genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  313  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97655446--97655594	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
97655487--97655594	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
97668402--97668439	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
97680960--97681416	43	10.5	42	75	9	325	35	21	23	19	1.96
97680958--97681419	129	3.6	128	78	9	524	35	21	22	19	1.96
97680913--97681419	261	1.9	260	92	1	854	35	21	23	19	1.96
97681706--97681992	86	3.3	86	84	2	310	36	20	22	20	1.95
97683480--97683537	25	2.3	24	80	13	64	31	3	6	58	1.41
97683555--97683592	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
97685421--97685445	10	2.5	10	100	0	50	52	0	0	48	1.00
97685466--97685533	32	2.2	31	84	7	84	45	1	2	50	1.26
97685641--97685682	9	4.7	9	91	8	68	78	0	0	21	0.75
97687783--97687827	22	2.0	22	100	0	90	35	15	8	40	1.79
97694386--97694669	40	7.1	40	90	1	410	25	27	23	23	2.00
97700742--97700767	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
97701475--97701653	40	4.4	40	84	2	207	26	22	26	23	2.00
97701509--97701679	80	2.1	80	80	2	182	28	23	25	22	1.99
97709563--97709741	40	4.5	40	84	4	211	26	24	26	22	2.00
97709599--97709755	79	2.0	79	83	2	199	28	24	26	21	1.99
97709599--97709781	79	2.3	79	81	2	197	28	24	25	21	1.99
97715411--97715511	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
97717389--97717550	29	5.6	29	88	1	209	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97725355--97725516	29	5.6	29	88	1	209	25	16	32	25	1.96
97727182--97727351	39	4.4	39	90	2	245	25	25	20	28	1.99
97730006--97730063	29	2.0	29	89	0	89	43	0	6	50	1.29
97730228--97730259	12	2.6	13	85	14	50	71	0	3	25	1.00
97730229--97730272	21	2.1	21	83	8	54	72	0	6	20	1.07
97730731--97730766	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
97732096--97732292	50	3.9	50	79	2	162	29	26	18	25	1.98
97732110--97732292	49	3.7	49	79	3	195	30	26	18	25	1.98
97737955--97738140	40	4.7	40	88	5	252	24	20	27	27	1.99
97737955--97738173	80	2.8	80	80	11	254	25	21	26	26	1.99
97741205--97741286	38	2.2	38	86	4	112	23	21	25	29	1.99
97741217--97741305	38	2.3	38	92	0	142	21	21	24	32	1.98
97743104--97743272	58	2.9	58	91	0	268	22	16	29	31	1.96
97743107--97743262	29	5.4	28	70	11	109	22	17	28	32	1.96
97746858--97746958	38	2.7	38	80	9	125	24	21	22	30	1.99
97756588--97756755	40	4.2	40	77	8	162	24	26	23	26	2.00
97761330--97761395	29	2.2	31	86	8	91	39	3	3	54	1.31
97761351--97761408	29	2.0	29	86	0	80	43	0	5	51	1.24
97761583--97761631	25	2.0	25	84	8	64	75	6	8	10	1.18
97762080--97762115	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
97791610--97791834	39	5.8	39	94	0	369	19	22	28	29	1.98
97804007--97804075	30	2.3	30	97	0	129	21	23	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97805434--97805606	46	3.7	46	78	13	201	21	20	27	30	1.98
97805431--97805601	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	29	1.98
97807373--97807477	52	2.0	52	98	0	201	26	20	24	28	1.99
97808765--97808822	22	2.6	22	83	0	71	41	24	18	15	1.89
97813783--97813881	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
97822457--97822510	26	2.1	26	83	13	67	42	1	0	55	1.10
97822534--97822577	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
97823148--97823192	20	2.3	19	82	14	56	51	13	6	28	1.66
97823325--97823361	19	1.9	19	94	0	65	32	0	2	64	1.07
97823328--97823370	19	2.3	19	84	8	52	32	4	2	60	1.30
97827407--97827573	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97835394--97835560	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97840598--97840696	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
97845652--97845702	25	2.0	25	100	0	102	41	23	11	23	1.87
97847815--97847876	30	2.1	30	90	0	97	25	1	12	59	1.43
97849466--97849519	21	2.6	20	79	5	54	27	3	5	62	1.34
97860969--97861078	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
97860969--97861118	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
97867461--97867489	12	2.3	13	94	5	51	72	0	24	3	1.00
97868834--97868890	22	2.6	22	100	0	114	12	19	24	43	1.85
97878384--97878460	40	1.9	40	83	0	100	14	15	35	35	1.88
97880846--97880897	24	2.2	24	82	6	61	34	19	26	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97885553--97885593	18	2.3	18	95	0	73	17	24	34	24	1.96
97891347--97891376	4	7.5	4	92	0	51	20	0	3	76	0.92
97891347--97891393	16	2.9	17	84	6	53	21	4	2	72	1.12
97899673--97899721	21	2.5	19	81	12	55	34	2	4	59	1.28
97900680--97900765	42	2.0	42	97	0	163	37	15	6	40	1.74
97902797--97903391	27	22.0	27	78	9	169	34	21	9	34	1.86
97902956--97903210	54	4.7	54	93	1	413	28	21	9	40	1.84
97902958--97903211	81	3.1	81	89	1	384	28	22	9	40	1.84
97902998--97903246	81	3.1	81	85	2	205	30	23	8	37	1.84
97903202--97903438	81	2.9	80	81	9	257	39	20	10	29	1.87
97903202--97903410	54	3.9	54	85	4	255	39	20	9	30	1.84
97903400--97903545	27	5.4	27	92	0	222	34	18	21	25	1.96
97903961--97904031	31	2.3	31	87	0	97	22	16	12	47	1.80
97903961--97904079	6	19.3	6	67	17	66	21	18	13	47	1.82
97904012--97904059	25	1.9	25	91	0	78	20	22	14	41	1.89
97906062--97906655	27	22.0	27	78	9	151	34	21	9	34	1.86
97906056--97906202	53	2.8	53	80	3	161	38	23	8	30	1.84
97906220--97906474	54	4.7	54	93	1	413	28	21	9	40	1.84
97906222--97906475	81	3.1	81	89	1	384	28	22	9	40	1.84
97906262--97906510	81	3.1	81	85	2	205	30	23	8	37	1.84
97906466--97906674	54	3.9	54	84	4	246	40	20	9	30	1.83
97906466--97906702	81	2.9	80	81	9	248	39	20	10	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97906664--97906809	27	5.4	27	90	0	222	34	19	21	23	1.96
97907225--97907295	31	2.3	31	90	0	106	22	15	12	49	1.78
97907225--97907343	6	19.3	6	69	17	75	21	17	13	47	1.81
97907255--97907323	25	2.8	25	84	0	93	21	18	13	46	1.83
97909321--97909914	27	22.0	27	78	9	160	34	21	9	34	1.86
97909374--97909478	53	2.0	52	83	7	131	40	20	9	30	1.84
97909479--97909733	54	4.7	54	93	1	413	28	21	9	40	1.84
97909481--97909734	81	3.1	81	89	1	384	28	22	9	40	1.84
97909521--97909769	81	3.1	81	85	2	205	30	23	8	37	1.84
97909725--97909961	81	2.9	80	81	9	257	39	20	10	29	1.87
97909725--97909933	54	3.9	54	85	4	255	39	20	9	30	1.84
97909923--97910068	27	5.4	27	92	0	231	34	19	21	24	1.96
97910484--97910554	31	2.3	31	90	0	106	22	15	12	49	1.78
97910484--97910602	6	19.3	6	69	17	75	21	17	13	47	1.81
97910514--97910582	25	2.8	25	84	0	93	21	18	13	46	1.83
97912582--97913175	27	22.0	27	78	9	160	34	21	9	34	1.86
97912635--97912739	53	2.0	52	83	7	131	40	20	9	30	1.84
97912740--97912994	54	4.7	54	93	1	413	28	21	9	40	1.84
97912742--97912995	81	3.1	81	89	1	384	28	22	9	40	1.84
97912782--97913030	81	3.1	81	85	2	205	30	23	8	37	1.84
97912986--97913222	81	2.9	80	81	9	257	39	20	10	29	1.87
97912986--97913194	54	3.9	54	85	4	255	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97913184--97913329	27	5.4	27	92	0	231	34	19	21	24	1.96
97913745--97913815	31	2.3	31	90	0	106	22	15	12	49	1.78
97913745--97913863	6	19.3	6	69	17	75	21	17	13	47	1.81
97913775--97913843	25	2.8	25	84	0	93	21	18	13	46	1.83
97915847--97915996	27	5.6	27	80	6	160	39	22	9	29	1.85
97916008--97916261	27	9.4	27	85	1	321	29	20	9	40	1.83
97916252--97916487	27	8.8	27	85	3	235	38	20	11	30	1.87
97916006--97916260	54	4.7	54	91	1	377	29	20	9	41	1.83
97916008--97916261	81	3.1	81	86	1	357	29	20	9	40	1.83
97916277--97916511	81	2.9	81	80	3	233	37	19	12	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433