genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  72  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20839486--20839541	21	2.7	22	84	13	66	55	5	8	30	1.53
20842069--20842253	40	4.7	40	83	7	225	24	21	27	26	1.99
20842069--20842251	79	2.3	81	83	7	223	24	21	27	26	2.00
20842103--20842286	79	2.3	77	79	10	192	27	20	26	26	1.99
20845494--20845527	17	2.1	16	89	10	52	55	5	2	35	1.39
20845945--20845982	20	2.0	19	85	10	51	28	13	23	34	1.92
20857906--20857949	14	3.0	14	80	6	52	47	0	6	45	1.29
20862417--20862544	45	2.9	44	88	2	186	23	21	28	26	1.99
20866351--20866375	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
20867601--20867644	23	1.9	23	85	0	61	50	27	6	15	1.70
20868343--20868505	42	3.8	43	80	8	170	33	23	17	25	1.97
20868351--20868512	86	1.9	85	84	3	218	33	23	17	25	1.96
20868343--20868512	43	4.0	42	80	6	153	33	24	17	25	1.96
20872719--20872941	67	3.4	66	87	6	303	30	17	29	22	1.97
20881614--20881764	67	2.2	67	81	9	173	32	17	28	21	1.96
20881638--20881822	67	2.8	64	77	9	196	29	17	29	23	1.97
20886106--20886328	67	3.4	66	87	6	303	30	17	29	22	1.97
20889057--20889420	27	13.5	27	83	3	403	30	10	20	39	1.86
20889720--20889800	28	2.9	28	84	1	99	23	34	14	27	1.94
20894709--20894893	43	4.3	43	84	4	230	32	23	15	28	1.95
20894460--20894762	56	5.4	56	88	2	439	34	24	12	28	1.92
20894736--20894894	86	1.8	86	90	2	257	30	23	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20896730--20896781	27	1.9	27	88	0	77	32	17	15	34	1.91
20898751--20898958	40	5.2	40	87	1	276	23	21	28	26	1.99
20898747--20898958	80	2.7	80	89	2	320	24	21	27	26	1.99
20900751--20900792	18	2.3	19	88	8	61	21	0	14	64	1.29
20902225--20902410	92	2.0	92	97	0	354	35	20	12	31	1.90
20903800--20903861	22	2.8	23	80	7	65	30	22	24	22	1.99
20904004--20904083	41	2.0	41	92	0	133	26	28	22	22	1.99
20904347--20904747	27	14.9	27	77	2	295	29	9	19	40	1.84
20904517--20904723	107	1.9	107	83	1	263	27	9	22	41	1.84
20904354--20904722	134	2.7	134	78	4	332	28	8	20	42	1.81
20905847--20905959	44	2.7	41	77	9	109	33	23	16	25	1.96
20911170--20911207	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
20919587--20919735	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
20919628--20919735	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
20927703--20927851	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
20927744--20927851	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
20930604--20930641	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
20932953--20933031	32	2.5	32	86	8	108	26	29	21	22	1.99
20933461--20933524	19	3.4	19	86	2	94	25	37	21	15	1.93
20935925--20935953	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
20937225--20937571	43	8.1	43	86	2	430	27	15	28	28	1.96
20943267--20943295	15	1.9	15	100	0	58	31	0	34	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20946650--20946682	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
20949602--20949671	17	3.9	18	80	12	56	78	0	7	14	0.95
20949602--20949667	12	5.6	11	77	13	53	78	0	6	15	0.93
20949612--20949668	6	9.5	6	79	7	62	82	0	5	12	0.82
20949622--20949677	8	6.2	9	74	15	53	83	0	5	10	0.78
20949625--20949679	9	6.1	9	80	19	62	81	0	7	10	0.86
20956664--20956718	27	2.0	27	100	0	110	45	14	0	40	1.45
20958501--20958688	23	8.1	23	94	0	286	30	19	21	28	1.98
20958735--20958805	20	3.5	20	90	0	115	30	22	11	35	1.89
20958842--20958889	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
20960047--20960124	27	2.9	26	78	14	86	20	20	21	37	1.95
20960142--20960394	27	9.3	27	76	5	195	32	9	20	37	1.84
20960225--20960379	81	1.9	81	86	2	222	30	8	20	40	1.82
20960173--20960380	54	3.8	55	82	3	215	31	8	19	41	1.80
20960292--20960451	54	3.0	54	80	1	142	38	8	19	33	1.83
20960245--20960421	81	2.2	81	76	4	185	33	7	21	36	1.83
20960373--20960508	27	5.0	27	88	0	182	39	9	22	27	1.85
20960462--20960543	38	2.2	38	86	0	110	37	7	31	23	1.82
20960500--20960567	27	2.5	27	87	0	91	36	5	30	26	1.80
20960573--20960635	27	2.3	27	86	5	83	33	11	15	39	1.83
20960573--20960650	27	2.9	27	83	7	79	35	10	15	38	1.81
20965161--20965230	34	2.1	34	94	0	122	34	24	4	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20971230--20971264	16	2.1	17	89	5	54	37	0	17	45	1.48
20974458--20974569	42	2.7	43	80	8	131	26	17	24	31	1.97
20976888--20977063	46	3.8	46	81	10	205	21	21	28	28	1.98
20982529--20982696	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
20990253--20990419	40	4.2	40	80	6	169	23	27	23	24	2.00
20990269--20990378	39	2.8	40	87	8	154	21	29	26	22	1.99
20998242--20998409	40	4.2	40	80	4	169	23	27	24	24	2.00
21004543--21004801	49	5.4	48	93	3	391	30	9	31	29	1.88
21004903--21005023	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	21	1.97
21007110--21007269	29	5.6	29	96	0	295	26	15	32	26	1.95
21010805--21011026	49	4.7	47	87	6	295	30	8	30	30	1.87
21011121--21011241	37	3.3	37	96	1	217	25	19	33	21	1.97
21020627--21020740	39	2.9	39	90	0	174	28	28	20	22	1.98
21025095--21025295	78	2.6	77	84	5	210	25	28	21	23	1.99
21025147--21025295	39	3.8	39	95	0	244	27	29	20	22	1.98
21031540--21031716	40	4.4	40	83	4	216	25	27	23	23	2.00
21034475--21034549	37	2.0	37	94	0	132	16	36	9	38	1.80
21036426--21036587	35	4.6	35	79	3	164	41	19	8	30	1.80
21042514--21042608	41	2.3	41	83	0	109	30	18	23	27	1.98
21048746--21048815	34	2.1	34	94	0	122	25	18	21	34	1.96
21049523--21049634	42	2.7	42	87	2	145	23	18	28	29	1.98
21049733--21049762	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21051917--21052103	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
21051940--21052103	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
21051940--21052137	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
21062139--21062197	30	2.0	30	96	0	109	25	10	18	45	1.81
21070364--21070557	40	4.9	40	91	0	309	22	26	23	27	1.99
21070337--21070557	80	2.8	80	87	2	313	21	26	23	28	1.99
21075421--21075602	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
21075419--21075602	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
21076131--21076169	19	2.1	19	100	0	78	30	28	5	35	1.79
21081648--21081834	40	4.9	40	87	9	282	21	28	22	26	1.99
21081621--21081834	80	2.9	74	85	8	276	21	28	23	26	1.99
21082589--21082614	12	2.2	12	100	0	52	57	19	23	0	1.40
21083615--21083728	27	4.3	27	71	16	85	19	21	18	40	1.92
21083613--21083706	27	3.5	26	80	8	100	20	20	18	41	1.91
21085609--21085738	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21093650--21093779	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21095876--21095930	28	2.0	28	85	0	74	40	0	38	21	1.54
21095971--21096003	9	3.7	9	95	0	57	27	12	15	45	1.81
21097374--21097503	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21105423--21105552	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
21114538--21114648	27	4.2	26	80	5	114	18	22	19	38	1.93
21114538--21114657	54	2.2	53	82	1	141	19	24	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21115884--21115990	27	4.0	26	84	6	133	19	23	18	38	1.93
21115884--21115987	54	1.9	53	90	1	163	19	24	19	37	1.94
21123435--21123497	31	2.0	31	96	0	117	7	14	31	46	1.73
21126977--21127068	42	2.2	42	96	0	166	32	20	14	32	1.92
21127216--21127285	25	2.8	25	86	4	97	27	22	24	25	2.00
21128191--21128399	27	7.7	27	75	7	138	31	7	20	40	1.81
21128218--21128310	29	3.4	26	77	15	91	32	7	19	40	1.79
21128199--21128392	54	3.6	52	75	12	160	31	7	19	41	1.79
21128301--21128426	27	4.7	26	78	10	128	27	7	22	42	1.79
21128295--21128399	54	1.9	54	90	3	167	29	6	21	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433