genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  272  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84654777--84654923	68	2.2	68	100	0	294	31	14	29	23	1.95
84657765--84657894	47	2.8	47	83	2	145	23	17	26	32	1.97
84661122--84661170	8	6.1	8	79	9	55	48	0	4	46	1.20
84661122--84661170	16	3.1	16	80	11	64	48	0	4	46	1.20
84663072--84663222	53	2.8	53	87	4	196	26	15	27	29	1.96
84663112--84663257	53	3.0	48	82	7	134	26	15	27	30	1.96
84669036--84669287	68	3.8	65	79	9	212	24	29	16	29	1.97
84673635--84673663	12	2.5	12	94	5	51	75	0	24	0	0.80
84673635--84673694	13	4.7	13	72	10	52	71	0	25	3	1.01
84680241--84680307	26	2.6	26	97	0	125	26	20	23	28	1.99
84686100--84686125	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84686237--84686261	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
84690687--84690773	20	4.3	20	94	2	149	34	12	19	33	1.90
84690698--84690773	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
84690709--84690765	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
84696461--84696684	40	5.6	41	85	6	268	25	21	26	26	1.99
84696461--84696684	119	1.9	120	83	8	296	25	21	26	26	1.99
84696467--84696684	79	2.7	78	80	10	255	26	20	26	27	1.99
84696513--84696709	79	2.5	79	80	8	188	26	19	25	27	1.99
84703402--84703625	40	5.6	41	85	6	268	25	21	26	26	1.99
84703402--84703632	119	1.9	120	83	7	301	26	21	26	25	1.99
84703408--84703658	79	3.2	79	79	10	264	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84709441--84709539	29	3.4	29	80	4	119	27	15	31	26	1.95
84709441--84709552	58	1.9	58	81	3	136	28	15	30	25	1.96
84710560--84710608	20	2.4	20	79	3	53	22	2	22	53	1.57
84712556--84712658	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
84719538--84719640	29	3.6	29	78	2	109	22	16	32	29	1.96
84726473--84726520	22	2.2	22	88	0	69	33	27	22	16	1.96
84727851--84727907	27	2.2	26	81	12	64	59	5	1	33	1.30
84730858--84730897	20	2.0	20	90	9	64	42	0	17	40	1.49
84730962--84731146	47	3.9	46	85	4	226	32	11	19	36	1.87
84733270--84733383	28	4.0	28	88	2	147	28	28	14	27	1.96
84733270--84733383	57	2.0	56	84	1	147	28	28	14	27	1.96
84733594--84733644	8	6.4	8	82	8	59	5	23	21	49	1.71
84735512--84735590	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
84738128--84738190	31	2.0	31	90	0	99	23	22	15	38	1.93
84738382--84738478	24	4.0	24	90	4	142	24	22	23	28	1.99
84738527--84738613	20	4.3	20	91	0	120	33	20	14	31	1.93
84744866--84744927	31	2.0	30	90	9	99	24	22	16	37	1.94
84745132--84745260	47	2.7	48	89	3	197	28	21	20	29	1.98
84745118--84745260	24	6.0	24	90	4	200	28	21	20	28	1.98
84745306--84745375	20	3.5	20	86	1	97	34	21	11	32	1.89
84747291--84747559	28	9.5	28	72	3	205	17	18	34	29	1.94
84747289--84747589	57	5.2	57	94	0	476	17	17	35	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84747319--84747534	29	7.6	29	73	3	186	17	17	36	29	1.92
84751361--84751406	23	2.0	23	100	0	92	56	8	13	21	1.63
84752548--84752626	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
84754520--84754552	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
84760694--84760804	58	1.9	58	85	5	154	28	28	14	27	1.95
84760705--84760804	29	3.5	29	76	4	96	30	29	14	27	1.95
84761027--84761069	8	5.4	8	85	0	50	9	23	18	48	1.76
84762302--84762371	16	4.6	16	70	13	67	12	5	28	52	1.62
84762297--84762369	36	2.0	36	81	5	85	13	5	24	56	1.59
84763677--84763730	20	2.7	20	88	0	72	14	27	38	18	1.90
84765169--84765284	43	2.7	42	85	2	169	28	25	16	30	1.97
84768376--84768524	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84768417--84768524	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84776487--84776635	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
84776528--84776635	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
84780883--84781069	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
84780883--84781036	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
84780887--84781069	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
84780887--84781104	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
84788928--84789114	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
84788928--84789081	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
84788932--84789114	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84788932--84789149	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
84796377--84796597	40	5.6	41	81	9	255	25	23	26	24	2.00
84804413--84804520	41	2.7	41	79	4	121	25	23	26	25	2.00
84805894--84806060	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
84819622--84819842	40	5.6	41	79	11	230	24	23	27	24	2.00
84822507--84822721	40	5.5	40	90	5	298	24	27	22	25	2.00
84822540--84822725	40	4.7	40	90	5	299	25	27	22	24	2.00
84831150--84831180	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
84831109--84831201	49	1.9	48	82	10	118	45	1	3	50	1.25
84831391--84831424	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
84831390--84831428	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
84835424--84835575	43	3.6	41	75	11	112	28	26	17	28	1.97
84836149--84836178	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
84842023--84842070	20	2.3	21	89	3	71	37	18	10	33	1.85
84842107--84842155	25	2.0	25	87	0	71	26	18	22	32	1.97
84846334--84846381	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84846425--84846483	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
84846534--84846652	24	5.0	24	87	5	161	28	21	22	27	1.99
84846534--84846652	47	2.5	48	87	5	161	28	21	22	27	1.99
84846843--84846906	31	2.1	31	93	0	110	40	15	20	23	1.90
84852404--84852451	20	2.3	21	89	3	71	37	18	10	33	1.85
84852488--84852536	25	2.0	25	87	0	71	26	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84859644--84859705	27	2.3	27	86	5	90	32	16	22	29	1.95
84864175--84864297	43	2.9	44	78	7	128	30	26	17	25	1.97
84878630--84878775	49	2.9	49	82	8	177	26	28	19	25	1.98
84878633--84878780	53	2.9	50	82	4	181	27	29	18	24	1.98
84880523--84880812	43	6.8	42	81	9	320	28	16	24	30	1.96
84880522--84880753	128	1.8	127	89	4	369	27	16	25	31	1.96
84880526--84880812	85	3.4	85	86	3	366	28	16	24	30	1.96
84880530--84880812	128	2.2	128	83	5	351	29	16	24	30	1.96
84891522--84891729	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
84891524--84891729	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
84899515--84899570	29	1.9	29	96	0	103	21	21	23	33	1.97
84900943--84901040	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
84906077--84906131	25	2.2	26	96	3	103	34	14	21	29	1.93
84906650--84906772	46	2.7	45	86	8	160	26	20	30	23	1.99
84909227--84909502	39	7.1	39	90	0	426	22	28	26	21	1.99
84911356--84911527	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
84911348--84911523	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
84913907--84913995	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
84913907--84913986	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
84913918--84913995	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
84916949--84917120	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
84916941--84917116	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84919500--84919588	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
84919500--84919579	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
84919511--84919588	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
84922534--84922705	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
84922526--84922701	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
84927326--84927705	50	7.6	50	77	3	350	28	25	18	26	1.98
84927314--84927706	151	2.6	151	90	0	608	28	25	19	26	1.99
84927326--84927704	101	3.8	101	77	6	277	29	25	18	26	1.98
84930539--84930598	27	2.2	27	84	0	75	21	18	31	28	1.97
84938329--84938559	48	4.8	48	78	2	230	27	19	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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