genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.374.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  374  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117131873--117131917	20	2.3	19	84	3	54	20	6	4	68	1.29
117132012--117132221	14	14.9	14	67	9	68	39	34	2	23	1.68
117132012--117132075	29	2.2	29	86	2	85	40	31	1	26	1.65
117132125--117132159	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
117132119--117132206	21	4.1	21	72	10	70	44	30	0	25	1.54
117132646--117132930	155	1.8	156	86	0	410	32	18	20	28	1.96
117141457--117141647	39	4.9	39	94	0	319	21	31	23	24	1.98
117143656--117143680	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
117145899--117145952	11	5.4	10	78	12	58	35	9	18	37	1.83
117145999--117146068	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
117145998--117146081	25	3.4	25	82	12	95	29	23	22	23	1.99
117157118--117157274	53	2.9	54	83	1	190	30	22	7	39	1.82
117157118--117157247	27	4.9	27	85	1	163	28	23	7	40	1.82
117157225--117157582	27	13.2	27	75	8	217	39	20	8	30	1.84
117157106--117157288	80	2.3	81	75	1	197	33	22	7	36	1.83
117157225--117157583	54	6.6	54	75	7	271	39	20	8	30	1.83
117157239--117157473	81	2.9	80	88	3	337	41	21	8	29	1.81
117157615--117157706	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
117158509--117158657	26	5.8	26	90	0	230	26	23	22	26	2.00
117158509--117158657	52	2.9	52	95	2	266	26	23	22	26	2.00
117158802--117158893	42	2.2	42	90	0	139	28	14	21	35	1.92
117158917--117158995	31	2.5	31	93	0	140	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117161401--117161455	23	2.3	23	82	11	67	36	20	20	23	1.95
117163238--117163263	13	2.0	13	100	0	52	15	23	0	61	1.33
117164253--117164439	20	9.8	20	75	9	174	13	21	25	38	1.91
117164304--117164365	32	1.9	32	90	0	97	12	20	24	41	1.87
117164260--117164405	72	2.0	72	86	2	204	14	20	23	41	1.89
117164449--117164511	26	2.4	26	86	0	81	17	14	23	44	1.85
117174466--117174566	42	2.4	43	82	11	111	27	23	21	26	1.99
117187512--117187569	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
117190767--117190960	40	4.8	40	80	6	162	24	27	22	24	2.00
117192777--117192846	33	2.1	33	83	0	86	42	10	24	22	1.84
117195215--117195276	32	1.9	32	96	0	115	38	24	4	32	1.76
117196867--117196899	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
117196946--117197004	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
117196975--117197023	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
117196978--117197035	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
117211607--117211637	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
117213259--117213402	44	3.3	44	70	14	136	19	23	21	35	1.96
117213165--117213450	86	3.3	85	84	4	317	20	22	20	37	1.95
117213740--117214198	43	10.5	42	74	9	309	19	23	21	35	1.96
117213777--117214241	87	5.3	84	73	11	355	20	22	21	35	1.96
117226879--117226909	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
117231769--117231793	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117233257--117233298	17	2.5	17	84	7	59	26	2	4	66	1.23
117234572--117234596	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
117235120--117235211	45	2.1	45	89	2	141	46	13	13	27	1.79
117237382--117237406	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
117239087--117239168	26	3.2	26	96	0	155	31	7	25	35	1.84
117242173--117242293	65	1.9	63	86	10	174	25	4	15	53	1.62
117242643--117242675	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
117242722--117242780	21	2.8	22	85	7	70	25	0	5	69	1.09
117242751--117242810	26	2.4	25	86	10	88	31	0	1	66	1.01
117245169--117245265	48	2.0	48	100	0	194	47	22	8	21	1.77
117245937--117246055	58	2.0	59	98	1	231	56	18	11	13	1.67
117248762--117248830	23	2.9	23	81	12	77	78	2	4	14	1.03
117248779--117248808	7	4.4	7	91	8	53	86	0	0	13	0.57
117248762--117248830	6	11.3	6	81	6	68	78	2	4	14	1.03
117248762--117248824	13	5.1	12	75	16	58	79	3	3	14	0.98
117248757--117248830	11	6.7	11	78	10	71	78	4	4	13	1.04
117251037--117251088	20	2.6	21	84	9	72	13	40	26	19	1.88
117252138--117252237	46	2.1	48	88	9	150	38	26	13	23	1.91
117252764--117252792	15	1.9	15	100	0	58	34	24	0	41	1.55
117256162--117256205	16	2.7	16	85	3	52	68	4	0	27	1.09
117257182--117257332	29	5.2	29	79	4	171	21	17	10	50	1.76
117257176--117257332	57	2.7	58	83	4	203	21	18	10	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117257767--117258026	135	1.9	135	84	3	344	22	20	19	38	1.94
117258422--117258507	37	2.3	37	79	0	100	31	5	20	41	1.76
117259632--117259657	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
117262299--117262356	29	2.0	29	100	0	116	48	10	3	37	1.54
117271216--117271245	15	2.0	15	100	0	60	60	13	0	26	1.34
117272681--117272735	19	2.8	20	73	13	51	36	27	14	21	1.93
117277288--117277348	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
117281455--117281557	26	4.0	26	92	0	170	35	23	8	32	1.85
117286362--117286419	25	2.4	25	91	2	100	34	13	27	24	1.93
117287124--117287291	63	2.7	61	85	9	202	42	1	2	52	1.27
117287169--117287236	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
117287470--117287524	16	3.4	16	87	0	83	30	29	5	34	1.80
117289986--117290020	18	1.9	18	88	0	52	28	2	11	57	1.48
117290899--117290927	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
117313062--117313102	13	3.2	13	89	0	64	14	31	34	19	1.92
117315988--117316136	40	3.7	40	83	4	183	26	22	24	25	2.00
117315992--117316168	80	2.2	81	80	3	205	28	22	24	24	2.00
117324022--117324200	40	4.5	40	83	6	204	25	24	26	24	2.00
117324024--117324200	79	2.2	81	84	6	220	25	24	26	23	2.00
117324145--117324226	39	2.1	39	81	0	92	25	28	26	19	1.99
117332056--117332192	40	3.4	40	80	3	159	27	22	22	27	1.99
117332048--117332224	80	2.2	81	81	3	214	28	22	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117332080--117332264	80	2.3	80	77	4	176	31	23	21	23	1.98
117339400--117339442	12	3.5	12	76	17	52	39	30	2	27	1.69
117339395--117339442	25	1.9	25	100	0	96	39	29	4	27	1.75
117342887--117342915	12	2.4	12	100	0	58	37	0	20	41	1.53
117351196--117351239	22	1.9	24	90	9	74	22	20	0	56	1.42
117351630--117351704	29	2.8	26	79	18	82	52	4	0	44	1.20
117356066--117356138	35	2.1	35	92	0	119	36	6	19	36	1.78
117357310--117357358	13	3.7	13	78	5	53	71	0	6	22	1.08
117360354--117360497	78	1.8	78	88	2	218	39	15	13	31	1.86
117363889--117363961	14	5.2	14	74	0	65	24	13	8	53	1.67
117366346--117366370	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
117375999--117376034	17	2.0	19	89	10	58	33	11	11	44	1.75
117381919--117381956	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
117381973--117382006	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
117382812--117382885	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
117384543--117384582	21	2.0	21	85	5	55	42	2	0	55	1.13
117386579--117386621	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
117386964--117387129	22	7.0	23	70	16	81	60	2	7	28	1.37
117387038--117387103	22	2.8	24	86	6	82	60	1	9	28	1.36
117387048--117387174	26	5.2	24	78	11	84	59	3	7	29	1.44
117388768--117389013	45	5.5	45	75	8	180	26	19	19	34	1.96
117388936--117389042	45	2.4	45	82	3	128	27	28	14	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117396705--117396753	11	4.5	11	76	20	50	14	0	4	81	0.83
117396707--117396747	11	3.7	11	87	9	57	12	0	4	82	0.81
117399861--117399947	43	2.0	43	97	0	165	29	29	16	24	1.96
117400709--117400778	33	2.1	33	89	0	104	35	12	35	15	1.86
117406154--117406305	43	3.6	42	84	5	191	32	28	16	22	1.96
117410522--117410602	8	9.9	8	75	19	69	30	0	3	65	1.10
117410515--117410576	15	4.1	15	80	0	70	32	0	1	66	1.02
117410525--117410576	7	7.0	7	79	12	59	28	0	1	69	0.99
117411211--117411257	21	2.2	21	92	0	76	44	31	4	19	1.70
117411447--117411487	21	2.0	21	85	0	55	53	31	0	14	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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