genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  319  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99646227--99646301	37	2.0	37	100	0	150	32	8	21	38	1.82
99648920--99648967	19	2.6	18	77	6	51	35	16	10	37	1.83
99649922--99650010	28	3.1	28	79	3	97	28	28	15	28	1.96
99652252--99652418	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
99660239--99660405	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
99668046--99668213	40	4.2	40	77	11	166	26	22	27	23	1.99
99669627--99669666	16	2.5	16	100	0	80	12	7	10	70	1.35
99672209--99672287	29	2.7	29	92	0	131	24	30	15	30	1.95
99680040--99680112	29	2.6	29	93	2	130	26	31	15	27	1.95
99685582--99685784	40	5.1	40	84	5	214	27	22	27	23	1.99
99694526--99694688	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
99707036--99707237	40	5.2	40	79	11	206	24	21	27	25	1.99
99707102--99707215	39	3.0	38	83	10	151	23	22	29	23	1.99
99707091--99707218	38	3.3	38	84	8	170	22	22	29	25	1.99
99715072--99715253	40	4.7	39	80	10	169	23	22	29	25	1.99
99715177--99715272	40	2.4	39	84	5	113	23	21	28	26	1.99
99722180--99722508	96	3.5	95	83	3	419	30	18	28	23	1.98
99722181--99722512	48	7.0	48	79	5	325	30	18	28	22	1.97
99728009--99728171	39	4.2	39	94	0	272	23	19	31	25	1.98
99735774--99735923	40	3.8	40	80	5	155	22	27	24	26	1.99
99737357--99737390	16	2.1	16	100	0	68	20	29	17	32	1.96
99738107--99738272	78	2.1	79	82	6	203	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99744507--99744533	12	2.2	12	100	0	54	18	14	14	51	1.76
99746102--99746252	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
99746139--99746268	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
99746101--99746268	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
99754846--99754879	13	2.5	14	85	9	52	64	11	0	23	1.26
99757074--99757266	39	4.9	39	87	1	253	23	21	32	23	1.98
99757083--99757227	77	1.9	79	95	2	267	24	20	32	22	1.98
99764236--99764398	39	4.2	39	89	0	245	23	19	32	24	1.98
99764253--99764434	39	4.6	40	85	0	136	22	21	32	23	1.98
99766677--99766827	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
99766714--99766843	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
99769202--99769319	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99769170--99769333	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99776777--99776894	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99776745--99776908	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99785297--99785506	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
99799680--99799749	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
99805340--99805419	42	1.9	42	82	5	99	21	36	25	17	1.95
99813846--99813977	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
99821725--99821798	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
99821782--99821857	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
99821725--99821857	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99823286--99823435	53	2.8	53	88	3	203	29	26	17	26	1.97
99824867--99825184	46	6.8	48	74	12	182	25	29	18	26	1.98
99824868--99824993	49	2.6	48	86	3	166	25	29	17	27	1.97
99824874--99825129	138	1.8	138	81	10	317	25	29	17	26	1.98
99827251--99827284	4	8.5	4	86	0	50	73	0	0	26	0.83
99828235--99828287	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
99828440--99828494	20	2.6	21	80	16	60	16	5	7	70	1.28
99831385--99831656	45	6.1	45	88	3	356	27	29	19	24	1.98
99836761--99836855	34	2.8	35	79	7	97	28	22	26	23	1.99
99845476--99845601	35	3.5	35	71	10	108	38	19	18	23	1.93
99845460--99845601	75	1.9	74	86	4	205	38	19	18	24	1.93
99848650--99848866	46	4.7	45	76	11	156	27	19	30	22	1.98
99854618--99854686	15	4.7	15	75	12	54	55	2	0	42	1.15
99860043--99860074	9	3.8	9	84	16	50	31	0	0	68	0.90
99870255--99870284	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
99876628--99876739	23	4.9	24	79	8	92	25	19	16	38	1.93
99876663--99876741	23	3.5	22	84	8	97	22	21	16	39	1.92
99884705--99884889	38	4.9	38	82	3	205	19	18	29	32	1.96
99884707--99884917	38	5.6	39	76	9	170	18	19	28	32	1.96
99884705--99884934	76	3.1	76	75	9	213	18	19	29	33	1.95
99884705--99884934	114	2.0	112	80	5	248	18	19	29	33	1.95
99906074--99906150	13	5.9	13	84	3	93	36	27	6	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99906074--99906150	39	2.0	39	86	0	109	36	27	6	29	1.82
99907150--99907421	27	10.2	27	72	12	90	40	20	9	29	1.84
99907172--99907421	54	4.7	54	77	6	224	42	19	9	29	1.82
99907211--99907419	53	3.9	52	81	4	220	43	18	8	29	1.79
99907184--99907421	107	2.2	107	82	5	275	42	18	8	29	1.81
99907184--99907448	53	4.9	52	77	8	194	41	18	9	29	1.82
99907184--99907448	54	4.9	53	78	6	203	41	18	9	29	1.82
99907215--99907448	107	2.2	106	80	4	247	43	19	8	28	1.81
99907172--99907449	80	3.5	78	80	6	297	41	19	10	29	1.84
99907441--99907545	27	3.9	27	77	7	106	30	19	22	27	1.98
99918879--99919094	39	5.5	39	89	1	324	28	27	23	20	1.99
99918881--99919211	78	4.2	80	83	4	322	27	26	22	23	1.99
99918877--99919182	117	2.6	117	81	8	336	27	27	22	23	1.99
99919091--99919218	39	3.3	39	93	2	204	25	25	18	30	1.98
99924060--99924378	40	8.0	40	91	0	476	27	28	20	23	1.99
99927645--99927743	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
99935317--99935394	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
99939717--99939741	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99944709--99944924	39	5.5	39	84	1	288	28	27	23	20	1.99
99944917--99945046	39	3.4	39	90	4	185	26	26	17	30	1.98
99944711--99945012	78	3.8	80	80	4	269	27	27	21	23	1.99
99945699--99945725	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99948655--99948681	10	2.7	10	100	0	54	29	18	22	29	1.97
99961902--99961982	23	3.5	23	93	3	128	19	18	20	40	1.91
99971780--99972005	40	5.7	40	90	2	312	29	21	24	23	1.99
99979755--99979930	46	3.8	45	78	10	176	21	19	28	30	1.98
99979752--99979922	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
99982880--99982935	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
99985337--99985512	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
99985334--99985504	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
99997140--99997279	30	4.7	30	76	8	108	22	24	14	39	1.91
99999276--99999305	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
100002178--100002227	24	2.1	24	100	0	100	34	4	26	36	1.75
100003288--100003525	50	4.9	50	79	6	238	26	18	28	25	1.98
100003302--100003527	95	2.3	95	83	5	267	26	19	28	25	1.99
100006139--100006421	73	3.9	73	79	6	283	37	13	21	28	1.90
100006140--100006421	35	7.9	35	74	8	199	37	13	21	28	1.90
100013837--100013906	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
100021636--100021705	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
100040652--100040695	21	2.0	23	82	8	56	38	6	20	34	1.79
100041258--100041462	40	5.2	40	73	13	156	24	22	28	24	1.99
100048882--100049067	41	4.7	39	78	11	139	23	22	28	26	1.99
100048884--100049065	39	4.6	39	78	11	176	23	22	28	25	1.99
100048886--100049081	40	5.0	40	78	10	172	23	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100051523--100051649	43	2.9	44	80	3	105	30	18	22	28	1.97
100053818--100053975	48	3.3	48	88	3	212	27	21	25	25	1.99
100066363--100066421	29	2.0	29	93	0	100	54	8	11	25	1.65
100070001--100070273	49	5.8	48	75	12	194	25	20	30	23	1.99
100070001--100070224	91	2.4	94	79	8	233	25	20	29	24	1.99
100071990--100072130	23	6.0	23	89	4	212	26	21	22	29	1.99
100071990--100072130	47	3.0	46	91	4	221	26	21	22	29	1.99
100071991--100072129	70	2.0	70	91	2	226	26	22	23	28	1.99
100072176--100072236	20	3.0	20	97	0	113	34	21	9	34	1.86
100072181--100072235	11	5.4	11	75	16	64	32	20	10	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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