genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  118  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36006524--36006561	15	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
36006524--36006561	14	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
36009669--36009893	40	5.6	40	83	5	267	24	24	28	22	2.00
36009669--36009929	80	3.3	80	84	3	312	25	24	27	22	2.00
36009669--36009893	120	1.9	121	87	6	332	24	24	28	22	2.00
36010452--36011057	301	2.0	301	99	0	1203	35	10	20	33	1.87
36018082--36018306	40	5.6	40	82	4	215	25	25	27	21	2.00
36018082--36018306	80	2.8	80	81	7	251	25	25	27	21	2.00
36018082--36018306	120	1.9	121	85	6	314	25	25	27	21	2.00
36025073--36025125	22	2.5	20	77	19	54	47	26	5	20	1.72
36035215--36035255	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
36038723--36038767	23	2.0	22	83	12	56	55	2	0	42	1.12
36042080--36042210	8	15.1	8	68	19	59	35	3	2	58	1.26
36042078--36042136	19	3.2	19	78	9	77	32	0	0	67	0.91
36042080--36042160	36	2.3	35	79	10	92	34	3	2	59	1.29
36042090--36042185	28	3.5	28	69	23	71	35	3	3	58	1.30
36048524--36048552	13	2.3	13	94	5	51	27	0	6	65	1.18
36049041--36049073	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
36049195--36049252	30	1.9	30	86	6	82	58	12	5	24	1.54
36049290--36049332	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
36049297--36049337	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
36050421--36050478	29	2.0	29	83	12	75	62	3	1	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36050609--36050685	40	1.9	40	91	0	127	32	19	20	27	1.97
36050729--36050921	39	4.9	40	79	7	187	29	19	23	26	1.98
36050767--36050918	79	1.9	78	81	4	180	29	20	25	25	1.99
36059141--36059180	3	13.7	3	94	5	73	35	30	0	35	1.58
36059179--36059545	3	121.7	3	81	6	323	31	4	1	62	1.24
36059556--36059623	23	2.9	22	86	8	82	20	1	4	73	1.08
36059574--36059624	16	3.1	16	76	18	52	21	0	3	74	0.98
36066529--36066587	31	1.9	31	96	0	109	30	13	1	54	1.49
36072657--36072686	13	2.3	13	100	0	60	30	40	23	6	1.80
36082608--36082708	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
36087406--36087498	48	1.9	48	91	0	150	44	12	15	27	1.83
36087406--36087511	48	2.2	48	87	0	149	44	14	14	27	1.83
36088259--36088357	47	2.1	47	82	0	117	28	13	28	30	1.94
36099077--36099103	9	3.0	9	100	0	54	44	33	0	22	1.53
36100616--36100689	29	2.5	29	76	12	71	72	6	8	12	1.26
36102372--36102408	19	1.9	19	88	0	56	54	0	37	8	1.30
36102430--36102514	27	3.3	27	70	9	95	62	0	27	10	1.28
36102422--36102526	51	2.1	51	100	0	210	59	0	28	12	1.34
36102422--36102499	24	3.1	24	68	10	75	60	0	28	11	1.31
36102443--36102527	27	3.3	27	70	9	95	58	0	28	12	1.35
36111472--36111501	14	2.1	14	93	0	51	46	10	10	33	1.71
36118115--36118230	46	2.5	46	95	0	196	26	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36126180--36126221	22	2.0	22	90	4	68	9	38	28	23	1.86
36126945--36127007	24	2.6	25	82	5	76	26	19	22	31	1.97
36126993--36127075	25	3.3	26	80	6	100	37	14	24	24	1.92
36128778--36128916	50	2.7	50	82	2	152	23	15	28	33	1.95
36128824--36128955	50	2.6	51	84	1	158	23	18	28	28	1.98
36128885--36129009	50	2.5	50	81	2	135	26	19	26	28	1.99
36131771--36131892	51	2.4	51	76	4	120	27	16	26	30	1.97
36137016--36137043	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36138651--36139080	47	9.1	47	89	3	637	33	11	29	26	1.91
36139054--36139190	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
36145547--36145572	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
36146275--36146427	74	2.0	75	91	5	247	24	17	30	26	1.97
36151127--36151173	26	1.9	24	83	12	60	38	10	4	46	1.58
36166700--36166903	40	5.1	40	82	1	230	26	28	20	24	1.99
36166695--36166903	80	2.6	80	85	0	267	26	27	20	24	1.99
36174151--36174184	17	2.0	17	88	0	50	64	8	5	20	1.43
36182074--36182263	40	4.8	40	92	1	303	24	29	22	23	1.99
36190048--36190193	39	3.8	38	84	11	190	23	30	21	23	1.99
36190048--36190194	77	1.9	78	91	4	244	23	29	22	23	1.99
36197210--36197375	40	4.2	40	81	7	189	25	22	27	24	2.00
36200108--36200172	32	2.0	32	93	0	112	24	3	21	50	1.63
36206313--36206354	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36207074--36207141	25	2.7	24	80	13	57	35	2	1	60	1.21
36213659--36213693	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
36213947--36214077	19	6.7	21	80	11	59	38	15	8	37	1.77
36213985--36214092	19	5.8	19	92	6	186	37	13	11	37	1.81
36214439--36214621	89	2.1	89	82	2	215	26	28	13	32	1.93
36214439--36214628	45	4.3	45	83	2	204	25	28	12	33	1.93
36214654--36214945	78	3.7	78	87	1	415	27	23	16	31	1.96
36214888--36215495	217	2.8	218	89	2	950	26	22	18	32	1.97
36215543--36215708	45	3.7	45	86	6	239	26	27	14	31	1.95
36215741--36215874	41	3.4	41	64	19	111	22	24	18	34	1.96
36215722--36215935	78	2.8	78	92	2	344	24	22	20	32	1.98
36215782--36215909	37	3.4	37	64	19	91	21	23	21	34	1.97
36216015--36216535	180	3.0	177	75	14	518	25	22	18	33	1.97
36216276--36216492	78	2.8	78	91	4	357	24	24	19	31	1.98
36215325--36216877	556	2.8	552	87	3	2133	25	22	18	33	1.97
36217003--36217283	133	2.1	133	98	0	544	27	19	18	34	1.95
36224913--36224937	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
36225653--36225686	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
36225940--36226015	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
36225976--36226085	19	5.9	19	89	6	181	36	15	10	38	1.81
36226382--36226685	139	2.2	139	92	2	506	46	7	6	39	1.58
36226607--36226766	82	2.0	82	96	0	293	42	5	9	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36229750--36229814	23	2.8	23	97	0	121	46	4	13	35	1.64
36235942--36236015	26	2.8	26	82	9	80	35	22	25	16	1.95
36243060--36243084	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
36244115--36244189	26	2.9	27	77	13	77	36	14	25	24	1.93
36243800--36244268	242	1.9	242	98	0	911	35	21	23	19	1.96
36257117--36257143	14	1.9	14	100	0	54	37	14	0	48	1.45
36259756--36259836	44	1.9	41	87	7	117	35	22	23	18	1.95
36259752--36259836	21	4.0	22	83	9	113	36	22	22	18	1.95
36266713--36267016	155	2.0	155	90	0	482	24	18	28	29	1.98
36270536--36270615	31	2.6	31	94	3	137	25	20	13	41	1.88
36270803--36270922	24	5.0	24	90	3	179	25	20	23	30	1.99
36270973--36271032	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
36271074--36271121	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
36272274--36272338	27	2.4	27	82	5	78	21	29	20	29	1.98
36272397--36272648	27	9.3	27	79	7	116	36	8	18	36	1.82
36272545--36272783	54	4.4	54	83	5	277	43	8	20	27	1.81
36272519--36272688	81	2.1	81	84	4	218	42	10	17	28	1.83
36272545--36272783	27	8.9	27	87	3	241	43	8	20	27	1.81
36272544--36272780	81	2.9	81	83	5	275	43	8	20	27	1.81
36272760--36272878	27	4.4	27	80	5	134	30	10	21	38	1.86
36272789--36272893	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
36275030--36275058	14	2.0	15	93	6	51	3	20	6	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36276961--36276989	12	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
36277117--36277180	32	2.0	32	93	0	110	32	17	7	42	1.78
36286387--36286554	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
36294433--36294600	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
36296308--36296527	38	5.3	38	73	19	199	28	24	15	31	1.96
36296326--36296621	47	6.7	47	76	15	315	29	23	15	31	1.96
36296308--36296579	85	3.2	85	94	0	481	29	23	15	30	1.96
36296496--36296621	48	2.7	47	88	1	180	30	23	15	30	1.95
36300380--36300604	49	4.5	49	86	2	288	29	28	16	24	1.97
36300378--36300604	99	2.3	101	85	2	298	29	28	16	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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