genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  247  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76987656--76987776	20	6.0	20	67	16	63	12	25	19	42	1.87
76987656--76987745	40	2.2	40	76	7	94	11	26	20	42	1.85
76988701--76988754	24	2.2	24	93	0	90	31	24	11	33	1.90
76992445--76992514	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
76992522--76992628	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
76993863--76993892	11	2.9	10	90	9	51	0	13	0	86	0.57
76994629--76994831	40	5.1	40	82	8	220	24	21	28	26	1.99
76994629--76994810	79	2.3	80	83	8	221	24	21	28	26	1.99
76994630--76994845	79	2.7	78	79	12	210	25	20	27	25	1.99
77001020--77001161	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
77001059--77001187	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
77009035--77009185	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
77009075--77009201	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
77010815--77010886	35	2.1	35	89	0	108	37	11	25	26	1.89
77015996--77016067	35	2.1	35	89	5	110	37	12	23	26	1.90
77016130--77016181	23	2.2	24	80	16	65	26	13	17	42	1.86
77017418--77017479	30	2.1	29	84	3	79	46	20	9	22	1.80
77026941--77026970	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77029997--77030047	23	2.2	23	82	6	59	41	13	9	35	1.78
77030357--77030392	16	2.2	17	90	5	56	30	13	19	36	1.91
77034390--77034444	27	2.0	27	100	0	110	29	10	25	34	1.90
77035765--77035828	32	2.0	32	100	0	128	40	12	9	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77050577--77050744	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
77064096--77064262	40	4.2	40	80	6	169	25	22	26	24	2.00
77068264--77068444	78	2.3	81	83	6	237	24	22	28	25	1.99
77068263--77068446	40	4.7	40	84	8	234	23	21	28	26	1.99
77071586--77071810	124	1.8	124	85	1	317	31	11	24	33	1.90
77071808--77071918	40	2.8	41	86	9	142	22	27	29	20	1.99
77079508--77079689	39	4.6	39	88	0	238	21	30	23	24	1.99
77079538--77079689	39	3.9	39	92	0	241	22	30	22	24	1.99
77081694--77081794	32	3.2	32	77	2	96	31	22	20	24	1.98
77081863--77081927	22	3.0	22	76	0	67	30	20	26	23	1.98
77082306--77082357	27	1.9	27	88	0	77	26	25	19	28	1.98
77082342--77082601	27	9.7	26	79	9	229	28	10	23	38	1.86
77082342--77082593	54	4.7	53	80	8	287	28	10	22	38	1.87
77082368--77082607	80	3.0	81	83	6	310	29	9	22	38	1.85
77085761--77086235	238	2.0	238	94	0	824	32	11	21	35	1.89
77092176--77092269	41	2.3	41	94	0	161	24	41	20	13	1.88
77095509--77095734	40	5.7	40	84	4	296	24	20	29	25	1.99
77095508--77095727	80	2.8	80	93	0	370	24	20	29	25	1.99
77106245--77106347	43	2.4	43	77	6	111	34	25	14	25	1.94
77114083--77114107	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
77119312--77119455	40	3.6	40	83	3	148	27	22	28	21	1.99
77119355--77119501	39	3.7	40	88	2	199	28	23	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77119355--77119501	79	1.9	79	84	2	197	28	23	29	19	1.98
77127388--77127536	40	3.7	40	89	0	208	28	24	29	18	1.98
77127345--77127552	40	5.2	40	77	6	179	25	22	29	22	1.99
77127347--77127552	80	2.6	79	75	6	198	25	22	29	22	1.99
77131057--77131098	21	2.0	21	100	0	84	38	23	0	38	1.55
77134809--77134839	13	2.4	13	94	0	53	19	32	25	22	1.97
77136154--77136327	43	4.1	44	78	13	184	23	17	25	33	1.96
77136154--77136327	42	4.1	43	77	12	178	23	17	25	33	1.96
77141833--77141915	40	2.1	40	100	0	166	34	15	14	34	1.88
77143796--77143952	43	3.7	42	75	12	149	26	17	22	33	1.96
77153783--77153855	29	2.5	29	100	0	146	26	15	31	27	1.95
77161834--77161915	28	2.9	29	88	3	130	25	14	31	28	1.95
77168766--77169015	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
77170913--77170956	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
77178368--77178552	40	4.6	40	88	4	275	22	22	28	26	1.99
77178364--77178552	80	2.4	80	91	3	310	23	22	27	26	1.99
77178364--77178575	80	2.7	80	86	7	299	25	21	26	26	1.99
77178810--77178853	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
77179763--77179987	40	5.6	40	89	3	337	23	23	27	26	2.00
77179763--77179994	120	1.9	120	91	3	378	23	22	27	25	2.00
77182319--77182475	49	3.2	49	80	5	190	24	19	26	30	1.98
77183681--77183798	23	5.0	24	89	9	172	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77183856--77183930	9	7.9	9	77	11	78	36	21	8	34	1.83
77183855--77183931	19	4.0	19	91	1	127	35	20	10	33	1.87
77183856--77183930	5	15.6	5	72	18	61	36	21	8	34	1.83
77183969--77184016	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77191794--77191842	23	2.1	23	96	0	89	30	20	18	30	1.96
77191899--77191976	9	8.1	9	75	13	75	35	20	8	34	1.84
77191901--77191976	5	15.6	5	74	15	61	35	21	9	34	1.85
77191901--77191978	20	4.0	20	94	1	140	34	20	10	34	1.87
77191910--77191967	11	5.7	11	71	17	54	32	20	12	34	1.90
77192015--77192062	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
77205059--77205122	27	2.4	27	84	7	78	17	23	23	35	1.95
77207780--77207884	53	2.0	53	96	0	192	27	13	23	35	1.92
77208443--77208479	12	3.2	12	85	14	60	35	8	16	40	1.78
77217591--77217650	21	3.0	21	80	9	72	10	26	0	63	1.26
77219943--77220005	27	2.3	29	81	10	71	49	12	9	28	1.72
77226958--77227027	35	2.0	35	83	8	90	22	8	14	54	1.67
77227024--77227154	50	2.6	49	76	10	149	38	12	11	37	1.80
77230944--77231006	33	1.9	33	86	0	90	23	22	26	26	2.00
77234898--77235829	518	1.8	515	81	4	1169	28	21	17	32	1.96
77236705--77236949	80	3.1	79	85	5	300	22	27	22	26	1.99
77236705--77236910	40	5.2	40	91	2	299	21	28	23	26	1.99
77236705--77236949	40	6.2	39	87	5	205	22	27	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77242213--77242262	25	2.0	25	100	0	100	28	40	16	16	1.89
77244824--77244961	39	3.6	39	82	10	153	22	26	22	28	1.99
77247016--77247086	35	2.0	35	100	0	142	39	11	19	29	1.87
77252566--77252736	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
77252566--77252789	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
77255431--77255517	28	3.1	28	88	0	120	33	9	27	29	1.88
77255440--77255537	28	3.5	28	84	2	117	34	10	25	29	1.89
77255659--77255695	16	2.3	16	100	0	74	21	24	24	29	1.99
77255712--77255793	43	1.9	42	85	2	110	23	21	30	24	1.99
77255771--77255873	39	2.6	40	75	3	100	27	16	30	26	1.97
77258920--77258958	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
77259166--77259295	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
77267225--77267316	25	3.8	25	84	8	111	30	27	19	22	1.98
77272371--77272447	37	2.1	36	88	7	111	16	11	5	66	1.41
77274393--77274471	39	2.0	39	100	0	158	46	17	5	30	1.70
77281628--77281659	14	2.2	15	94	5	57	25	0	18	56	1.42
77282828--77282913	43	2.0	43	84	8	113	25	19	27	26	1.99
77284504--77284578	25	3.0	25	75	9	82	36	4	8	52	1.50
77299609--77299714	26	4.1	26	90	0	158	33	8	22	35	1.85
77299609--77299714	52	2.0	52	92	0	176	33	8	22	35	1.85
77302651--77302753	51	2.0	51	88	0	152	33	17	6	41	1.76
77312193--77312260	33	2.1	33	100	0	136	27	20	8	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77318398--77318446	19	2.5	19	87	9	64	20	20	36	22	1.95
77318850--77318923	27	2.8	26	85	2	94	18	22	22	35	1.96
77324293--77324351	27	2.2	28	78	9	68	28	13	25	32	1.94
77333281--77333322	17	2.5	17	100	0	84	16	38	30	14	1.89
77347281--77347330	25	2.0	25	84	3	66	38	2	2	58	1.21
77349589--77349650	20	3.3	18	77	18	63	27	3	1	67	1.15
77349587--77349652	19	3.4	18	72	17	53	27	4	1	66	1.20
77350630--77350711	35	2.3	35	83	8	96	56	3	2	37	1.30
77351250--77351326	28	2.6	29	82	12	95	24	2	12	59	1.46
77353752--77353963	115	1.9	113	83	4	273	23	18	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433