genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.428.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  428  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131345199--131345388	69	2.8	69	85	3	249	28	24	10	36	1.88
131348990--131349046	15	3.6	17	73	23	61	70	0	1	28	0.98
131348998--131349044	15	3.4	14	83	13	62	70	0	2	27	0.99
131349369--131349414	2	23.5	2	82	12	60	54	0	2	43	1.12
131349558--131349593	18	1.9	19	88	5	56	58	5	11	25	1.54
131349837--131349888	25	2.0	27	88	7	81	21	30	7	40	1.81
131350060--131350111	25	2.1	25	86	10	72	48	3	3	44	1.39
131351268--131351403	26	5.2	26	94	0	227	36	5	22	36	1.76
131353189--131353474	136	2.1	137	96	0	529	24	17	25	32	1.97
131354698--131354739	12	3.6	12	96	3	77	9	26	50	14	1.73
131359620--131359660	19	2.2	19	91	8	66	31	4	24	39	1.76
131359642--131359739	25	4.0	25	93	2	146	32	6	23	37	1.80
131359615--131359740	50	2.7	48	81	15	156	33	5	23	37	1.78
131361529--131361814	136	2.1	137	96	0	529	24	17	25	32	1.97
131364027--131364052	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131364089--131364142	9	5.8	9	76	23	58	40	0	3	55	1.17
131364027--131364162	33	4.1	32	74	20	109	40	2	3	53	1.31
131364131--131364188	23	2.5	24	78	16	68	36	5	3	55	1.39
131364215--131364363	11	12.3	13	64	25	51	33	6	3	57	1.40
131364622--131364658	15	2.5	15	86	0	56	43	2	5	48	1.40
131366870--131367143	15	18.4	14	66	23	91	34	4	0	59	1.23
131366901--131366995	37	2.6	36	72	14	86	33	6	1	58	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131366980--131367128	39	3.9	39	80	15	172	34	3	0	61	1.18
131367076--131367142	19	3.4	21	74	17	56	32	2	1	62	1.19
131367104--131367143	21	2.1	18	86	13	53	30	5	0	65	1.14
131366976--131367143	18	8.9	19	68	22	63	34	3	0	61	1.18
131367285--131367343	22	2.7	23	82	14	72	37	5	0	57	1.21
131367679--131367709	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
131369129--131369195	29	2.3	29	81	2	71	59	1	8	29	1.37
131369245--131369297	24	2.3	22	75	9	52	56	1	3	37	1.28
131369346--131369384	3	12.7	3	83	5	51	69	2	0	28	1.02
131371628--131371675	25	1.9	25	87	8	71	27	10	0	62	1.27
131372013--131372051	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
131373400--131373439	22	1.9	20	90	10	62	75	5	12	7	1.18
131374325--131374611	137	2.1	137	97	0	538	31	24	19	25	1.98
131376397--131376504	26	4.2	26	92	2	166	37	23	5	34	1.78
131379333--131379412	30	2.7	30	94	0	142	23	47	3	25	1.68
131379360--131379430	18	4.3	18	69	20	73	22	46	4	26	1.70
131379360--131379460	48	2.1	48	100	0	202	22	46	3	26	1.69
131379408--131379495	30	2.9	30	91	0	149	25	50	3	21	1.64
131379324--131379479	78	2.0	79	93	1	269	23	46	3	25	1.69
131379360--131379479	48	2.5	48	89	4	134	24	47	4	24	1.69
131380057--131380196	25	5.5	25	70	19	85	33	6	5	55	1.47
131380351--131380398	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131380351--131380402	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
131381921--131381949	12	2.4	12	100	0	58	24	27	6	41	1.80
131390171--131390344	70	2.5	69	85	2	224	28	14	22	34	1.93
131390224--131390463	119	2.0	119	94	4	421	25	12	23	38	1.90
131390369--131390502	66	2.0	68	88	4	200	22	14	26	36	1.92
131390436--131391197	139	5.5	140	95	2	1367	25	17	20	37	1.94
131390436--131391197	276	2.7	279	94	2	1372	25	17	20	37	1.94
131391036--131391069	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
131391117--131391341	72	3.0	72	85	10	292	30	16	19	33	1.94
131391295--131391389	48	2.0	49	93	2	165	27	15	22	34	1.94
131391223--131391461	123	2.0	121	90	3	381	30	16	20	32	1.95
131391347--131391535	74	2.5	74	87	2	263	28	18	22	31	1.97
131391539--131391923	79	4.7	77	75	14	294	29	17	17	35	1.93
131391908--131391967	30	2.0	30	90	6	95	20	6	28	45	1.76
131391394--131392134	255	3.0	249	83	7	748	29	17	18	34	1.94
131392749--131392949	30	6.8	30	89	2	307	25	47	3	22	1.67
131392749--131392932	88	2.1	89	93	4	318	25	46	3	23	1.69
131393436--131393479	23	1.9	23	86	9	63	34	4	0	61	1.16
131393439--131393483	20	2.2	20	84	7	56	35	4	0	60	1.17
131393512--131393575	22	2.9	22	76	9	67	35	3	3	57	1.30
131393509--131393574	14	4.6	14	75	17	55	36	3	3	57	1.29
131393587--131393672	25	3.6	25	80	7	83	31	6	5	55	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131393808--131393855	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
131393808--131393859	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
131395530--131395740	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
131395496--131395782	137	2.1	137	98	0	547	31	25	19	24	1.98
131397556--131397639	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
131398797--131398843	21	2.2	21	84	0	58	31	4	4	59	1.36
131398732--131398827	3	32.7	3	73	8	72	33	6	2	58	1.35
131399169--131399212	12	3.7	12	78	0	52	38	6	0	54	1.27
131401434--131401473	7	5.7	7	100	0	80	27	0	0	72	0.85
131401935--131401996	30	2.1	30	96	0	115	17	16	14	51	1.76
131401947--131401996	17	3.2	17	69	30	56	18	16	12	54	1.72
131403106--131403160	18	3.1	18	70	12	51	50	0	5	43	1.25
131404523--131404570	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
131407555--131407690	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
131408663--131408716	24	2.2	24	90	6	83	77	1	1	18	0.95
131408772--131409111	170	2.0	170	97	1	637	20	25	20	32	1.97
131409684--131409756	23	3.4	21	70	24	55	38	2	5	53	1.39
131409683--131409760	21	3.6	21	72	19	70	38	2	5	53	1.37
131409731--131409773	21	2.0	21	86	8	61	34	2	2	60	1.22
131415632--131415692	32	1.9	32	100	0	122	31	6	22	39	1.80
131417735--131417867	26	5.2	25	95	3	223	35	5	23	36	1.77
131417735--131417867	51	2.6	52	92	3	227	35	5	23	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131418447--131418475	15	2.0	15	93	6	51	34	17	27	20	1.95
131423567--131423673	25	4.2	25	91	7	164	35	4	23	36	1.76
131434203--131434236	1	34.0	1	87	0	50	94	0	5	0	0.32
131435460--131435603	44	3.3	44	68	14	136	34	22	24	19	1.97
131435412--131435614	86	2.4	86	92	0	334	34	22	23	20	1.97
131435412--131435697	86	3.3	86	85	2	299	36	21	22	19	1.95
131435730--131435822	42	2.2	42	96	0	168	25	19	29	25	1.99
131437123--131437163	18	2.3	18	84	12	50	14	14	2	68	1.32
131437209--131437266	25	2.3	24	80	13	64	31	3	6	58	1.41
131437284--131437321	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
131442650--131442866	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
131442616--131442900	136	2.1	136	97	0	543	31	25	18	24	1.97
131442907--131442954	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
131444686--131444795	26	4.2	26	91	0	166	38	23	5	32	1.78
131448761--131448805	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
131465547--131465583	19	2.0	18	89	5	56	27	0	10	62	1.28
131468860--131469126	46	5.8	46	90	0	417	39	13	24	22	1.90
131468859--131469126	93	2.9	92	89	2	430	39	13	24	22	1.91
131468874--131469126	139	1.8	139	97	0	479	39	14	24	21	1.91
131469694--131469741	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
131469690--131469745	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
131469690--131469741	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131469902--131469950	25	2.0	25	91	0	80	51	6	8	34	1.57
131469905--131469995	25	3.9	22	79	8	74	52	4	6	36	1.47
131469972--131469997	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131470027--131470072	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
131470559--131470733	30	5.8	30	88	1	228	20	4	48	27	1.68
131471482--131471544	14	4.5	14	82	7	74	61	4	12	20	1.49
131471501--131471544	13	3.3	13	84	6	61	63	6	13	15	1.49
131471567--131471847	77	3.7	77	89	4	396	35	19	18	27	1.95
131471791--131471901	54	2.1	54	87	0	159	41	15	12	30	1.84
131471988--131472022	17	2.1	17	89	5	54	65	5	17	11	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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