genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  233  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72495163--72495192	14	2.2	13	94	5	51	56	13	3	26	1.52
72498248--72498355	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
72504105--72504235	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
72509004--72509211	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
72509006--72509211	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
72518154--72518188	6	5.8	6	100	0	70	14	0	0	85	0.59
72524006--72524193	50	3.8	47	72	12	146	29	26	17	27	1.98
72524016--72524198	101	1.8	100	85	5	262	28	26	18	26	1.98
72526520--72526583	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72526775--72526979	23	9.0	24	86	10	281	28	21	21	27	1.99
72526775--72526979	47	4.5	47	87	10	284	28	21	21	27	1.99
72526807--72526979	89	2.0	87	93	4	294	28	20	22	27	1.99
72527038--72527094	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
72527026--72527096	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
72527031--72527085	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
72528416--72528755	27	12.6	27	86	2	441	39	9	23	28	1.85
72531520--72531583	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
72531671--72531861	23	8.2	24	90	4	295	30	20	19	28	1.97
72531671--72531861	47	4.1	47	93	1	314	30	20	19	28	1.97
72531671--72531860	70	2.7	70	89	7	289	31	20	20	28	1.97
72531920--72531976	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
72531908--72531978	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72531913--72531967	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
72532015--72532062	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
72533301--72533641	27	12.6	27	86	6	404	39	9	23	27	1.85
72533302--72533641	81	4.2	82	87	3	465	39	9	23	27	1.85
72548474--72548655	51	3.6	51	76	4	224	27	22	20	29	1.99
72548427--72548708	101	2.8	101	88	0	422	29	24	19	27	1.98
72548376--72548759	50	7.6	50	76	3	333	30	24	17	27	1.97
72550056--72550232	46	3.8	46	76	12	191	22	19	27	31	1.97
72550053--72550224	93	1.8	93	92	2	292	22	19	27	30	1.98
72554109--72554244	40	3.4	40	80	12	145	26	16	28	28	1.97
72556188--72556233	24	1.9	24	86	0	65	39	15	19	26	1.91
72556283--72556355	27	2.8	26	78	14	78	35	20	24	19	1.95
72556793--72556833	21	2.0	21	90	0	64	36	19	0	43	1.51
72567873--72567918	23	2.0	23	95	0	83	19	26	15	39	1.91
72569107--72569234	48	2.7	48	86	0	157	26	25	21	26	2.00
72582342--72582501	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
72597106--72597296	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72597146--72597296	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72605135--72605325	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72605175--72605325	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72617533--72617584	26	2.0	26	100	0	104	15	34	26	23	1.94
72619704--72619823	42	2.8	41	73	9	107	22	17	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72622476--72623848	687	2.0	687	97	0	2602	27	12	18	41	1.87
72625708--72625839	52	2.6	51	79	2	149	25	15	26	33	1.95
72625708--72625896	50	3.7	50	78	2	171	24	16	25	32	1.96
72625867--72625989	51	2.4	51	81	8	135	28	16	26	28	1.97
72630807--72630926	43	2.8	43	78	10	131	25	18	25	31	1.97
72633359--72633459	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
72641319--72641419	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
72644021--72644064	22	2.0	22	95	0	79	45	18	6	29	1.75
72646255--72646500	40	6.2	40	87	3	307	22	27	23	26	2.00
72648236--72648406	93	1.8	93	87	5	256	28	20	23	27	1.99
72648175--72648417	48	5.1	47	72	13	185	25	20	25	28	1.99
72650659--72650915	40	6.5	40	87	4	326	25	27	22	24	2.00
72658796--72659011	40	5.4	40	90	3	305	25	28	23	23	2.00
72666988--72667051	25	2.6	25	95	5	112	32	12	34	20	1.90
72668207--72668318	7	15.7	7	71	14	68	37	41	0	21	1.53
72668361--72668454	46	2.0	46	89	0	143	43	24	3	28	1.69
72668634--72668751	41	2.9	40	87	2	146	16	22	22	38	1.93
72668626--72668783	41	3.9	41	84	2	133	18	20	22	39	1.93
72669969--72670127	69	2.3	69	88	0	246	30	15	26	28	1.96
72675478--72675502	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
72678672--72678705	16	2.1	17	88	5	52	41	0	0	58	0.98
72682255--72682321	33	2.0	34	94	2	118	37	8	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72682465--72682515	17	3.0	17	82	5	68	54	3	1	39	1.30
72686316--72686393	39	2.0	39	97	0	147	28	23	14	34	1.93
72689829--72689984	30	5.3	30	68	8	104	35	10	25	28	1.89
72689967--72690024	30	1.9	30	82	0	71	39	10	25	24	1.87
72700353--72700423	30	2.4	30	83	4	81	43	5	1	49	1.35
72707758--72707916	79	2.0	79	97	0	300	28	14	12	44	1.82
72710044--72710084	20	2.0	20	95	0	73	46	17	0	36	1.48
72710266--72710290	13	1.9	13	100	0	50	52	32	0	16	1.44
72715270--72715460	40	4.8	40	84	0	220	26	22	26	24	2.00
72715269--72715488	80	2.7	80	81	2	235	26	23	25	24	2.00
72715270--72715502	40	5.8	39	78	10	186	27	23	26	23	2.00
72715270--72715488	120	1.8	121	81	6	275	26	23	26	23	2.00
72723184--72723349	47	3.6	43	76	12	138	25	19	28	26	1.98
72723093--72723397	94	3.3	93	77	8	273	27	20	28	22	1.99
72730716--72730889	44	3.7	45	75	15	149	27	18	28	25	1.98
72747770--72747799	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72767479--72767533	29	1.9	29	92	3	94	20	38	21	20	1.94
72781770--72781824	15	3.7	14	83	9	65	61	18	7	12	1.53
72792458--72792497	18	2.2	18	100	0	80	35	5	27	32	1.79
72794913--72795088	46	3.8	45	78	12	187	20	17	28	32	1.96
72794910--72795081	93	1.8	93	91	0	281	20	18	29	31	1.96
72796809--72796958	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72796833--72797016	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
72801251--72801400	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72801275--72801458	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
72809204--72809246	19	2.2	19	83	8	50	16	27	2	53	1.55
72813769--72813804	8	4.5	8	92	0	54	44	19	22	13	1.86
72814051--72814132	29	2.9	29	79	1	94	28	12	28	31	1.92
72816519--72816543	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
72816832--72816973	43	3.3	42	77	6	126	27	19	25	27	1.99
72821530--72821562	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
72822051--72822158	41	2.6	42	82	5	121	20	29	22	27	1.98
72831024--72831360	49	6.9	49	95	0	595	32	8	28	29	1.88
72831447--72831537	37	2.4	37	94	1	155	23	17	32	26	1.96
72833357--72833668	40	7.8	40	95	0	543	24	19	28	26	1.99
72834412--72834517	41	2.6	41	78	10	110	27	24	24	23	2.00
72837395--72837726	49	6.9	49	95	1	584	32	9	29	29	1.88
72837821--72837903	37	2.2	37	97	0	157	24	18	34	22	1.96
72840409--72840695	27	10.6	27	85	0	376	39	20	8	31	1.83
72840409--72840748	81	4.2	80	80	5	317	38	20	9	31	1.84
72840409--72840804	27	14.7	27	76	7	261	37	21	9	31	1.85
72840795--72841013	27	7.8	27	83	8	249	37	16	20	24	1.93
72840814--72840891	35	2.2	35	83	0	102	43	17	16	21	1.88
72840853--72841017	27	6.1	27	92	0	258	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72841521--72841623	6	16.8	6	74	11	84	19	17	12	50	1.77
72841521--72841623	49	2.1	49	87	0	143	19	17	12	50	1.77
72842651--72842683	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
72843209--72843339	45	3.0	45	85	6	164	26	30	19	23	1.98
72849523--72849580	17	3.4	17	85	0	80	17	29	34	18	1.94
72849914--72849989	20	3.8	20	94	0	125	35	13	19	31	1.90
72850042--72850150	26	4.3	26	90	6	156	28	19	22	29	1.98
72857915--72857962	25	1.9	25	82	0	60	35	22	10	31	1.88
72857980--72858015	18	2.1	17	90	10	56	30	5	27	36	1.80
72858008--72858103	20	4.8	20	94	0	156	37	13	18	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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