813--5470938	58	2.2	58	86	2	182	53	3	0	43	1.16
5471891--5471926	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
5471878--5471918	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
5472041--5472175	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
5472415--5472453	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
5473759--5473795	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
5476754--5476784	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
5489063--5489109	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
5489391--5489501	23	4.8	22	76	14	75	30	2	5	61	1.32
5489396--5489465	26	2.9	24	77	14	65	31	4	5	58	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5490188--5490244	23	2.5	23	100	0	114	61	0	0	38	0.96
5499770--5499853	26	3.2	26	94	0	141	33	3	25	38	1.73
5501291--5501365	26	2.8	26	77	4	69	34	20	12	33	1.89
5501469--5501635	27	6.2	27	88	2	219	18	24	23	33	1.97
5501697--5501736	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
5504613--5504637	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5506264--5506309	20	2.3	20	100	0	92	28	30	21	19	1.98
5521683--5521731	17	2.9	17	84	0	62	65	2	0	32	1.04
5521875--5522016	3	47.3	3	73	13	80	66	2	3	27	1.22
5528046--5528074	15	2.0	15	93	6	51	48	13	27	10	1.75
5540807--5540843	18	2.1	18	100	0	74	45	0	16	37	1.47
5544281--5544341	13	4.7	13	74	8	52	37	19	4	37	1.74
5549076--5549116	12	3.2	13	86	10	50	29	4	0	65	1.13
5550233--5550345	54	2.1	54	90	3	174	37	22	24	15	1.93
5550233--5550345	27	4.2	26	88	5	154	37	22	24	15	1.93
5551960--5552069	26	4.2	26	96	0	184	37	23	5	33	1.78
5552481--5552587	23	4.7	23	71	20	64	32	3	3	59	1.33
5552495--5552544	26	1.9	26	84	8	66	34	6	4	56	1.43
5552529--5552580	23	2.3	22	86	3	68	32	1	1	63	1.16
5556222--5556265	23	1.9	23	81	9	54	72	6	4	15	1.22
5557274--5557339	25	2.5	26	82	4	89	39	27	13	19	1.89
5562448--5562492	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5563136--5563568	39	11.3	39	75	6	305	31	15	18	33	1.93
5563136--5563568	77	5.6	77	79	3	392	31	15	18	33	1.93
5568608--5568654	24	2.0	24	100	0	94	12	14	21	51	1.76
5570211--5570278	31	2.3	30	84	5	84	41	7	7	44	1.60
5571816--5571856	18	2.3	19	79	12	50	26	43	17	12	1.84
5576348--5576409	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
5576365--5576515	54	2.8	54	85	2	151	29	8	19	41	1.81
5576363--5576515	81	1.9	81	86	5	220	30	8	19	41	1.81
5576392--5576515	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
5576392--5576517	54	2.3	54	90	0	180	30	7	19	42	1.78
5580448--5580509	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
5580492--5580614	27	4.6	27	83	4	160	30	6	20	42	1.77
5580465--5580614	53	2.8	53	85	3	149	30	8	20	41	1.82
5580492--5580614	53	2.3	54	91	1	194	30	6	20	42	1.77
5580598--5580668	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
5580473--5580641	80	2.1	80	78	3	178	31	8	20	39	1.83
5588936--5589440	46	11.0	46	86	3	658	28	23	9	38	1.86
5590635--5590674	20	2.0	20	95	0	71	45	22	5	27	1.73
5591016--5591043	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
5593321--5593367	15	3.0	15	77	20	51	34	19	0	46	1.50
5593726--5594271	46	11.9	46	87	0	723	28	23	10	37	1.88
5603639--5603663	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5604343--5604378	13	2.7	13	91	4	54	38	30	5	25	1.78
5611593--5611620	13	2.2	13	100	0	56	50	0	28	21	1.49
5612826--5612932	42	2.5	42	96	0	196	30	14	32	22	1.93
5612941--5613009	27	2.5	28	85	2	95	30	14	21	33	1.93
5625016--5625069	23	2.3	23	87	0	72	31	18	24	25	1.97
5633036--5633378	37	9.1	38	80	6	146	29	16	17	37	1.91
5633106--5633475	75	5.0	74	82	3	429	28	15	18	38	1.91
5633092--5633475	112	3.4	112	90	0	570	27	15	18	37	1.92
5633074--5633482	37	11.0	38	79	6	383	28	15	18	37	1.91
5635733--5635905	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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