genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  229  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71436228--71436415	29	6.6	29	87	3	238	25	15	32	27	1.95
71436228--71436414	85	2.2	86	84	3	234	25	15	32	27	1.96
71442338--71442479	47	3.0	47	88	1	214	28	11	14	45	1.79
71443282--71443486	45	4.6	45	87	7	287	23	20	29	26	1.99
71443281--71443530	88	2.9	88	86	6	332	24	19	28	27	1.99
71444027--71444059	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
71447573--71447649	23	3.4	23	78	8	86	35	19	20	24	1.96
71447566--71447636	22	3.2	22	80	7	72	35	18	22	23	1.96
71453172--71453323	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
71453172--71453323	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
71463232--71463259	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
71463344--71463491	40	3.7	40	83	3	154	25	22	27	24	2.00
71463344--71463504	80	2.0	80	81	2	189	24	21	27	26	1.99
71465576--71465624	23	2.1	23	84	3	62	40	10	0	48	1.37
71472171--71472323	42	3.7	40	75	13	139	30	24	15	29	1.95
71472245--71472338	42	2.2	44	81	9	115	32	26	12	27	1.93
71475913--71476010	45	2.2	45	86	0	142	35	20	15	28	1.93
71481706--71481755	3	16.7	3	100	0	100	32	34	0	34	1.58
71484330--71484401	37	1.9	37	91	5	119	47	25	9	18	1.78
71489206--71489362	39	4.0	39	90	4	244	21	30	19	28	1.98
71496759--71496894	52	2.6	53	77	10	145	26	19	24	30	1.98
71496879--71496985	46	2.3	46	96	0	196	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71496879--71496999	46	2.6	46	92	0	170	26	19	27	27	1.99
71497262--71497304	19	2.3	19	91	0	68	27	20	13	37	1.91
71504373--71504397	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
71504414--71504447	13	2.8	12	87	12	52	61	11	2	23	1.43
71505859--71505986	37	3.4	37	87	1	184	27	32	17	23	1.96
71506026--71506182	48	3.3	47	90	0	242	31	26	7	34	1.83
71506178--71506298	49	2.5	49	98	0	233	30	28	9	31	1.88
71510117--71510386	40	6.8	40	93	1	436	24	27	21	27	1.99
71510117--71510386	79	3.4	79	93	1	434	24	27	21	27	1.99
71510117--71510386	119	2.3	119	92	1	443	24	27	21	27	1.99
71512202--71512329	37	3.4	37	92	1	211	25	32	17	23	1.97
71512369--71512546	48	3.7	48	90	1	275	32	26	7	34	1.84
71512522--71512642	49	2.5	49	98	0	233	30	28	9	31	1.88
71516454--71516725	40	6.8	40	93	0	436	24	26	21	26	1.99
71518543--71518669	37	3.4	37	91	2	202	25	33	17	23	1.96
71518709--71518886	48	3.7	48	90	1	275	32	26	7	34	1.84
71518862--71518982	49	2.5	49	98	0	233	30	28	9	31	1.88
71522877--71523108	49	4.7	49	81	6	261	24	17	27	31	1.97
71528452--71528646	39	4.9	39	88	2	221	23	32	20	24	1.98
71528452--71528648	78	2.5	79	86	3	254	22	31	20	24	1.98
71528492--71528648	39	4.0	39	90	4	244	21	31	19	26	1.97
71537118--71537343	40	5.7	40	87	4	239	25	25	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71543556--71543644	32	2.8	32	94	0	151	28	19	20	32	1.96
71544156--71544244	27	3.3	27	84	9	103	31	13	15	39	1.86
71544209--71544354	27	5.4	27	85	4	179	32	8	19	40	1.81
71544171--71544360	54	3.5	53	82	7	199	30	9	21	38	1.85
71544225--71544355	27	4.9	27	87	0	183	29	6	21	41	1.79
71544170--71544357	27	7.0	27	79	11	154	31	9	19	39	1.84
71547764--71547821	2	28.5	2	85	3	80	46	1	3	48	1.29
71548190--71548310	57	2.1	57	81	6	138	33	16	19	30	1.94
71548984--71549030	23	2.0	23	95	0	85	19	8	8	63	1.48
71555941--71556103	40	4.1	40	83	5	188	25	27	22	23	2.00
71555941--71556103	80	2.1	79	84	5	213	25	27	22	23	2.00
71559607--71559682	29	2.6	29	78	0	89	42	17	14	26	1.87
71564325--71564400	34	2.2	34	95	0	134	39	10	10	39	1.74
71567688--71567897	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71575822--71576031	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71583623--71583832	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71587583--71587888	54	5.7	52	78	6	225	42	19	8	29	1.81
71587575--71587890	27	11.7	27	75	6	178	42	18	8	30	1.81
71587583--71587885	81	3.7	80	76	5	245	42	18	8	29	1.80
71588152--71588274	41	3.0	41	82	4	158	21	23	29	25	1.99
71588417--71588481	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
71588701--71588745	22	2.0	22	91	0	72	11	20	28	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71588819--71588865	21	2.2	22	85	11	62	4	6	51	38	1.47
71602287--71602414	46	2.9	44	80	11	136	26	20	29	23	1.99
71606049--71606094	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
71606061--71606103	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
71607508--71607555	13	3.6	13	78	10	53	68	0	29	2	1.01
71607518--71607565	18	2.6	19	80	12	55	66	0	31	2	1.03
71607513--71607565	19	2.8	19	76	20	58	67	0	30	1	1.01
71608839--71608910	34	2.1	35	84	7	94	23	25	8	43	1.81
71617201--71617326	45	2.7	50	80	15	144	26	15	30	27	1.96
71634815--71634866	24	2.1	25	92	7	88	61	11	15	11	1.57
71643152--71643181	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71643646--71643680	18	2.0	17	88	5	52	54	0	2	42	1.15
71643810--71643864	19	3.3	19	62	32	52	58	0	1	40	1.09
71643861--71643907	16	2.9	16	80	0	58	40	4	0	55	1.19
71655664--71655763	49	2.1	49	98	1	193	24	17	8	51	1.72
71657041--71657074	11	3.1	11	87	12	52	44	35	0	20	1.52
71658714--71658762	26	1.9	25	84	12	64	34	12	18	34	1.88
71658731--71658874	60	2.4	60	77	2	155	34	13	18	34	1.89
71658731--71658874	30	4.8	30	78	0	135	34	13	18	34	1.89
71667345--71667407	19	3.4	19	86	8	85	31	7	12	47	1.70
71670725--71670869	40	3.6	40	95	0	254	22	22	28	26	1.99
71670725--71670901	40	4.4	40	89	2	250	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71673549--71673725	40	4.5	40	82	7	184	25	27	20	25	1.99
71673559--71673713	79	2.0	78	83	3	195	27	27	18	26	1.98
71681616--71681793	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
71686740--71686794	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
71692969--71693142	47	3.7	47	90	1	249	28	30	7	33	1.85
71693019--71693097	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
71703987--71704110	41	3.0	40	82	6	142	21	16	17	43	1.88
71709089--71709148	25	2.4	25	85	0	75	30	16	23	30	1.96
71709206--71709361	13	12.0	13	67	13	70	41	2	19	35	1.66
71713494--71713537	20	2.2	20	100	0	88	36	11	18	34	1.86
71713590--71713715	23	5.4	23	86	6	157	30	21	23	25	1.99
71713590--71713715	47	2.7	46	83	8	157	30	21	23	25	1.99
71713923--71713986	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
71717597--71717827	99	2.4	92	83	9	270	26	29	18	25	1.98
71717548--71717819	46	5.8	46	76	10	198	26	30	18	25	1.98
71724570--71724638	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
71726974--71727016	18	2.5	17	84	3	50	48	0	9	41	1.35
71728799--71728867	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
71731862--71731996	29	4.7	29	85	5	157	24	31	15	28	1.96
71731837--71731995	57	2.8	58	81	1	176	23	33	15	27	1.95
71735312--71735447	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
71735287--71735446	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71743120--71743250	29	4.6	29	87	0	165	24	31	15	29	1.95
71743091--71743249	58	2.8	57	81	0	174	23	33	15	27	1.95
71745906--71746122	46	4.6	47	77	10	178	24	29	18	26	1.98
71750814--71750864	25	2.0	25	100	0	102	31	19	29	19	1.97
71751245--71751354	27	4.1	27	84	4	141	30	17	22	29	1.97
71751244--71751347	54	1.9	54	90	0	163	31	16	23	28	1.96
71751336--71751572	27	8.7	27	77	9	133	40	20	8	30	1.82
71751336--71751475	54	2.6	54	77	2	147	42	20	7	30	1.79
71751603--71751679	27	2.9	27	90	0	118	32	23	24	19	1.97
71752256--71752372	49	2.4	49	91	0	189	24	21	22	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433