genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  205  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64698070--64698420	93	3.8	92	85	7	396	29	18	28	23	1.98
64698070--64698424	140	2.5	139	84	6	434	29	18	28	23	1.98
64698070--64698424	47	7.6	47	79	9	306	29	18	28	23	1.98
64705700--64705733	11	2.8	13	91	8	54	2	20	0	76	0.92
64706813--64706926	28	4.2	27	80	8	124	22	25	16	35	1.95
64706814--64706924	55	2.0	55	82	3	134	22	25	17	35	1.95
64708539--64708623	43	2.0	43	82	13	104	27	27	18	27	1.98
64710314--64710400	24	3.6	24	92	0	147	35	25	16	22	1.94
64712668--64712711	14	3.0	14	80	6	52	45	9	0	45	1.35
64714128--64714233	24	4.4	24	92	1	176	29	22	18	29	1.98
64714283--64714349	20	3.3	20	95	0	107	29	20	13	35	1.91
64714386--64714433	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64719169--64719249	37	2.2	37	95	0	144	25	32	20	20	1.98
64723566--64723716	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
64723603--64723732	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
64731596--64731746	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
64731633--64731762	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
64733202--64733278	36	2.1	37	97	2	147	28	25	15	29	1.96
64742520--64742669	40	3.8	40	90	7	227	23	22	28	26	1.99
64744888--64744952	26	2.5	26	79	16	73	49	6	1	43	1.37
64744936--64745064	23	5.5	23	68	24	74	34	3	0	61	1.20
64744979--64745059	14	6.4	12	77	18	76	34	2	0	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64751267--64751451	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
64751260--64751451	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
64759328--64759446	40	3.0	40	77	3	125	23	26	23	26	2.00
64767304--64767481	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
64769952--64770040	42	2.1	42	93	0	151	39	35	7	16	1.78
64770375--64770403	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
64771164--64771212	25	2.0	25	87	0	71	42	0	12	44	1.41
64771487--64771569	43	1.9	43	87	0	121	51	3	24	20	1.63
64774363--64774435	36	2.0	36	91	0	119	32	9	30	27	1.89
64776563--64776655	28	3.3	28	72	11	82	25	16	31	26	1.96
64776563--64776669	56	1.9	56	82	0	133	28	16	28	27	1.97
64776572--64776686	56	2.1	56	81	0	131	29	14	28	26	1.95
64776795--64776861	32	2.1	33	91	2	109	40	7	22	29	1.81
64776765--64776863	32	3.1	31	81	5	108	36	8	24	31	1.84
64782841--64782942	28	3.6	28	77	5	107	27	17	30	24	1.97
64782841--64782967	56	2.3	56	87	0	173	28	19	28	23	1.98
64782852--64783001	56	2.7	55	80	9	153	28	18	29	24	1.98
64783044--64783141	32	3.1	32	88	4	128	36	11	23	28	1.89
64789468--64789530	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
64789723--64789865	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
64789723--64789864	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
64789722--64789865	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64789916--64789969	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
64789916--64789974	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
64790017--64790064	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64797564--64797626	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
64797818--64797960	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
64797818--64797959	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
64797817--64797960	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
64798011--64798064	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
64798011--64798069	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
64798112--64798159	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64810412--64810472	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
64812557--64812590	3	11.3	3	87	0	50	61	0	2	35	1.11
64814987--64815173	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
64815010--64815173	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64815010--64815207	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64822554--64822740	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
64822577--64822740	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64822577--64822774	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64824093--64824145	27	2.0	27	81	7	63	52	1	24	20	1.56
64824094--64824175	43	1.9	43	92	0	137	53	1	24	20	1.53
64826106--64826143	20	1.9	20	94	0	67	23	23	0	52	1.47
64831186--64831220	17	2.1	17	100	0	70	34	17	11	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64840913--64841087	50	3.5	48	83	9	183	29	27	17	25	1.98
64840913--64841096	101	1.8	99	87	2	269	28	27	17	25	1.98
64841902--64841962	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
64852159--64852340	29	6.3	29	79	6	136	38	12	25	23	1.90
64852180--64852343	87	1.9	87	85	2	231	39	12	26	22	1.89
64852214--64852350	29	4.7	29	83	3	150	38	13	25	21	1.91
64856128--64856278	44	3.5	44	75	8	139	26	19	25	28	1.99
64858910--64859011	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
64864126--64864256	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
64869372--64869473	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
64876116--64876241	44	3.0	42	81	6	137	23	18	30	28	1.97
64884500--64884707	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
64884500--64884705	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
64886534--64886683	42	3.5	44	75	13	141	27	20	26	26	1.99
64895789--64895879	37	2.4	37	92	1	146	25	30	18	25	1.98
64895919--64896118	48	4.2	48	93	0	337	32	28	6	33	1.81
64896110--64896443	49	6.9	49	92	2	559	29	28	8	33	1.87
64896110--64896443	145	2.3	145	99	0	659	29	28	8	33	1.87
64896110--64896445	96	3.5	95	92	3	548	29	28	8	33	1.87
64897210--64897235	10	2.6	10	100	0	52	23	15	11	50	1.76
64900116--64900154	6	6.3	6	82	5	51	46	2	17	33	1.62
64901646--64901674	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64907604--64907779	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
64907600--64907771	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
64910729--64910797	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
64910720--64910807	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
64913190--64913365	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
64913186--64913357	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
64918884--64918947	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
64919139--64919280	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	28	1.99
64919139--64919282	47	3.0	48	87	5	202	27	22	22	28	1.99
64919138--64919280	71	2.0	71	87	5	209	26	21	22	29	1.99
64919330--64919389	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
64919432--64919479	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64923944--64924007	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
64924199--64924341	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
64924199--64924340	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
64924198--64924341	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
64924391--64924449	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
64924492--64924539	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
64930990--64931422	47	9.1	47	81	6	344	34	9	28	27	1.88
64931154--64931480	48	6.8	48	78	10	317	35	7	27	28	1.85
64931101--64931477	193	1.9	193	84	5	492	35	8	27	28	1.87
64931025--64931472	143	3.1	143	78	9	484	34	9	28	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64931060--64931521	240	1.9	238	86	5	662	34	9	28	27	1.88
64931629--64931771	37	3.9	37	89	0	214	22	17	33	26	1.96
64933028--64933299	40	6.8	40	91	0	427	24	22	28	25	1.99
64937856--64938006	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
64937893--64938022	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
64940576--64941008	47	9.1	47	82	6	371	34	9	28	27	1.89
64940605--64940676	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
64940740--64941066	48	6.8	48	80	10	335	35	8	27	28	1.86
64940890--64940965	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
64940687--64941063	193	1.9	193	85	5	510	35	9	27	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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