genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  180  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56499914--56500079	40	4.2	40	81	4	187	24	27	22	25	2.00
56502472--56502509	14	2.8	14	85	14	53	0	34	0	65	0.93
56502457--56502506	15	3.3	15	83	11	57	0	34	2	64	1.05
56502445--56502520	19	3.9	20	75	19	72	0	35	2	61	1.10
56505514--56505721	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
56513606--56513813	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
56516450--56516659	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56524583--56524792	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56534276--56534300	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
56536076--56536374	30	10.1	30	73	9	229	20	25	14	39	1.90
56536076--56536396	89	3.6	89	91	0	507	20	25	14	39	1.91
56536604--56536647	21	2.0	22	82	4	54	43	15	0	40	1.47
56540428--56540621	30	6.5	30	69	12	112	22	26	11	39	1.89
56540870--56540917	21	2.4	19	77	16	51	43	18	0	37	1.51
56544836--56544873	17	2.3	17	95	4	69	52	0	5	42	1.24
56548901--56549057	44	3.7	41	84	12	194	22	18	28	30	1.97
56548901--56549057	84	1.9	84	85	9	221	22	18	28	30	1.97
56558566--56558621	3	19.0	3	96	3	105	32	0	0	67	0.91
56559307--56559445	39	3.6	39	90	3	217	38	24	23	12	1.90
56565968--56566058	46	2.0	46	97	0	173	20	32	20	25	1.97
56567901--56567975	38	2.0	38	97	2	143	40	16	2	41	1.62
56568529--56568582	22	2.6	21	80	8	74	18	27	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56570547--56570649	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56572148--56573085	409	2.3	410	80	2	1035	30	13	23	33	1.93
56573933--56574022	44	2.0	44	89	0	135	51	3	8	36	1.50
56574809--56574867	6	9.5	6	89	7	73	76	6	0	16	1.00
56574887--56574928	9	4.7	9	81	0	57	33	0	14	52	1.42
56582262--56582298	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
56583372--56583420	20	2.3	22	86	6	66	53	0	4	42	1.20
56584164--56584204	19	2.2	19	86	0	55	41	2	0	56	1.13
56584174--56584231	28	2.2	26	81	9	64	43	1	0	55	1.10
56584042--56584241	95	2.1	98	88	5	300	50	3	1	45	1.26
56584277--56584315	13	2.9	13	88	3	51	61	2	0	35	1.10
56587535--56587583	23	2.1	23	100	0	98	18	8	26	46	1.76
56588651--56588835	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
56588652--56588843	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
56588651--56588868	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
56593161--56593302	39	3.6	39	90	0	194	43	22	4	29	1.72
56597705--56597938	48	4.9	48	80	1	236	25	24	19	30	1.98
56597705--56597938	96	2.4	96	85	1	308	25	24	19	30	1.98
56602174--56602341	40	4.2	40	79	3	187	25	21	27	26	1.99
56609670--56609820	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
56609706--56609836	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
56611685--56611905	78	2.8	80	84	6	272	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56611666--56611905	40	6.1	40	84	8	269	25	28	21	23	1.99
56612617--56612646	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56613835--56614002	90	1.9	90	100	0	336	25	17	21	35	1.95
56616846--56616945	41	2.4	41	88	3	130	27	27	22	24	1.99
56620568--56620669	50	2.0	50	94	0	177	33	13	26	26	1.94
56627297--56627504	40	5.2	39	81	3	218	25	25	22	26	2.00
56633960--56634167	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	25	2.00
56633960--56634166	80	2.6	80	83	1	245	25	26	22	25	2.00
56641914--56642121	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	25	2.00
56641914--56642120	80	2.6	80	83	1	245	25	26	22	25	2.00
56652011--56652039	14	2.1	14	100	0	58	20	44	27	6	1.77
56659856--56659920	23	2.8	23	81	9	71	20	24	18	36	1.94
56659845--56659910	23	2.8	24	77	11	73	22	22	18	36	1.95
56667281--56667320	21	1.9	21	85	10	55	77	0	0	22	0.77
56667285--56667320	11	3.1	11	85	14	54	77	0	0	22	0.76
56676733--56676889	55	2.9	55	80	7	178	36	17	24	21	1.95
56676781--56676889	53	2.0	53	84	7	139	34	19	24	21	1.96
56682502--56682580	29	2.7	29	92	0	122	25	24	12	37	1.90
56689504--56689653	71	2.2	68	90	8	234	18	29	19	32	1.96
56689522--56689682	71	2.3	71	87	2	243	17	27	19	35	1.94
56696985--56697143	71	2.3	71	84	4	216	18	27	19	34	1.95
56706298--56706398	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56706298--56706448	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
56706294--56706465	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
56714327--56714427	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
56714327--56714477	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
56714323--56714494	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
56718686--56718780	47	2.0	47	97	0	181	32	20	12	34	1.90
56725673--56725733	32	1.9	31	86	3	86	11	19	6	62	1.50
56732164--56732236	37	2.0	37	100	0	146	43	19	2	34	1.65
56734680--56734913	52	4.6	51	78	3	256	33	26	15	25	1.95
56734680--56734913	102	2.3	102	93	0	396	33	26	15	25	1.95
56740339--56740402	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
56740617--56740735	23	5.1	23	95	1	202	31	20	20	27	1.97
56740788--56740852	20	3.2	20	86	0	94	33	21	12	32	1.90
56756660--56756836	40	4.4	40	83	4	216	24	22	26	25	2.00
56756660--56756836	80	2.2	80	88	5	252	24	22	26	25	2.00
56757064--56757105	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
56762473--56762516	23	2.0	23	86	4	63	45	4	13	36	1.64
56763941--56764051	27	4.1	27	80	0	96	29	23	18	27	1.98
56763941--56764051	54	2.1	54	82	0	132	29	23	18	27	1.98
56765220--56765359	69	2.0	69	97	0	262	35	19	6	39	1.77
56767147--56767182	16	2.3	16	90	4	56	16	0	33	50	1.46
56767457--56767489	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56772336--56772404	23	3.0	23	87	6	104	27	21	21	28	1.99
56777229--56777301	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
56785372--56785444	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
56820521--56820564	22	2.0	22	100	0	88	40	18	18	22	1.91
56820840--56821043	40	5.1	40	78	8	175	23	23	29	24	1.99
56824078--56824132	23	2.5	22	86	11	78	47	29	3	20	1.67
56825660--56825827	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
56825676--56825825	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
56833612--56833741	40	3.3	39	76	5	136	23	26	23	25	2.00
56833612--56833776	40	4.2	39	74	9	129	22	26	23	27	1.99
56835848--56836054	40	5.2	40	83	5	222	26	21	26	25	2.00
56835848--56836054	79	2.6	80	83	2	247	26	21	26	25	2.00
56838053--56838155	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
56845838--56845940	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
56861492--56861531	13	3.1	13	88	0	62	20	32	32	15	1.93
56866155--56866189	13	2.7	13	100	0	70	0	22	42	34	1.54
56875429--56875596	40	4.2	40	79	3	187	26	27	21	25	1.99
56888744--56888802	27	2.2	27	93	0	100	52	15	3	28	1.58
56894324--56894498	47	3.7	46	82	8	201	27	20	29	22	1.98
56894324--56894497	94	1.9	93	85	6	244	27	20	29	22	1.99
56902503--56902638	47	3.0	44	75	7	137	30	28	19	22	1.98
56903053--56903112	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56923956--56924006	21	2.4	22	84	15	72	33	3	3	58	1.35
56923962--56924006	20	2.2	20	88	11	74	35	2	4	57	1.31
56924374--56924434	22	2.5	24	82	10	63	42	6	6	44	1.56
56924910--56925013	44	2.3	43	88	6	138	55	1	1	40	1.22
56924930--56925024	44	2.1	44	98	1	181	54	0	2	43	1.12
56924960--56925027	13	4.8	13	70	22	57	51	0	1	47	1.09
56924939--56925032	16	6.2	16	64	21	60	52	0	1	46	1.07
56925062--56925132	36	2.0	35	81	8	81	45	0	2	52	1.15
56925335--56925374	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
56927448--56927635	101	1.9	101	85	2	261	29	26	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433