genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  218  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67625277--67625433	47	3.3	46	83	8	190	27	28	10	33	1.90
67625351--67625505	78	2.0	78	92	2	258	25	28	13	32	1.94
67625429--67625702	47	5.8	47	94	0	440	25	27	12	33	1.93
67625398--67625458	31	2.0	31	96	0	113	24	26	14	34	1.94
67625304--67625693	125	3.0	127	87	7	541	26	27	12	33	1.92
67625429--67625499	22	3.1	22	66	25	56	25	29	12	32	1.93
67625613--67625688	22	3.3	22	66	16	64	25	25	13	36	1.92
67625733--67625770	20	1.9	20	94	0	67	34	0	10	55	1.34
67627396--67627464	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
67633738--67633775	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
67635400--67635467	28	2.5	28	92	4	113	44	26	10	19	1.82
67640130--67640160	4	7.8	4	100	0	62	0	0	22	77	0.77
67646752--67646829	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
67668852--67668891	17	2.4	17	100	0	80	22	27	27	22	1.99
67677120--67677201	38	2.2	36	80	6	92	59	1	28	10	1.39
67677097--67677201	17	5.7	18	68	13	63	59	0	27	12	1.40
67679831--67679856	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
67680871--67680920	25	2.0	26	84	7	68	24	36	4	36	1.74
67687634--67687806	93	1.9	93	92	0	292	26	30	22	20	1.98
67687627--67687805	46	3.9	46	81	10	211	27	30	22	20	1.98
67690176--67690270	29	3.2	29	80	8	102	56	15	16	10	1.66
67690183--67690261	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67690176--67690270	15	6.4	15	73	10	79	56	15	16	10	1.66
67693172--67693346	45	3.8	46	79	13	207	28	30	21	19	1.97
67693179--67693350	93	1.9	92	95	1	308	27	31	21	19	1.98
67703278--67703389	50	2.2	50	98	0	215	24	12	21	41	1.87
67704399--67704423	11	2.3	11	100	0	50	8	0	44	48	1.32
67713709--67713777	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
67714392--67714453	27	2.3	27	88	5	90	25	16	16	41	1.88
67714409--67714581	54	3.2	51	86	7	188	30	9	20	40	1.83
67714436--67714616	27	6.9	27	81	4	217	32	7	19	40	1.80
67714408--67714609	80	2.5	81	84	4	243	30	8	19	40	1.82
67714436--67714609	54	3.3	54	91	3	275	31	7	20	41	1.80
67714604--67714758	81	1.9	81	85	2	213	39	8	23	29	1.84
67714602--67714744	27	5.3	27	84	6	182	39	7	22	30	1.82
67714602--67714744	54	2.6	54	92	0	232	39	7	22	30	1.82
67723398--67723515	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67723366--67723529	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67725239--67725293	21	2.6	22	72	8	53	32	36	3	27	1.74
67726906--67726943	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
67728252--67728352	29	3.5	29	80	2	114	23	15	31	28	1.96
67732448--67732573	46	2.7	46	90	0	198	19	19	30	30	1.96
67741467--67741537	27	2.7	26	77	12	81	47	12	12	26	1.77
67744160--67744252	47	2.0	47	82	0	114	46	12	11	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67746911--67747061	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
67746915--67747101	80	2.3	80	81	9	220	24	25	22	26	2.00
67752346--67752422	27	2.8	26	83	11	93	38	14	14	32	1.86
67758340--67758609	48	5.7	48	72	11	173	27	18	29	25	1.98
67758243--67758507	48	5.6	48	73	12	156	29	17	28	24	1.97
67768003--67768074	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
67775856--67775956	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
67775885--67775960	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
67777831--67777993	70	2.3	71	97	2	319	35	17	28	18	1.94
67785419--67785536	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67785387--67785550	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67791775--67791877	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
67794475--67794507	10	3.3	10	95	0	57	18	45	9	27	1.79
67804361--67804481	43	2.8	45	75	9	128	24	15	25	33	1.95
67807623--67807677	27	2.0	27	96	0	101	27	9	14	49	1.73
67816785--67816863	25	3.3	25	64	10	74	35	5	26	32	1.78
67816763--67817242	47	10.2	47	89	0	735	34	8	28	28	1.86
67816973--67817050	25	3.2	25	66	23	76	37	3	26	32	1.75
67820879--67821075	63	3.1	62	61	22	127	14	34	4	47	1.63
67820859--67821112	130	2.0	130	97	0	481	13	33	4	48	1.64
67822398--67822424	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67836936--67837047	40	2.8	41	82	5	131	33	25	14	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67841137--67841450	38	8.3	38	90	0	484	20	21	25	32	1.97
67842721--67842795	28	2.7	28	87	0	105	30	33	9	26	1.88
67846619--67846845	42	5.3	42	76	6	204	28	27	17	26	1.97
67846621--67846845	83	2.6	88	79	5	228	28	27	17	26	1.98
67846817--67846954	37	3.8	37	81	6	140	26	27	16	28	1.97
67846817--67846953	74	1.9	73	83	7	179	27	27	16	29	1.97
67849393--67849435	20	2.2	20	87	8	61	51	6	2	39	1.42
67849563--67849593	15	2.1	15	93	0	53	48	0	6	45	1.28
67850489--67850553	27	2.4	27	86	0	94	23	24	12	40	1.89
67850617--67850790	31	5.5	31	87	2	242	26	28	17	28	1.97
67850783--67850895	33	3.5	33	80	4	131	28	23	12	36	1.91
67853320--67853419	27	3.7	27	82	0	110	39	25	12	24	1.89
67857621--67857650	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
67860782--67860827	20	2.3	20	92	0	74	21	19	43	15	1.87
67860789--67860829	20	2.0	20	100	0	82	24	14	41	19	1.89
67860900--67860968	27	2.6	27	85	0	84	34	28	13	23	1.92
67860920--67861019	27	3.7	26	74	11	85	38	27	8	27	1.84
67862599--67862651	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
67862599--67862664	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
67863609--67863684	40	1.9	40	88	0	116	34	28	14	22	1.93
67875121--67875189	27	2.5	27	92	2	111	30	27	14	27	1.95
67882713--67882830	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67882681--67882844	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67890165--67890282	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67890133--67890296	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67891584--67891787	52	3.9	53	81	10	217	37	17	24	21	1.94
67891979--67892009	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
67896427--67896508	6	13.3	6	73	19	71	48	14	17	19	1.81
67896441--67896508	25	2.7	25	90	0	109	48	14	17	19	1.81
67896911--67897483	27	21.2	27	89	1	772	26	19	18	35	1.95
67897494--67897757	27	9.7	27	86	0	375	41	8	22	28	1.82
67897769--67897918	27	5.6	27	82	6	178	29	8	21	40	1.83
67897494--67897759	136	2.0	136	92	0	372	41	8	22	28	1.82
67901490--67901613	43	2.9	42	76	7	133	28	24	16	31	1.96
67905799--67905929	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
67905798--67905929	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
67913362--67913446	29	3.0	27	76	23	79	28	31	14	25	1.94
67913375--67913463	29	3.2	29	85	7	114	28	30	14	26	1.95
67913697--67913747	24	2.1	24	85	0	66	9	21	19	49	1.77
67913705--67913743	8	4.9	8	83	0	51	10	23	23	43	1.84
67915203--67915324	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
67922560--67922682	46	2.6	47	84	5	149	26	22	14	36	1.93
67925189--67925334	43	3.4	42	73	13	120	28	19	23	28	1.98
67926887--67927016	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67935911--67935936	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
67942403--67942647	40	6.2	40	93	2	415	27	26	23	22	2.00
67942403--67942647	79	3.1	79	95	0	427	27	26	23	22	2.00
67944024--67944049	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
67946263--67946367	29	3.7	29	83	7	117	24	27	17	30	1.97
67946594--67946629	16	2.2	16	100	0	72	11	25	16	47	1.79
67950651--67950690	21	1.9	21	89	0	62	35	17	0	47	1.48
67951928--67951966	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
67955488--67955787	151	2.0	152	84	4	392	21	25	28	24	1.99
67957478--67957634	40	4.0	40	79	4	149	26	24	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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