genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  311  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96969895--96970143	54	4.5	54	78	9	239	26	21	16	36	1.94
96969897--96970169	81	3.3	81	81	10	250	26	21	16	36	1.94
96970047--96970124	35	2.2	35	93	4	131	19	20	20	39	1.92
96970020--96970144	62	2.0	62	92	0	205	21	20	20	37	1.94
96969993--96970169	89	2.0	89	86	0	246	23	20	18	37	1.94
96970157--96970606	27	16.7	26	78	5	360	33	8	19	38	1.81
96970162--96970606	54	8.2	54	84	1	496	32	8	19	39	1.81
96977559--96977604	24	1.9	24	82	8	58	26	4	6	63	1.38
96979439--96979535	28	3.5	28	87	4	135	20	7	24	47	1.75
96980156--96980217	27	2.3	27	94	0	106	27	14	16	41	1.87
96980173--96980323	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
96980171--96980323	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
96980200--96980323	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
96980307--96980377	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
96980200--96980323	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
96980197--96980350	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
96984897--96984972	37	2.1	37	92	0	125	36	19	10	32	1.86
96989456--96989710	55	4.8	53	78	8	252	34	17	26	21	1.95
96989463--96989663	108	1.8	110	87	4	300	32	17	26	22	1.97
96989902--96989932	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
96994537--96994561	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
97010333--97010371	19	2.1	19	90	0	60	30	33	25	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97013438--97013656	24	9.1	24	96	0	366	35	25	18	20	1.95
97020904--97021018	43	2.7	41	79	12	117	26	16	23	33	1.96
97029530--97029580	25	2.0	25	84	0	66	31	21	21	25	1.98
97029612--97029651	10	3.9	10	93	6	71	32	17	20	30	1.95
97029602--97029651	21	2.4	21	93	0	82	32	14	20	34	1.92
97035238--97035404	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
97043080--97043245	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	26	1.99
97053734--97053847	28	4.0	28	81	8	115	28	26	15	29	1.96
97054026--97054071	24	1.9	24	86	0	65	10	21	17	50	1.77
97055625--97055694	24	3.2	24	61	23	62	45	20	0	34	1.51
97055616--97055697	42	2.0	42	100	0	164	46	21	0	31	1.52
97057640--97057771	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
97057640--97057771	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
97064370--97064439	24	3.2	24	61	23	62	45	20	0	34	1.51
97064361--97064442	42	2.0	42	100	0	164	46	21	0	31	1.52
97066388--97066519	29	4.5	29	97	1	237	24	23	14	37	1.92
97066388--97066519	59	2.3	59	95	1	239	24	23	14	37	1.92
97074142--97074200	30	2.0	30	83	6	75	38	10	22	28	1.86
97074693--97074932	50	4.8	50	76	8	211	28	21	27	23	1.99
97074754--97074941	98	1.9	97	87	5	272	28	20	26	25	1.99
97079038--97079332	50	5.8	51	78	2	247	31	27	15	24	1.96
97085968--97086177	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97094102--97094311	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
97097974--97098146	46	3.7	46	74	17	169	23	20	26	30	1.99
97097971--97098141	93	1.8	93	90	5	274	22	21	26	29	1.99
97108527--97108715	24	8.0	24	88	5	278	28	21	22	28	1.99
97108548--97108714	23	7.1	23	91	3	271	28	20	22	28	1.99
97108548--97108716	47	3.6	47	95	0	302	28	20	22	28	1.99
97108828--97108875	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
97118368--97118414	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
97118370--97118411	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
97120358--97120395	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
97120625--97120795	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
97120620--97120792	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
97121215--97121270	29	1.9	29	85	0	76	33	23	5	37	1.78
97122485--97122509	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
97123676--97123917	48	5.0	48	90	0	349	37	7	24	30	1.82
97125825--97126170	43	8.1	43	95	0	579	13	23	30	31	1.93
97126302--97126435	58	2.3	57	85	1	187	24	17	27	30	1.97
97129829--97130070	48	5.0	48	92	0	376	37	7	24	30	1.83
97137947--97137984	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
97138206--97138380	46	3.8	49	78	15	183	29	28	20	22	1.98
97138211--97138380	92	1.8	93	91	1	279	29	28	20	21	1.98
97146206--97146369	43	3.8	43	73	12	131	31	23	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97153812--97153963	43	3.5	42	76	10	123	31	26	15	25	1.96
97153868--97153968	44	2.3	42	81	9	114	34	25	16	22	1.95
97158737--97158863	43	3.0	42	76	7	123	28	18	23	29	1.98
97172273--97172321	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
97173143--97173309	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
97181516--97181564	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
97182387--97182553	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
97192125--97192380	49	5.3	49	89	6	373	32	7	30	29	1.86
97192127--97192380	47	5.3	47	91	3	341	31	7	30	29	1.86
97192125--97192380	96	2.7	96	89	4	367	32	7	30	29	1.86
97194490--97194721	40	5.8	40	93	0	365	26	21	27	24	1.99
97198831--97199084	47	5.3	48	92	1	370	31	8	31	29	1.86
97208137--97208314	40	4.4	40	84	2	205	26	23	26	23	2.00
97213899--97213925	14	1.9	14	100	0	54	40	14	0	44	1.46
97215007--97215035	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
97221653--97221677	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
97226515--97226549	19	1.9	19	88	11	56	54	2	0	42	1.15
97226986--97227025	18	2.2	18	90	0	62	27	42	0	30	1.56
97229072--97229144	36	2.0	36	97	0	137	38	15	0	46	1.46
97229393--97229431	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
97232115--97232203	45	2.0	43	89	4	133	39	24	11	24	1.88
97239997--97240052	24	2.3	24	93	0	94	19	46	17	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97242189--97242218	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
97244519--97244674	65	2.3	70	78	9	162	36	19	26	17	1.94
97252023--97252184	71	2.3	72	86	3	238	36	19	26	17	1.94
97261141--97261357	46	4.7	45	76	10	172	22	29	19	29	1.98
97268274--97268311	19	2.0	19	85	10	51	34	5	0	60	1.19
97269097--97269130	13	2.7	13	95	4	61	35	0	0	64	0.94
97269162--97269200	16	2.4	17	87	12	55	35	2	0	61	1.10
97269730--97269767	20	1.9	20	88	0	58	60	0	2	36	1.11
97271199--97271232	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
97272157--97272202	24	2.0	22	83	8	56	39	6	0	54	1.26
97272752--97272793	21	2.0	21	90	0	66	26	21	21	30	1.98
97274238--97274308	26	2.7	26	72	12	65	35	8	2	53	1.46
97286535--97286792	86	3.0	87	86	4	342	37	22	22	17	1.94
97286546--97286835	44	6.6	44	71	12	175	35	22	24	17	1.95
97288521--97288554	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
97288687--97288757	26	2.7	26	72	12	65	35	8	2	53	1.46
97288879--97288911	16	2.0	17	88	5	50	36	3	0	60	1.12
97291343--97291455	47	2.4	47	80	4	122	42	13	15	29	1.84
97291482--97291839	54	6.7	54	77	5	323	35	11	23	29	1.90
97291496--97291807	108	2.9	107	84	5	382	35	11	23	28	1.90
97291482--97291839	108	3.3	107	82	5	361	35	11	23	29	1.90
97302593--97302724	54	2.4	54	83	0	165	39	13	19	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97302829--97302857	13	2.2	13	100	0	58	44	10	13	31	1.78
97313466--97313566	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
97313495--97313566	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
97321273--97321373	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
97321302--97321373	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
97325614--97325868	40	6.4	40	89	4	342	26	26	21	25	2.00
97328136--97328312	39	4.5	40	88	5	245	24	27	22	25	2.00
97328136--97328312	79	2.3	79	87	4	252	24	27	22	25	2.00
97336176--97336353	39	4.5	40	89	4	245	24	26	23	25	2.00
97336176--97336353	79	2.2	80	86	4	245	24	26	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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