genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  215  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66858745--66858785	18	2.3	17	84	12	55	82	4	7	4	0.93
66859644--66859818	96	1.8	96	89	0	278	33	16	16	33	1.92
66874969--66875136	40	4.2	40	79	0	176	25	22	26	25	2.00
66874969--66875136	80	2.1	80	82	3	196	25	22	26	25	2.00
66877050--66877088	16	2.4	16	95	0	69	48	17	20	12	1.80
66877304--66877419	28	4.1	28	82	8	112	29	13	28	28	1.95
66877305--66877413	56	1.9	56	87	3	157	28	14	30	26	1.95
66880184--66880248	32	2.0	32	100	0	130	47	18	18	15	1.82
66884741--66884966	40	5.7	40	86	4	174	24	25	22	27	2.00
66884741--66884966	80	2.8	80	80	7	271	24	25	22	27	2.00
66892761--66892981	39	5.6	39	90	4	279	24	26	21	26	2.00
66892759--66892981	79	2.8	79	87	6	310	25	26	21	26	1.99
66892761--66892981	118	1.9	118	83	9	290	24	26	21	26	2.00
66896169--66896342	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	20	1.98
66899652--66899859	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
66907689--66907896	40	5.2	40	83	2	240	26	26	21	25	1.99
66910858--66910960	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
66912435--66912774	170	2.0	169	92	0	572	33	19	14	32	1.92
66913320--66913502	51	3.6	50	82	5	208	26	28	15	28	1.96
66913320--66913497	52	3.5	51	87	4	229	26	29	15	28	1.96
66916865--66917023	27	5.9	27	88	5	223	27	21	16	33	1.95
66916864--66917023	54	3.0	54	92	0	266	27	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66916863--66917023	81	2.0	81	90	4	254	27	21	18	33	1.96
66917098--66917383	27	10.7	27	78	5	258	30	9	20	39	1.84
66917069--66917383	54	5.9	54	81	6	309	29	9	20	39	1.85
66917070--66917194	27	4.7	26	73	7	99	28	8	20	43	1.80
66917068--66917381	80	3.9	80	80	5	328	29	9	21	39	1.85
66919596--66919690	25	3.8	25	97	0	172	25	22	26	26	2.00
66919895--66920057	27	6.0	27	91	0	227	25	22	19	32	1.97
66920101--66920421	27	11.9	27	78	5	292	31	9	19	38	1.84
66921565--66921617	27	2.0	26	81	3	61	58	9	11	20	1.60
66926901--66927107	53	3.8	54	78	1	227	20	23	17	38	1.93
66927444--66927501	30	1.9	30	82	6	73	25	22	10	41	1.85
66935101--66935278	45	4.0	45	86	0	248	24	22	26	26	2.00
66935101--66935264	90	1.8	90	93	0	283	22	23	26	27	1.99
66937161--66937376	40	5.5	40	87	4	255	22	22	28	25	1.99
66945235--66945450	40	5.5	40	86	7	275	22	23	29	25	1.99
66945235--66945450	78	2.7	78	85	7	260	22	23	29	25	1.99
66950433--66950566	40	3.4	40	82	3	155	26	18	26	28	1.98
66958495--66958658	40	4.1	40	82	3	177	25	20	26	27	1.99
66966168--66966222	29	1.9	28	85	3	74	18	21	23	36	1.95
66967385--66967481	42	2.3	41	92	3	158	23	25	27	22	2.00
66968746--66968902	43	3.7	43	86	6	228	24	18	29	27	1.98
66974600--66974698	27	3.7	27	86	2	101	39	18	11	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66974702--66974906	27	7.6	27	87	1	232	30	21	8	40	1.82
66974702--66974906	54	3.8	54	86	1	277	30	21	8	40	1.82
66974751--66974935	81	2.3	81	79	0	199	30	21	9	38	1.85
66974885--66975024	54	2.6	54	82	4	174	38	22	8	30	1.84
66974899--66975031	27	4.9	27	85	5	153	39	20	8	31	1.82
66974927--66975052	54	2.3	54	81	8	141	41	22	7	29	1.80
66975168--66975259	27	3.4	27	84	3	114	34	19	25	20	1.96
66976407--66976454	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
66976493--66976569	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
66976502--66976573	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
66976491--66976573	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
66976628--66976732	24	4.4	24	90	2	167	30	21	21	25	1.99
66976627--66976732	47	2.2	48	89	1	169	31	21	21	25	1.98
66976627--66976771	24	6.0	24	81	7	161	31	21	20	26	1.98
66976627--66976771	47	3.0	47	79	12	161	31	21	20	26	1.98
66976629--66976770	71	2.0	72	86	6	200	29	21	21	27	1.98
66976964--66977027	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
66982151--66982188	15	2.5	15	95	0	67	26	13	42	18	1.87
66985333--66985358	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
66986738--66986983	40	6.2	40	89	1	379	23	22	26	28	1.99
66993763--66993791	14	2.0	15	93	6	51	27	6	13	51	1.66
66995578--66995737	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66998290--66998444	43	3.6	43	78	3	150	28	12	27	31	1.93
67002971--67003122	75	2.0	75	98	0	295	35	6	11	46	1.67
67005377--67005414	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
67014049--67014112	24	2.6	24	86	13	87	31	17	28	23	1.97
67015559--67015821	40	6.6	40	89	2	395	26	28	23	21	1.99
67015559--67015821	80	3.3	80	90	2	438	26	28	23	21	1.99
67022073--67022281	46	4.5	44	74	13	152	28	18	28	24	1.98
67022073--67022336	140	1.9	140	80	10	306	28	18	28	24	1.98
67027336--67027416	28	2.9	28	87	1	110	24	17	29	28	1.97
67034807--67034857	8	6.4	8	76	0	57	52	19	21	5	1.66
67047064--67047232	46	3.6	45	78	13	139	23	27	20	27	1.99
67053958--67054199	40	6.1	40	87	2	299	27	26	21	24	1.99
67054286--67054474	64	3.0	64	58	13	140	33	25	11	29	1.90
67054168--67054506	123	2.8	123	94	0	588	33	25	10	30	1.90
67054456--67054503	25	2.0	23	84	11	62	41	25	0	33	1.55
67059543--67059729	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
67059566--67059729	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67059566--67059763	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
67067111--67067297	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
67067134--67067297	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67067134--67067331	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
67070446--67070606	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67070638--67070664	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
67072176--67072262	41	2.1	41	89	4	131	14	42	19	22	1.88
67074408--67074532	29	4.4	28	75	10	128	27	12	35	25	1.91
67074408--67074549	57	2.5	56	80	10	146	26	13	34	25	1.93
67074408--67074548	29	5.0	28	75	10	126	26	13	34	25	1.93
67082362--67082398	13	2.9	13	88	4	58	62	5	8	24	1.44
67089466--67089593	47	2.8	44	81	13	143	28	18	29	23	1.98
67090650--67090706	29	2.0	28	86	10	80	19	22	42	15	1.89
67093756--67093790	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
67095729--67095772	21	2.1	21	83	8	54	81	2	11	4	0.92
67097573--67097605	15	2.2	15	94	0	57	18	0	15	66	1.25
67099759--67099884	42	3.0	41	92	2	216	22	28	26	23	1.99
67100716--67100801	39	2.2	39	91	0	136	29	10	15	45	1.79
67100841--67100918	41	2.0	40	84	5	104	37	10	15	37	1.81
67103058--67103138	27	3.0	27	75	8	76	35	19	23	20	1.96
67103188--67103378	98	1.9	98	92	2	321	34	27	18	19	1.95
67103429--67103505	27	2.9	26	84	5	100	36	19	22	22	1.95
67103735--67104030	27	11.0	27	84	3	364	25	19	18	36	1.94
67104021--67104200	27	6.7	27	81	4	186	31	10	18	40	1.84
67104021--67104200	53	3.4	53	81	3	175	31	10	18	40	1.84
67106860--67107038	46	3.9	46	80	12	206	21	20	29	28	1.98
67106859--67107030	93	1.8	92	90	4	274	21	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67109212--67109265	27	2.0	27	100	0	108	37	0	14	48	1.45
67110229--67110257	11	2.6	11	100	0	58	34	6	37	20	1.80
67116043--67116082	20	2.0	20	95	0	71	57	0	20	22	1.41
67116063--67116104	16	2.6	16	88	0	57	54	0	21	23	1.44
67118271--67118346	40	1.9	40	91	0	125	27	14	22	35	1.93
67120449--67120620	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
67120441--67120616	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
67122991--67123079	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67122991--67123070	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67123002--67123079	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433