genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  260  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80825402--80825745	131	2.6	132	79	7	376	28	21	16	33	1.95
80825450--80825842	88	4.5	88	81	3	396	29	20	16	33	1.95
80829323--80829495	46	3.7	46	77	13	192	22	21	27	28	1.99
80829320--80829490	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	27	1.99
80835361--80835501	38	3.7	37	88	1	183	24	26	14	33	1.95
80837631--80837693	31	2.1	31	88	8	94	25	4	9	60	1.47
80837879--80837927	23	2.1	23	88	0	71	24	10	32	32	1.89
80838983--80839058	38	2.0	38	100	0	152	26	23	13	36	1.91
80845065--80845232	40	4.2	40	83	2	187	25	26	22	26	2.00
80848955--80849121	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
80848971--80849121	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
80850307--80850418	54	2.1	53	83	5	136	26	14	17	41	1.88
80856275--80856441	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
80869359--80869403	21	2.2	20	84	4	54	60	20	20	0	1.37
80869353--80869396	10	4.3	10	82	5	52	59	15	22	2	1.48
80869360--80869403	11	4.2	11	82	8	56	61	18	20	0	1.35
80901112--80901157	20	2.3	20	78	17	51	71	8	2	17	1.21
80901331--80901355	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80904140--80904200	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
80907129--80907282	42	3.7	42	86	0	200	20	16	29	33	1.95
80907348--80907446	32	3.1	32	89	0	162	33	5	31	30	1.79
80921066--80921284	122	1.8	121	81	5	271	31	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80921242--80921408	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80929077--80929294	122	1.8	120	81	6	269	31	11	23	33	1.90
80929252--80929418	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80939050--80939154	43	2.4	43	87	0	147	29	28	19	22	1.98
80943255--80943304	14	3.6	14	81	5	57	36	2	2	60	1.20
80943725--80943769	20	2.1	22	88	8	67	24	4	4	66	1.29
80943718--80943776	20	2.7	21	82	12	66	23	5	5	66	1.32
80944053--80944084	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80944133--80944180	24	2.0	24	95	0	87	39	6	0	54	1.26
80944793--80945010	41	5.3	41	87	2	253	19	24	22	32	1.97
80944792--80945041	41	6.1	40	85	4	184	20	24	22	33	1.97
80945065--80945090	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
80949639--80949672	18	1.9	18	88	5	52	35	0	20	44	1.52
80950532--80950695	43	3.8	44	85	4	210	28	14	24	32	1.95
80960903--80961004	37	2.8	36	83	7	127	25	18	29	26	1.98
80960974--80961089	42	2.8	42	92	5	182	28	18	26	26	1.98
80965975--80966106	47	2.8	47	97	0	246	34	11	28	25	1.90
80966005--80966076	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
80966086--80966126	20	2.0	20	100	0	82	29	12	29	29	1.93
80966039--80966166	67	1.9	67	96	0	238	32	12	28	27	1.93
80966160--80966296	46	3.0	46	88	4	204	35	8	29	26	1.87
80975179--80975220	22	2.0	21	85	4	57	35	0	4	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80985653--80985734	41	2.0	41	100	0	164	41	14	24	19	1.89
80985782--80985918	50	2.7	51	85	1	159	25	18	27	28	1.98
80985795--80985920	51	2.5	50	85	1	153	26	19	26	26	1.99
80985837--80986018	51	3.6	51	81	3	170	26	18	27	27	1.98
80987355--80987532	40	4.5	40	89	4	245	25	29	22	23	1.99
80995639--80995790	40	3.8	40	95	1	261	25	28	23	22	1.99
81003128--81003290	39	4.2	39	91	0	254	22	19	33	24	1.97
81003140--81003320	39	4.6	39	87	1	247	23	22	32	22	1.98
81011050--81011290	39	6.2	39	90	0	374	24	20	32	22	1.98
81011050--81011326	39	7.1	40	87	2	226	23	21	32	23	1.98
81014467--81014523	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
81017336--81017438	29	3.6	27	78	5	89	29	32	16	22	1.96
81021374--81021404	14	2.2	14	100	0	62	16	12	19	51	1.76
81028293--81028496	40	5.1	40	88	1	277	26	27	22	23	1.99
81036094--81036155	26	2.4	25	92	5	106	22	20	25	30	1.98
81036204--81036290	20	4.3	20	94	2	131	32	18	12	36	1.88
81036204--81036279	11	7.5	11	71	16	74	31	18	13	36	1.89
81036204--81036296	9	9.4	10	71	17	63	33	18	11	36	1.87
81044184--81044269	26	3.3	26	88	4	86	25	24	20	29	1.99
81044197--81044269	26	2.8	26	93	0	119	26	24	23	26	2.00
81044319--81044405	20	4.3	20	88	2	122	34	17	11	36	1.86
81044319--81044394	11	7.5	11	66	16	56	34	17	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81046450--81046499	23	2.2	23	92	0	82	38	38	10	14	1.79
81058455--81058572	48	2.4	49	90	1	175	22	30	17	28	1.97
81068015--81068054	21	2.0	20	90	5	62	20	20	40	20	1.92
81068407--81068453	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
81068503--81068600	25	3.8	26	89	2	137	27	20	23	28	1.99
81069205--81069239	18	1.9	18	94	0	61	37	25	5	31	1.80
81078432--81078458	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
81086401--81086433	7	4.9	7	96	3	59	15	0	0	84	0.61
81087993--81088163	46	3.8	44	75	16	172	29	28	21	21	1.98
81088000--81088167	89	1.8	92	89	5	270	28	28	21	21	1.99
81095098--81095269	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
81095091--81095266	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
81098637--81098703	35	1.9	35	100	0	134	31	22	11	34	1.90
81099876--81099951	40	1.9	40	86	5	109	28	18	17	35	1.93
81102014--81102067	28	1.9	28	100	0	108	35	27	11	25	1.90
81102063--81102234	29	6.0	29	90	0	247	27	28	15	28	1.96
81107941--81108137	40	4.9	40	90	2	256	24	22	25	26	2.00
81107941--81108170	80	2.9	80	85	4	279	25	22	26	26	2.00
81107952--81108170	40	5.5	39	86	6	239	24	23	26	25	2.00
81115881--81116139	80	3.2	80	88	4	348	23	22	27	26	2.00
81115875--81116113	40	6.0	40	92	1	365	23	22	27	26	1.99
81117855--81117911	28	2.0	28	93	0	96	31	29	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81117913--81117980	29	2.4	28	82	2	82	27	29	16	26	1.97
81118205--81118247	16	2.7	16	88	0	59	6	23	18	51	1.70
81121255--81121461	40	5.2	40	82	1	182	21	26	24	27	1.99
81121281--81121461	80	2.3	80	83	0	218	22	26	23	27	1.99
81123269--81123302	17	2.0	18	88	11	54	55	0	17	26	1.42
81124202--81124297	43	2.3	41	78	8	104	22	18	28	30	1.98
81132147--81132262	43	2.8	41	82	5	124	23	18	26	31	1.97
81144256--81144547	146	2.0	146	100	0	584	32	25	15	27	1.95
81144516--81144679	40	4.1	40	88	4	233	25	28	23	23	2.00
81150234--81150327	34	2.8	32	79	10	100	28	24	22	24	1.99
81150264--81150327	32	2.0	33	84	9	87	29	25	20	25	1.99
81155105--81155373	42	6.4	42	84	0	322	25	18	21	34	1.96
81155106--81155337	126	1.8	127	88	0	358	24	20	21	34	1.97
81158663--81158714	27	2.0	26	88	3	77	32	21	28	17	1.96
81161689--81162000	42	7.4	42	85	0	390	24	18	23	33	1.97
81161683--81162036	84	4.2	84	83	1	395	25	18	22	32	1.97
81161683--81162036	126	2.8	126	86	2	451	25	18	22	32	1.97
81165230--81165361	29	4.6	29	94	0	210	26	31	15	27	1.96
81165201--81165361	58	2.8	58	86	1	171	26	32	15	26	1.96
81165202--81165361	87	1.8	87	84	0	221	26	31	15	26	1.96
81168861--81169057	71	2.8	69	92	3	281	34	17	28	20	1.95
81168926--81169043	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81168894--81169057	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81176399--81176596	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81176465--81176582	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81176433--81176596	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81182982--81183179	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81183048--81183165	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81183016--81183179	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81190546--81190743	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
81190612--81190729	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81190580--81190743	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433