genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  93  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28026998--28027204	66	3.2	64	77	10	222	31	16	28	22	1.96
28030996--28031055	29	2.0	30	83	3	77	38	5	25	31	1.77
28031564--28031770	66	3.2	64	74	10	195	31	16	29	22	1.96
28046038--28046138	29	3.5	29	87	0	139	23	31	15	28	1.96
28047129--28047171	21	2.0	21	100	0	86	23	27	13	34	1.93
28053437--28053514	41	1.9	41	94	0	138	30	29	19	20	1.97
28053757--28054071	27	11.7	27	77	9	248	30	8	19	41	1.81
28054056--28054136	27	3.0	27	79	0	90	24	19	19	35	1.95
28054195--28054229	17	2.0	18	94	5	63	17	40	28	14	1.88
28070115--28070139	13	1.9	13	100	0	50	68	16	8	8	1.38
28083848--28083915	20	3.3	20	73	15	66	39	29	10	20	1.86
28083830--28083917	42	2.1	42	86	0	122	40	26	10	22	1.86
28083858--28083917	20	2.9	21	80	7	68	40	26	11	21	1.88
28085811--28086017	40	5.2	40	80	5	186	25	23	26	25	2.00
28091949--28092225	48	5.8	48	91	0	394	26	19	28	25	1.99
28091955--28092273	144	2.2	142	81	5	338	27	19	27	25	1.99
28093686--28093815	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
28093702--28093852	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
28093686--28093852	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
28101721--28101850	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
28101737--28101887	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
28101721--28101887	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28105220--28105258	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
28108258--28108298	17	2.6	15	82	14	55	21	12	14	51	1.75
28108265--28108297	17	1.9	17	93	0	57	24	12	12	51	1.73
28108327--28108567	123	2.0	123	93	1	412	24	12	14	48	1.78
28108458--28109061	247	2.4	247	93	0	1012	23	13	15	47	1.81
28114566--28114695	48	2.7	48	86	3	174	31	15	21	31	1.94
28114578--28114781	47	4.6	47	75	15	200	30	14	22	32	1.94
28114616--28114811	82	2.3	84	92	3	324	30	14	23	31	1.94
28124574--28124723	39	3.8	39	97	0	273	24	32	20	22	1.98
28132585--28132695	39	2.8	39	95	1	195	24	32	20	22	1.98
28141025--28141068	23	1.9	23	100	0	88	47	0	38	13	1.43
28143712--28143989	48	5.8	48	88	1	396	26	17	29	26	1.98
28145701--28145803	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
28150824--28151029	40	5.2	40	80	3	200	27	22	24	25	2.00
28155055--28155172	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28155023--28155186	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28169110--28169316	40	5.2	40	80	5	204	25	23	26	25	2.00
28175283--28175385	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
28192248--28192427	40	4.5	40	90	2	274	25	22	25	26	2.00
28192248--28192467	80	2.8	80	86	4	232	26	21	25	25	2.00
28192248--28192467	120	1.8	119	82	8	286	26	21	25	25	2.00
28207680--28207752	37	2.0	36	86	2	101	28	26	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28207722--28207804	44	1.9	43	90	2	130	32	27	16	22	1.96
28208864--28208888	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
28213030--28213077	11	4.4	11	76	10	53	58	6	12	22	1.57
28214671--28214826	48	3.3	47	84	5	197	25	16	25	33	1.96
28216883--28216978	29	3.4	28	80	9	97	25	35	12	27	1.92
28216925--28217027	29	3.5	29	80	5	91	27	32	13	27	1.94
28221458--28221592	29	4.8	28	72	9	94	23	32	16	27	1.96
28221673--28221709	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
28221814--28221886	33	2.2	34	92	2	121	31	24	4	39	1.74
28228286--28228445	58	2.8	58	79	0	167	23	33	16	27	1.95
28228315--28228446	29	4.6	29	89	0	156	23	31	15	29	1.96
28229090--28229384	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
28236268--28236398	29	4.6	29	88	1	156	23	31	15	29	1.95
28237042--28237336	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
28245897--28246086	29	6.6	29	83	1	157	24	33	15	26	1.95
28246727--28247021	143	2.1	141	97	1	554	38	29	10	21	1.87
28254819--28254985	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
28255794--28255839	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28264192--28264236	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
28268246--28268359	43	2.7	42	74	6	113	29	28	19	21	1.98
28273472--28273640	27	6.2	27	79	8	164	38	17	15	28	1.90
28273428--28273633	54	3.8	54	75	8	150	38	17	16	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28275267--28275366	44	2.3	44	91	0	164	31	14	19	36	1.91
28285795--28285970	40	4.4	40	87	3	241	24	27	22	25	2.00
28291136--28291382	49	5.0	50	77	3	248	25	17	26	30	1.97
28301528--28301652	60	2.1	60	100	0	250	48	11	33	6	1.64
28302664--28302719	29	1.9	29	92	0	94	32	17	23	26	1.97
28302765--28302979	55	3.9	55	80	6	213	36	25	13	25	1.92
28302795--28302986	56	3.4	56	84	1	242	36	23	12	26	1.91
28302959--28303018	31	1.9	32	93	3	104	26	30	15	28	1.96
28304634--28304753	29	4.1	29	96	0	222	27	26	15	30	1.95
28304597--28304747	58	2.6	58	87	2	187	27	31	14	26	1.95
28312683--28312865	29	6.5	29	80	8	184	26	30	16	26	1.97
28312749--28312865	57	2.1	53	90	6	180	27	27	16	29	1.97
28317350--28317512	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
28317350--28317546	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
28323910--28323978	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
28325606--28325643	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
28328921--28328959	20	2.1	19	86	13	55	66	7	7	17	1.40
28328992--28329042	25	2.0	25	100	0	102	29	15	27	27	1.96
28330336--28330384	20	2.3	22	86	10	66	53	0	0	46	1.00
28330356--28330388	16	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
28331558--28331582	12	2.1	12	100	0	50	16	28	32	24	1.96
28337674--28337706	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28342817--28342862	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
28342824--28342868	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
28350911--28350956	15	3.3	14	77	20	51	13	10	0	76	1.03
28350962--28350990	11	2.7	11	94	5	51	62	0	0	37	0.96
28356748--28356879	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
28364481--28364612	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
28370769--28370830	27	2.3	27	91	0	97	40	20	14	24	1.90
28372318--28372365	20	2.4	20	100	0	96	33	20	10	35	1.87
28374264--28374348	41	2.1	41	82	6	102	29	16	21	32	1.95
28379989--28380159	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
28388089--28388259	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
28405147--28405299	56	2.8	56	80	10	147	20	19	32	27	1.97
28406721--28406798	23	3.6	23	76	13	101	19	33	30	16	1.94
28406745--28406817	19	3.6	19	72	13	65	19	32	26	21	1.97
28406722--28406817	42	2.3	42	96	0	174	19	32	28	19	1.97
28408566--28408712	40	3.7	40	96	0	267	27	25	21	25	1.99
28413120--28413321	107	1.9	107	85	2	280	30	25	17	26	1.97
28419172--28419276	52	2.0	52	100	0	210	21	19	20	38	1.94
28421898--28421931	6	5.7	6	85	0	50	47	17	20	14	1.83
28421909--28422015	45	2.4	45	83	0	151	41	19	18	20	1.91
28423074--28423110	17	2.1	17	90	10	56	16	5	2	75	1.10
28425813--28425859	22	2.1	22	100	0	94	17	12	27	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28426295--28426327	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
28427047--28427093	24	1.9	25	86	4	69	48	4	0	46	1.21
28427044--28427103	24	2.4	25	80	8	68	48	5	0	46	1.24
28434094--28434139	21	2.2	21	84	0	56	73	15	0	10	1.08
28435028--28435066	19	2.1	18	90	4	60	53	2	0	43	1.14
28438279--28438308	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
28447318--28447393	38	2.0	38	100	0	152	55	5	0	39	1.23
28453949--28454101	47	3.0	50	77	12	152	26	15	24	33	1.95
28454000--28454119	47	2.6	48	84	7	149	25	15	24	35	1.94
28462630--28463532	48	18.8	48	98	0	1554	33	7	28	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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