genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  286  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89221125--89221166	22	2.0	22	90	4	68	11	40	26	21	1.88
89225476--89225505	10	3.0	10	95	0	51	56	0	0	43	0.99
89227838--89227926	39	2.3	39	84	0	115	28	46	6	19	1.75
89234694--89234723	12	2.5	12	100	0	60	33	30	30	6	1.83
89248335--89248383	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
89250072--89250353	54	5.2	54	76	7	250	31	9	18	40	1.83
89250154--89250353	27	7.4	27	84	4	233	29	9	19	42	1.82
89250095--89250361	81	3.3	80	77	6	252	32	9	17	40	1.82
89257146--89257296	68	2.3	64	80	10	153	27	27	15	29	1.96
89261823--89261857	18	1.9	18	88	0	52	20	11	11	57	1.64
89275613--89275726	43	2.7	42	79	5	131	30	19	22	27	1.98
89276219--89276281	30	2.1	30	96	0	117	20	4	20	53	1.63
89279814--89279843	6	5.0	6	91	0	51	16	0	3	80	0.85
89280327--89280584	40	6.5	40	90	2	369	25	27	23	22	2.00
89280598--89280640	18	2.3	19	80	4	52	39	23	4	32	1.75
89285461--89285494	17	2.0	17	88	11	52	23	14	8	52	1.69
89286818--89287028	27	7.8	27	89	0	269	28	25	8	37	1.85
89287007--89287229	81	2.8	81	85	4	281	40	21	8	29	1.83
89287021--89287202	27	6.8	27	79	8	192	41	20	8	29	1.82
89287069--89287227	54	2.9	54	78	10	150	42	20	8	28	1.81
89287238--89287289	27	1.9	27	88	7	79	38	11	13	36	1.81
89287350--89287433	27	3.1	27	89	3	116	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89288589--89288636	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
89288673--89288723	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
89288770--89289034	23	11.1	23	94	1	377	26	21	23	28	1.99
89289249--89289312	31	2.1	31	84	0	83	39	15	20	25	1.92
89305051--89305266	40	5.4	40	92	2	330	26	27	21	24	1.99
89312460--89312563	37	2.8	37	92	0	172	25	31	18	24	1.97
89312715--89313057	48	7.1	48	93	1	596	31	26	6	35	1.81
89316704--89316992	40	7.2	40	85	0	371	28	29	19	23	1.98
89316704--89316992	120	2.4	120	89	1	427	28	29	19	23	1.98
89318419--89318493	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
89318477--89318550	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
89326296--89326369	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
89326237--89326369	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
89327835--89328017	40	4.6	40	88	0	276	28	26	21	23	1.99
89329272--89329415	37	3.9	37	94	0	225	25	33	18	22	1.97
89329564--89329906	48	7.1	48	93	1	587	31	26	5	36	1.80
89333169--89333202	17	2.0	17	94	0	59	52	8	17	20	1.71
89333644--89333701	18	3.1	18	74	13	53	22	32	5	39	1.76
89333646--89333691	21	2.2	21	88	0	65	28	34	4	32	1.77
89335148--89335687	43	12.7	43	78	1	467	24	16	27	31	1.96
89335148--89335687	128	4.2	128	91	0	864	24	16	27	31	1.96
89340027--89340063	15	2.5	15	100	0	74	16	48	5	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89355157--89355258	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
89363011--89363112	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
89369753--89370006	47	5.3	47	90	3	373	29	30	8	31	1.87
89369803--89369881	25	3.3	25	67	16	76	32	29	5	32	1.79
89369753--89370008	49	5.3	49	91	2	371	29	30	8	31	1.86
89369753--89370008	96	2.7	96	90	3	383	29	30	8	31	1.86
89374324--89374640	47	6.7	47	92	2	487	33	9	29	26	1.89
89374371--89374496	25	5.3	25	64	24	83	33	11	27	27	1.91
89378676--89378905	40	5.8	40	92	1	347	24	27	20	26	1.99
89378676--89378905	118	1.9	120	88	1	347	24	27	20	26	1.99
89381033--89381285	49	5.3	47	90	4	373	29	30	8	31	1.87
89388464--89388639	40	4.4	40	75	7	151	24	25	23	26	2.00
89405107--89405176	13	5.3	13	81	10	70	44	12	4	38	1.63
89405542--89405586	23	2.0	22	86	4	63	35	0	2	62	1.08
89418006--89418362	48	7.4	48	95	0	615	33	8	28	29	1.86
89418535--89418637	37	2.8	37	92	0	170	24	19	31	25	1.98
89423667--89423710	22	2.0	22	95	0	79	40	11	9	38	1.73
89430292--89430466	49	3.6	49	79	9	162	26	18	28	26	1.98
89431456--89431482	7	3.9	7	100	0	54	44	11	29	14	1.80
89440045--89440251	53	3.8	53	74	4	182	36	18	24	19	1.95
89449800--89449876	38	2.0	38	92	0	127	33	11	15	38	1.84
89453797--89454060	93	2.8	92	91	1	420	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89453789--89454063	46	5.9	46	77	10	283	30	29	18	21	1.97
89456446--89456525	30	2.6	31	81	11	94	55	13	18	12	1.70
89456448--89456525	15	5.2	15	75	9	70	55	14	17	12	1.70
89457316--89457407	45	2.0	45	95	0	166	22	17	30	29	1.97
89459498--89459659	85	1.9	85	94	2	290	28	30	18	22	1.97
89464846--89464999	42	3.6	42	80	3	184	29	15	24	30	1.96
89466774--89466802	15	1.9	15	100	0	58	27	13	0	58	1.36
89466769--89466810	15	2.9	14	86	6	57	30	14	0	54	1.40
89468696--89468741	23	2.0	23	100	0	92	34	17	13	34	1.88
89469557--89469811	55	4.8	54	81	8	267	36	16	24	22	1.94
89469564--89469766	108	1.9	110	87	4	304	33	17	25	24	1.96
89470004--89470034	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
89472838--89473047	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
89480619--89480803	55	3.4	54	81	7	223	34	17	24	23	1.96
89481081--89481122	20	2.1	20	95	0	75	16	26	35	21	1.94
89483276--89483442	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
89483276--89483442	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
89487688--89487939	47	5.3	47	91	1	387	28	31	8	31	1.87
89487738--89487816	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
89487688--89487939	96	2.7	95	89	2	382	28	31	8	31	1.87
89495662--89495698	18	2.1	18	100	0	74	16	40	16	27	1.89
89507378--89507553	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89507374--89507545	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
89510390--89510458	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
89510381--89510468	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
89512851--89513026	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
89512847--89513018	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
89518166--89518196	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
89528124--89528166	21	2.0	21	100	0	86	13	13	25	46	1.81
89528879--89528999	48	2.5	48	87	0	161	29	19	21	29	1.97
89537788--89537824	18	2.1	18	89	0	56	29	18	18	32	1.96
89539026--89539063	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
89539027--89539089	19	3.3	19	80	6	65	46	3	1	49	1.27
89539553--89539637	43	2.0	43	83	4	109	29	28	16	25	1.97
89544305--89544330	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89545203--89545370	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
89553380--89553582	40	5.1	40	82	4	239	24	21	27	27	1.99
89561030--89561072	21	2.0	21	100	0	86	23	32	9	34	1.87
89562949--89563249	47	6.3	47	91	3	451	28	30	8	32	1.86
89562999--89563077	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
89562949--89563249	96	3.2	94	90	4	462	28	30	8	32	1.86
89578855--89578883	14	2.0	15	93	6	51	6	0	41	51	1.28
89582549--89582594	24	1.9	24	82	8	58	28	15	19	36	1.92
89586998--89587029	12	2.7	12	95	0	55	25	46	18	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89595882--89596065	40	4.7	39	83	8	194	25	21	27	25	2.00
89595895--89596044	78	1.9	79	85	6	207	27	21	26	24	1.99
89603880--89604061	40	4.7	40	86	8	225	24	21	28	26	1.99
89603880--89604055	78	2.2	81	82	11	224	24	22	28	25	1.99
89603933--89604084	78	2.0	76	82	11	184	25	20	27	26	1.99
89603933--89604080	38	3.8	38	87	7	99	25	20	28	25	1.99
89607781--89607965	40	4.7	40	88	6	227	25	27	21	25	2.00
89613892--89614036	40	3.6	40	90	3	204	26	20	26	26	1.99
89613887--89614062	40	4.4	40	87	7	202	26	21	26	26	1.99
89619893--89619963	31	2.3	31	80	0	79	16	28	33	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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