genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.370.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  370  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116028804--116028842	21	1.9	19	85	10	51	33	10	5	51	1.58
116029384--116029718	48	6.9	48	79	2	305	24	28	19	27	1.99
116029387--116029715	144	2.3	145	81	5	362	24	28	19	27	1.99
116036196--116036229	17	2.0	17	88	11	52	52	5	8	32	1.56
116042583--116042621	18	2.2	18	100	0	78	23	10	51	15	1.73
116045028--116045163	26	5.2	26	98	0	236	33	5	24	36	1.78
116046600--116046675	26	2.8	26	86	4	89	34	19	14	31	1.92
116046778--116046942	27	6.2	26	83	7	197	17	23	23	35	1.95
116046778--116046942	54	3.1	54	89	5	255	17	23	23	35	1.95
116047005--116047044	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
116051880--116052039	26	6.2	25	95	3	266	34	5	24	36	1.77
116051880--116052039	51	3.1	51	96	0	284	34	5	24	36	1.77
116053652--116053817	27	6.2	26	85	6	215	17	24	22	36	1.95
116053652--116053817	54	3.1	54	92	2	273	17	24	22	36	1.95
116053879--116053918	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
116054721--116054838	45	2.7	45	88	2	168	32	28	17	21	1.96
116057398--116057426	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
116059571--116059614	21	2.1	21	91	0	70	50	29	9	11	1.69
116060509--116060555	24	2.0	24	91	0	76	36	2	6	55	1.37
116061029--116061055	13	2.1	13	100	0	54	14	22	7	55	1.64
116061552--116061657	53	2.0	53	98	0	203	35	19	5	38	1.76
116067616--116067654	20	2.0	20	85	10	53	51	2	5	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116070165--116070202	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
116073622--116073651	12	2.5	12	94	0	51	70	3	0	26	1.03
116076761--116076811	26	2.0	26	81	11	61	47	11	13	27	1.78
116079235--116079386	24	6.4	24	78	6	112	21	9	35	34	1.85
116079248--116079307	22	2.7	22	80	14	61	23	6	30	40	1.80
116079400--116079555	48	3.3	48	81	4	165	20	8	35	34	1.84
116079401--116079555	24	6.5	24	78	1	141	20	9	36	34	1.84
116079857--116079886	15	2.0	15	93	0	51	30	6	6	56	1.51
116080244--116080359	46	2.5	46	76	2	117	31	18	12	37	1.88
116080302--116080346	23	2.0	23	82	8	56	33	15	8	42	1.78
116091392--116091505	41	2.8	41	86	1	167	21	26	14	37	1.92
116093025--116093085	4	14.8	4	77	6	50	16	3	4	75	1.11
116093046--116093087	16	2.5	17	92	3	68	14	4	0	80	0.86
116094970--116095040	10	7.5	10	75	15	62	32	1	1	64	1.11
116094979--116095041	19	3.5	17	75	16	56	31	1	1	65	1.12
116106810--116106879	30	2.5	30	81	11	85	34	8	4	52	1.51
116112210--116112254	21	2.1	21	87	0	63	40	22	22	15	1.91
116122118--116122245	23	5.4	24	90	7	208	28	22	20	28	1.98
116122125--116122245	48	2.6	47	94	3	217	28	21	20	28	1.98
116122303--116122379	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
116122299--116122381	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
116122299--116122370	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116126909--116126933	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
116127323--116127423	40	2.5	40	91	0	157	21	18	28	30	1.97
116132552--116132606	17	3.2	19	80	12	57	23	5	5	65	1.35
116132555--116132608	27	2.0	26	82	10	65	22	7	5	64	1.40
116132700--116132774	37	2.0	37	100	0	150	21	18	21	38	1.93
116134174--116134236	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
116134449--116134593	47	3.1	47	89	2	227	29	21	20	28	1.98
116134442--116134594	71	2.1	72	92	2	254	28	22	19	29	1.98
116134442--116134594	24	6.4	24	92	2	236	28	22	19	29	1.98
116134644--116134710	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
116134750--116134797	25	1.9	25	91	0	78	27	12	25	35	1.92
116142326--116142385	31	1.9	31	93	0	102	25	25	16	33	1.96
116142594--116142700	24	4.4	24	92	1	160	27	21	20	30	1.98
116142749--116142815	20	3.3	20	85	8	100	32	19	13	34	1.91
116145332--116145398	32	2.1	32	97	0	125	40	5	14	38	1.71
116148132--116148172	17	2.5	17	80	7	50	9	14	4	70	1.30
116152443--116152479	17	2.1	18	90	5	58	37	29	0	32	1.58
116154132--116154253	44	2.8	44	83	0	145	42	19	13	24	1.87
116158982--116159017	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
116158969--116159009	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
116159630--116159676	15	3.1	15	78	0	58	48	10	2	38	1.50
116160519--116160557	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116160522--116160565	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
116168306--116168420	57	2.0	57	100	0	230	36	13	12	37	1.83
116176725--116176784	29	2.1	29	100	0	120	45	13	13	28	1.81
116187299--116187436	40	3.6	39	69	15	108	33	18	21	26	1.96
116187306--116187470	75	2.2	75	84	2	215	34	18	20	26	1.96
116187414--116187531	34	3.5	32	75	12	101	30	22	22	24	1.99
116188489--116188520	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
116188812--116188855	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
116190012--116190094	25	3.3	25	82	0	94	24	30	18	27	1.98
116192124--116192159	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
116194927--116194996	37	1.9	36	82	8	88	44	2	1	51	1.25
116196848--116196875	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
116212795--116212893	39	2.6	38	88	1	144	50	8	3	38	1.47
116214380--116214439	30	2.0	30	93	0	102	38	10	26	25	1.87
116219454--116219521	33	2.1	33	94	0	118	32	17	11	38	1.86
116222717--116222765	26	2.0	24	84	11	64	63	2	2	32	1.17
116225771--116225824	27	2.0	27	88	0	81	37	14	5	42	1.69
116227049--116227122	36	2.1	36	100	0	148	12	22	8	56	1.61
116230721--116230838	40	3.0	40	93	0	200	44	29	14	11	1.79
116232754--116232842	33	2.7	33	83	0	115	19	22	12	46	1.83
116234523--116234650	40	3.2	40	84	4	161	25	27	23	24	2.00
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116244016--116244182	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
116245007--116245052	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
116249666--116249833	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
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116252657--116252819	82	2.0	81	98	1	317	34	15	19	29	1.93
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116267354--116267536	63	2.8	64	76	9	185	30	16	29	23	1.97
116267387--116267514	66	1.9	65	84	6	168	32	17	29	21	1.96
116269540--116269671	49	2.7	49	86	3	176	21	29	22	25	1.99
116269732--116269901	94	1.8	92	83	6	225	22	28	18	29	1.98
116269779--116269901	48	2.6	48	83	5	144	23	27	19	29	1.98
116279505--116279546	21	1.9	22	85	9	59	76	2	4	16	1.07
116281166--116281213	5	9.0	5	78	13	51	75	2	4	18	1.07
116281136--116281218	27	3.1	26	78	13	71	71	2	8	18	1.23
116284931--116284975	22	2.0	23	86	8	65	68	2	6	22	1.24
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116317021--116317190	40	4.2	40	84	1	216	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116317021--116317228	40	5.2	39	81	6	188	25	25	22	25	2.00
116325539--116325708	40	4.2	40	83	1	207	25	26	22	25	2.00
116325539--116325746	40	5.2	39	79	6	179	25	25	22	26	2.00
116327642--116327900	44	6.0	43	85	7	344	29	21	28	21	1.98
116327642--116327900	87	3.0	86	85	7	346	29	21	28	21	1.98
116328726--116328754	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
116328920--116328958	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
116333582--116333626	20	2.3	20	84	3	56	31	17	24	26	1.97
116337135--116337324	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
116337135--116337297	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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