genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  355  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111760615--111760652	16	2.4	17	82	13	53	15	0	7	76	1.01
111761559--111761591	17	1.9	17	100	0	66	45	24	18	12	1.83
111763483--111763618	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
111765405--111765676	136	2.0	137	94	0	474	25	16	25	32	1.96
111772290--111772331	19	2.2	20	86	4	59	40	2	2	54	1.26
111774347--111774454	12	8.2	13	68	19	64	40	0	0	57	1.11
111777360--111777415	11	5.5	11	77	14	57	32	0	1	66	1.03
111777381--111777423	19	2.3	19	100	0	86	34	0	0	65	0.93
111778455--111778545	19	4.9	19	88	8	143	38	9	14	37	1.79
111778455--111778568	19	5.8	22	83	14	78	37	8	14	38	1.78
111778835--111778868	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
111788889--111788926	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
111789155--111789325	93	1.8	93	89	2	272	29	28	19	22	1.98
111789150--111789320	46	3.7	46	77	12	188	29	27	19	22	1.98
111793272--111793555	132	2.1	133	83	9	346	33	16	23	26	1.96
111793371--111793645	44	6.1	44	73	13	229	32	16	25	25	1.96
111793472--111793637	88	1.9	89	91	3	273	29	14	28	27	1.95
111794009--111794109	36	2.8	37	92	4	170	36	10	14	37	1.82
111794001--111794109	19	5.9	19	91	6	181	36	10	15	37	1.81
111794001--111794132	18	6.8	22	86	11	95	36	9	15	38	1.80
111795626--111795682	11	5.0	12	78	18	59	50	0	0	49	1.00
111795626--111795693	13	5.2	13	74	22	54	50	0	1	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111795626--111795678	22	2.5	22	84	9	65	50	0	0	49	1.00
111795645--111795693	16	3.1	16	80	16	66	51	0	2	46	1.12
111809857--111809891	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
111812730--111812801	37	1.9	37	97	0	135	31	5	12	50	1.63
111813785--111813817	17	1.9	17	100	0	66	24	12	18	45	1.83
111814456--111814511	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
111815950--111816013	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
111816118--111816258	27	5.2	26	83	6	174	18	24	22	34	1.96
111816118--111816258	54	2.6	53	90	2	219	18	24	22	34	1.96
111821481--111821617	26	5.3	26	91	0	220	35	8	22	33	1.85
111822544--111822685	40	3.6	40	90	2	216	23	23	27	25	2.00
111825605--111825745	27	5.2	26	79	6	156	19	23	22	34	1.96
111825605--111825745	54	2.6	53	88	2	201	19	23	22	34	1.96
111826962--111827012	21	2.5	20	84	9	68	50	0	7	41	1.31
111826962--111827013	20	2.6	21	81	6	63	51	0	7	40	1.30
111827746--111827780	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
111828060--111828108	18	2.5	21	77	19	68	36	16	8	38	1.78
111828070--111828158	18	4.9	18	89	9	121	38	14	8	38	1.78
111828063--111828158	35	2.7	35	85	12	126	37	15	8	38	1.78
111828502--111828775	45	6.1	45	78	9	263	25	27	16	30	1.96
111828715--111828885	76	2.2	78	89	7	280	25	23	19	31	1.98
111828858--111828906	21	2.4	21	93	3	82	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111828785--111828984	98	2.0	98	87	3	287	26	23	19	32	1.97
111828878--111829027	78	1.9	78	86	0	210	26	23	18	32	1.97
111831163--111831233	34	2.1	34	94	0	124	29	14	21	35	1.92
111840780--111840814	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
111841068--111841143	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
111841104--111841194	19	4.9	19	89	8	152	37	15	9	37	1.81
111841456--111841496	20	2.0	21	90	4	66	70	0	29	0	0.87
111844332--111844409	22	3.3	22	65	25	59	30	30	15	23	1.95
111844260--111844491	50	4.7	50	90	2	344	28	29	16	25	1.97
111844260--111844491	99	2.3	100	89	2	344	28	29	16	25	1.97
111845135--111845194	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
111847235--111847273	15	2.5	15	83	4	51	53	17	12	15	1.72
111850010--111850206	50	3.9	50	85	1	261	28	26	18	26	1.98
111850023--111850206	101	1.8	99	89	2	287	28	26	18	26	1.98
111852162--111852394	46	5.1	46	85	2	299	44	14	22	18	1.86
111852657--111852689	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
111854496--111855047	214	2.6	214	94	1	951	16	5	19	58	1.58
111857881--111857937	29	2.0	29	93	6	98	54	0	3	42	1.17
111871969--111872027	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
111871998--111872047	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
111879830--111879911	43	1.9	43	87	0	119	23	28	20	28	1.99
111884223--111884398	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111884219--111884390	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
111887201--111888740	779	2.0	779	98	0	2954	28	24	15	30	1.96
111893046--111893117	36	2.0	36	94	0	126	19	20	20	38	1.93
111894625--111894664	14	2.7	16	81	11	50	40	0	2	57	1.12
111901021--111901057	12	3.1	12	100	0	74	48	24	8	18	1.75
111902583--111902721	60	2.3	59	81	9	158	27	25	20	26	1.99
111902711--111902756	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97
111908843--111908884	8	5.2	8	97	0	75	50	38	2	9	1.48
111909539--111909575	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
111909591--111909636	20	2.3	21	78	17	53	32	4	8	54	1.51
111912953--111913058	25	4.2	25	96	3	194	31	4	27	36	1.77
111912953--111913058	51	2.1	51	96	3	196	31	4	27	36	1.77
111918734--111918839	26	4.2	26	95	2	189	31	5	26	36	1.80
111921940--111921997	30	1.9	30	82	6	73	25	32	24	17	1.96
111923736--111924105	50	7.7	46	80	8	196	28	18	28	24	1.98
111932568--111932610	21	2.2	19	76	15	50	4	32	2	60	1.30
111938188--111938258	25	2.8	24	77	8	70	50	7	4	38	1.49
111938262--111938310	6	8.5	6	80	8	57	53	2	14	30	1.52
111938262--111938310	23	2.1	23	88	0	71	53	2	14	30	1.52
111938432--111938470	17	2.4	16	91	4	60	51	5	15	28	1.64
111940375--111940520	79	1.8	79	85	0	202	27	11	18	42	1.85
111941023--111941060	19	2.0	20	84	5	51	13	10	13	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111942110--111942135	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
111943656--111943888	89	2.6	89	82	8	287	56	11	6	25	1.59
111948206--111948462	41	6.3	40	87	3	329	32	24	24	18	1.97
111948206--111948458	81	3.1	81	86	2	348	32	24	24	18	1.97
111948207--111948458	122	2.1	122	87	1	353	32	24	24	18	1.97
111948624--111948663	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
111949526--111949557	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
111949529--111949596	24	2.8	23	76	10	64	55	1	4	38	1.29
111954479--111954518	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
111954948--111954987	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
111954093--111955340	469	2.7	469	99	0	2473	36	11	11	41	1.77
111961496--111961780	88	3.3	87	83	3	326	28	19	20	31	1.97
111961497--111961795	43	6.9	44	80	4	259	28	19	20	31	1.97
111963854--111963912	20	3.0	19	85	9	75	32	1	15	50	1.54
111963854--111963898	19	2.3	20	92	3	74	33	0	13	53	1.40
111963896--111963962	33	2.0	33	97	0	125	26	10	17	44	1.81
111971542--111971601	29	2.1	27	90	6	93	38	25	0	36	1.56
111971542--111971607	28	2.3	29	87	7	82	40	24	0	34	1.55
111971896--111971935	21	2.0	20	90	5	62	27	5	5	62	1.37
111977612--111977761	42	3.5	42	78	5	160	29	23	18	28	1.98
111980462--111980560	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
111988262--111988360	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111990252--111990302	14	3.4	14	85	15	75	37	11	15	35	1.84
111990242--111990323	31	2.4	33	86	13	114	37	10	15	35	1.83
111990252--111990325	19	4.2	19	74	25	81	37	10	16	35	1.83
111995923--111995993	7	9.7	7	78	18	74	83	0	15	1	0.73
111995923--111995993	23	3.2	22	86	11	101	83	0	15	1	0.73
111996952--111997175	43	5.3	43	65	16	144	30	22	20	25	1.98
111996995--111997216	41	5.3	41	65	16	141	30	23	22	23	1.99
111996942--111997396	84	5.4	84	86	5	643	30	22	21	24	1.99
111997515--111997752	87	2.7	86	84	5	280	31	18	23	26	1.97
111998307--111998379	36	2.0	37	91	5	121	36	10	16	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433