genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  222  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69180133--69180173	18	2.3	18	86	0	55	41	0	12	46	1.41
69184743--69184808	20	3.3	21	76	4	57	12	25	22	39	1.89
69192396--69192614	40	5.5	40	91	3	343	25	28	24	21	1.99
69198347--69198390	22	2.0	22	91	4	72	11	25	45	18	1.82
69204295--69204395	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69204412--69204484	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
69212008--69212108	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69212125--69212197	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
69214375--69214560	40	4.7	40	80	2	185	25	26	22	25	2.00
69214375--69214596	80	2.8	80	83	2	214	24	27	22	26	2.00
69221688--69221873	40	4.7	40	80	2	185	25	26	22	25	2.00
69221724--69221909	80	2.3	80	84	5	241	24	26	22	27	2.00
69226007--69226244	47	5.1	47	91	1	343	34	9	28	26	1.88
69226054--69226179	25	5.3	25	66	24	101	34	10	26	28	1.89
69226079--69226201	22	5.3	22	66	25	67	34	11	28	26	1.91
69226218--69226400	46	4.0	46	89	0	267	34	9	31	24	1.87
69231688--69231723	18	2.0	18	94	0	63	36	16	19	27	1.93
69247166--69247373	40	5.2	40	84	2	249	25	21	26	26	1.99
69254423--69254453	6	5.3	6	92	7	55	29	0	0	70	0.87
69254423--69254453	11	2.7	12	95	5	55	29	0	0	70	0.87
69256018--69256188	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
69256010--69256190	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69258100--69258188	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
69258100--69258179	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
69258111--69258188	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
69261097--69261271	46	3.8	46	81	11	232	28	29	21	20	1.98
69261105--69261272	92	1.8	92	96	0	309	27	29	21	20	1.98
69268843--69268885	21	2.0	21	81	0	50	13	23	23	39	1.90
69268957--69268999	22	2.0	22	86	4	61	30	11	16	41	1.83
69271895--69272070	40	4.5	39	86	5	212	26	28	21	23	1.99
69273334--69273374	20	2.2	20	86	8	59	17	24	0	58	1.38
69275138--69275319	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
69275138--69275319	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
69283126--69283336	39	5.4	39	86	3	266	25	27	22	24	2.00
69283142--69283336	79	2.5	78	88	5	270	26	27	23	23	2.00
69287373--69287536	40	4.2	40	83	6	192	21	28	18	31	1.97
69290088--69290197	36	3.2	36	60	19	88	34	19	3	42	1.68
69290089--69290224	68	2.0	67	98	1	263	33	19	2	44	1.66
69290925--69291096	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	19	1.98
69290926--69291098	46	3.7	46	80	4	204	27	30	21	20	1.98
69292718--69292770	25	2.1	25	100	0	106	35	13	11	39	1.80
69294469--69294759	50	5.8	50	81	3	316	26	16	26	30	1.97
69294518--69294704	101	1.9	101	90	0	302	26	18	26	28	1.98
69296752--69296784	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69296787--69296821	11	3.3	11	84	8	54	80	2	0	17	0.84
69296790--69296819	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
69303902--69304043	40	3.6	40	92	2	225	26	26	23	23	2.00
69306489--69306521	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
69314916--69315066	43	3.5	43	80	7	155	32	23	15	28	1.95
69319187--69319221	18	2.0	18	88	5	54	20	11	11	57	1.64
69326569--69326784	40	5.4	40	87	2	267	23	21	29	25	1.99
69330605--69330755	39	3.8	39	79	11	137	25	21	27	25	1.99
69330605--69330796	40	4.8	40	78	10	189	24	21	27	26	1.99
69337703--69337879	40	4.5	40	85	2	225	23	23	28	24	2.00
69342211--69342373	43	3.9	43	83	5	194	22	16	30	30	1.96
69345695--69345796	34	3.0	34	97	0	186	33	9	19	37	1.85
69357310--69357371	27	2.3	27	80	5	63	41	0	4	53	1.22
69358529--69358593	31	2.2	29	83	5	76	50	10	6	32	1.62
69362267--69362301	15	2.3	15	95	0	61	14	0	31	54	1.40
69364865--69364909	18	2.5	18	82	7	56	42	6	40	11	1.67
69366574--69366717	46	3.1	44	74	16	125	29	28	20	22	1.98
69374070--69374213	46	3.1	44	75	15	132	29	29	20	21	1.98
69374618--69374677	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
69385589--69385796	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
69385615--69385796	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
69393636--69393843	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69393662--69393843	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
69404219--69404316	50	2.0	50	91	0	160	44	14	6	34	1.70
69416734--69416767	14	2.5	13	86	13	50	38	0	2	58	1.13
69419729--69419912	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
69419769--69419957	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
69426965--69426995	14	2.2	14	94	0	53	58	0	3	38	1.15
69426954--69426995	14	2.9	15	82	10	52	57	2	2	38	1.25
69427474--69427644	84	2.0	84	96	0	315	42	16	9	31	1.81
69428525--69428591	29	2.3	29	71	2	71	43	2	25	28	1.69
69429055--69429187	48	2.8	48	81	8	148	19	17	30	33	1.95
69433266--69433360	29	3.3	29	83	1	120	30	28	13	27	1.94
69435040--69435073	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
69436326--69436428	28	3.7	28	90	0	143	25	33	15	26	1.95
69438935--69438983	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69439804--69439954	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
69439840--69439970	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
69446946--69446994	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69447810--69447960	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
69455900--69455956	27	2.1	28	87	9	82	43	8	5	42	1.58
69456451--69456493	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
69457419--69457492	37	2.0	37	89	0	112	47	13	29	9	1.74
69458878--69458976	7	14.0	7	71	19	73	63	3	1	32	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69458873--69458976	45	2.5	43	84	9	126	63	2	0	32	1.16
69458907--69458976	3	21.3	3	74	25	54	65	1	1	31	1.10
69458904--69458965	18	3.4	18	77	20	67	64	1	1	32	1.13
69458907--69458976	24	3.2	20	80	20	70	65	1	1	31	1.10
69458892--69458966	24	3.0	27	81	18	99	64	2	1	32	1.16
69458904--69458986	25	3.3	26	82	12	95	65	1	2	31	1.13
69458890--69459032	14	10.5	14	66	23	58	61	2	2	33	1.22
69463028--69463063	6	6.0	6	86	0	54	33	0	66	0	0.92
69468103--69468220	47	2.5	47	91	0	182	38	12	22	26	1.90
69468199--69468382	54	3.4	54	78	5	201	38	16	22	22	1.93
69468199--69468406	54	3.9	54	77	6	179	38	15	23	22	1.92
69475561--69475661	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69483516--69483616	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69489952--69490052	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
69492503--69492644	54	2.5	57	83	6	184	29	17	19	33	1.95
69493229--69493272	22	2.0	22	90	0	70	38	2	4	54	1.33
69516470--69516504	13	2.7	13	90	0	61	11	34	34	20	1.88
69521502--69521651	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
69521541--69521667	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
69529462--69529611	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
69529501--69529627	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
69534188--69534455	49	5.7	47	74	15	164	22	30	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69534290--69534462	44	3.8	46	83	8	167	24	31	18	25	1.97
69534189--69534459	93	2.9	95	74	10	261	22	30	19	27	1.98
69536013--69536197	67	2.8	68	81	4	223	21	23	17	37	1.94
69541471--69541557	42	2.1	42	85	8	115	24	27	20	27	1.99
69542178--69542499	40	8.1	40	83	0	383	32	15	30	21	1.94
69542193--69542297	20	5.2	20	65	17	65	25	17	36	20	1.94
69545231--69545408	40	4.5	40	90	2	252	25	27	23	23	2.00
69548468--69548999	47	11.3	47	95	0	850	33	9	29	27	1.88
69548802--69548924	22	5.3	22	62	18	61	33	12	29	25	1.92
69548871--69548949	25	3.3	25	67	16	76	34	6	29	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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