genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  66  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19047316--19047374	20	2.7	22	82	10	77	3	30	0	66	1.08
19048146--19048174	8	3.6	8	100	0	58	41	24	24	10	1.86
19050824--19050867	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
19050934--19050989	27	2.0	27	82	6	67	44	0	7	48	1.30
19052994--19053111	31	3.5	35	89	9	135	21	24	16	37	1.94
19053017--19053111	31	3.1	31	98	0	181	22	23	15	38	1.92
19053303--19053421	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
19053303--19053421	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
19053471--19053530	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
19053573--19053620	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
19054858--19055203	27	12.8	27	87	3	392	40	8	22	28	1.82
19055154--19055431	27	10.3	27	84	1	258	32	8	20	39	1.82
19054867--19055276	54	7.6	54	82	3	209	39	8	21	30	1.84
19056732--19056777	8	5.8	8	86	0	65	47	13	23	15	1.80
19056738--19056777	16	2.5	16	100	0	80	45	12	25	17	1.83
19077971--19078075	26	4.0	26	96	0	192	31	6	25	36	1.82
19090563--19090781	45	4.9	45	82	5	250	24	29	22	24	1.99
19094056--19094129	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
19101167--19101354	40	4.7	40	89	0	288	23	26	22	28	1.99
19107969--19108500	47	11.3	47	91	0	814	28	31	9	31	1.88
19108348--19108425	25	3.2	25	66	23	76	29	32	7	30	1.85
19108373--19108448	22	3.3	22	65	22	57	26	30	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19111925--19112091	40	4.2	40	81	2	176	25	26	21	26	1.99
19115266--19115343	27	2.9	27	86	0	111	33	17	20	28	1.96
19115352--19115560	27	7.7	27	77	8	124	44	21	7	27	1.78
19115353--19115641	54	5.3	54	77	4	224	42	20	8	28	1.81
19115336--19115617	27	10.4	26	76	8	120	43	19	8	28	1.80
19115430--19115644	27	7.9	27	78	3	117	40	17	10	30	1.84
19115881--19116003	41	3.0	41	93	0	201	22	22	28	26	1.99
19116146--19116199	22	2.5	22	73	11	56	20	24	22	33	1.97
19116415--19116457	22	2.0	22	95	0	77	18	20	18	41	1.90
19118943--19118988	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
19124577--19124732	43	3.7	43	79	0	152	25	16	25	33	1.96
19126919--19126947	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
19128024--19128320	48	6.1	48	92	3	477	36	6	26	31	1.82
19128024--19128361	148	2.3	147	86	3	416	35	7	26	30	1.83
19128467--19128611	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
19129884--19130323	120	3.7	120	91	0	648	22	20	29	26	1.99
19129884--19130311	40	10.7	40	88	1	588	23	21	29	26	1.99
19130487--19130537	25	2.0	25	84	0	66	35	13	29	21	1.92
19130522--19130606	29	3.0	29	71	13	77	25	15	28	30	1.96
19132549--19132602	22	2.5	22	76	11	65	20	25	22	31	1.98
19132818--19132860	22	2.0	22	90	0	68	18	18	18	44	1.87
19135347--19135392	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19137284--19137439	43	3.7	43	79	0	143	25	15	25	33	1.95
19140722--19140918	48	4.1	48	97	0	358	35	7	27	29	1.83
19141065--19141209	37	3.9	37	93	0	236	24	18	30	26	1.98
19143444--19143599	43	3.6	43	85	2	197	23	16	27	32	1.96
19153370--19153523	43	3.6	43	81	6	143	26	19	24	29	1.98
19157700--19157879	27	6.7	27	91	0	252	36	17	21	25	1.95
19163372--19163440	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
19167564--19167763	27	7.4	27	85	0	256	36	18	21	24	1.95
19167564--19167745	81	2.2	81	91	1	294	36	18	20	23	1.95
19168431--19168470	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
19168467--19168526	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
19169717--19170030	27	11.6	27	87	2	407	23	14	20	41	1.89
19173303--19173477	27	6.5	27	85	0	242	35	17	21	25	1.95
19173303--19173473	54	3.2	54	90	0	270	35	16	21	26	1.94
19174156--19174207	27	2.0	27	84	3	70	15	26	21	36	1.93
19174251--19174307	27	2.2	26	83	3	69	19	24	21	35	1.96
19176040--19176263	27	8.3	27	86	3	254	26	12	20	40	1.88
19176040--19176261	81	2.7	81	86	0	300	26	13	19	40	1.88
19176579--19176620	18	2.3	18	88	8	59	21	19	14	45	1.85
19178815--19178887	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
19178874--19178946	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
19184204--19184241	6	6.3	6	93	0	67	47	13	18	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19185120--19185158	15	2.5	15	95	4	69	0	28	0	71	0.86
19185126--19185163	15	2.7	14	92	8	60	0	26	0	73	0.83
19185143--19185184	21	2.0	21	85	0	57	0	28	4	66	1.12
19185234--19185277	3	15.7	3	78	21	51	34	0	2	63	1.07
19185246--19185283	20	1.9	20	100	0	76	31	0	2	65	1.06
19188281--19188443	43	3.8	43	80	8	188	31	28	17	22	1.96
19188281--19188441	85	1.9	85	83	5	209	31	28	17	22	1.97
19193833--19193880	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
19193923--19193983	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
19194033--19194175	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
19194033--19194175	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
19194033--19194176	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
19195202--19195265	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
19208027--19208618	47	12.4	47	94	2	990	28	30	7	33	1.86
19208027--19208618	96	6.2	96	93	3	1011	28	30	7	33	1.86
19208395--19208477	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
19214240--19214352	41	2.7	40	81	10	111	28	27	19	24	1.99
19216159--19216286	27	4.7	27	90	0	202	28	23	10	38	1.87
19216280--19216378	27	3.7	27	86	2	83	42	23	6	28	1.77
19216159--19216322	81	2.0	81	82	4	197	33	23	8	34	1.85
19216280--19216403	54	2.3	55	79	8	139	41	22	7	28	1.80
19216303--19216390	27	3.3	27	91	0	131	40	18	9	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19216390--19216634	27	9.1	27	83	0	283	37	17	19	25	1.94
19225305--19225386	5	15.2	5	73	14	58	74	1	6	18	1.09
19225305--19225386	17	5.0	16	75	7	58	74	1	6	18	1.09
19230158--19230323	40	4.2	41	79	6	155	24	26	22	25	2.00
19230174--19230283	39	2.8	40	84	8	136	23	29	24	22	1.99
19231148--19231193	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
19237644--19237878	40	5.9	40	93	2	393	25	30	24	19	1.98
19237919--19238010	38	2.4	38	83	0	112	25	25	20	29	1.99
19241593--19241697	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
19248553--19248608	29	1.9	29	85	7	78	23	17	5	53	1.64
19251873--19252015	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
19258947--19259089	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
19276317--19276448	29	4.6	29	80	1	140	25	33	16	24	1.96
19287793--19287823	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19287747--19287889	66	2.2	66	91	2	225	34	8	15	41	1.77
19287859--19287907	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
19287897--19288055	44	3.6	44	77	5	151	23	15	24	35	1.94
19290113--19290296	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
19290153--19290341	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
19296324--19296468	40	3.6	39	80	3	146	25	24	27	22	2.00
19298083--19298266	40	4.8	39	88	7	254	22	21	29	25	1.99
19298079--19298266	76	2.5	77	86	6	267	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19306108--19306297	40	4.8	40	90	1	285	23	21	29	25	1.99
19310211--19310427	47	4.6	46	72	10	154	23	27	18	29	1.98
19310211--19310434	94	2.4	93	86	3	288	23	28	18	29	1.98
19314831--19314933	23	4.5	21	78	8	80	25	23	19	32	1.98
19314822--19314975	46	3.3	46	76	17	138	27	24	19	29	1.98
19317794--19317844	21	2.4	21	83	3	66	58	3	15	21	1.53
19317816--19318321	267	1.9	266	97	0	958	37	10	16	34	1.84
19320166--19320210	23	2.0	23	86	8	65	17	0	33	48	1.48
19324274--19324339	19	3.6	18	71	13	53	66	1	3	28	1.15
19327535--19327574	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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