genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  42  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11180156--11180194	20	2.0	20	89	0	60	43	12	12	30	1.81
11180507--11180575	34	2.0	34	94	0	120	28	20	15	34	1.94
11183381--11183543	40	4.1	40	83	1	184	35	26	20	17	1.94
11184228--11184283	28	2.0	28	100	0	112	28	17	21	32	1.96
11206791--11206839	20	2.4	20	86	10	64	22	4	2	71	1.13
11206805--11206844	20	2.0	21	90	5	64	25	5	0	70	1.08
11207701--11207752	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
11216486--11216581	42	2.3	42	92	0	156	18	27	31	22	1.97
11224482--11224565	22	3.8	22	75	6	80	38	21	22	17	1.94
11235512--11235711	52	3.9	52	77	10	173	24	17	28	30	1.97
11235619--11235721	46	2.2	47	84	5	127	24	13	30	32	1.93
11236889--11237206	29	10.9	28	76	7	142	22	23	14	39	1.90
11236931--11237144	87	2.5	87	84	3	252	21	23	14	41	1.89
11236856--11237119	58	4.5	57	69	12	160	21	24	14	39	1.91
11236982--11237171	87	2.2	87	82	1	220	23	23	13	40	1.89
11238451--11238507	28	2.0	28	96	0	105	33	21	21	24	1.97
11242357--11242414	25	2.4	24	78	13	66	48	0	1	50	1.11
11253918--11253954	6	5.4	7	90	9	51	86	0	0	13	0.57
11262955--11262994	20	2.1	20	86	9	57	65	2	7	25	1.32
11265537--11265578	4	10.5	4	100	0	84	73	0	26	0	0.83
11266335--11266445	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
11268630--11268713	22	3.8	22	77	0	96	40	16	21	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11268628--11268711	44	1.9	44	90	0	132	39	16	22	21	1.92
11272296--11272358	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
11280068--11280130	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
11284277--11284351	30	2.5	29	86	4	105	12	33	34	20	1.89
11288453--11288530	27	2.9	28	71	21	74	35	1	5	57	1.29
11288482--11288529	11	4.2	11	79	10	60	33	0	2	64	1.05
11290369--11290734	46	8.0	45	84	6	414	42	14	23	20	1.88
11290379--11290734	92	3.9	92	86	0	471	41	14	23	20	1.89
11290380--11290734	138	2.6	138	87	0	503	41	14	23	20	1.89
11291592--11291625	15	2.3	15	89	0	50	70	5	20	2	1.21
11293520--11293559	20	2.0	20	100	0	80	20	20	25	35	1.96
11296811--11296854	23	1.9	23	86	9	63	59	4	0	36	1.18
11299839--11299883	23	2.0	23	82	8	56	37	11	11	40	1.76
11308416--11308450	9	3.9	9	96	0	61	34	2	11	51	1.53
11320964--11321032	28	2.5	28	85	0	102	33	21	13	31	1.92
11322552--11322624	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
11330633--11330792	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
11340994--11341737	375	2.0	374	96	0	1362	28	16	16	38	1.90
11346153--11346193	18	2.2	19	83	12	50	75	0	0	24	0.80
11346153--11346195	20	2.2	19	83	4	50	76	0	0	23	0.78
11351734--11351780	7	6.9	7	88	11	71	76	0	23	0	0.78
11358800--11358948	10	15.4	10	74	11	100	65	1	2	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11358801--11358908	19	5.8	19	75	14	100	67	0	1	29	1.07
11358813--11358888	8	8.5	8	74	24	55	65	0	1	32	1.01
11358802--11358888	29	3.2	26	75	15	77	65	0	1	33	1.00
11358921--11358965	20	2.2	21	84	11	58	57	6	4	31	1.44
11359172--11359244	10	7.4	10	72	13	53	31	6	1	60	1.31
11359135--11359198	19	3.4	19	73	18	62	26	6	1	65	1.25
11376073--11376105	16	2.1	16	88	5	50	36	0	3	60	1.12
11376966--11377087	45	2.7	45	82	6	142	36	16	22	24	1.94
11380945--11380996	25	2.1	25	92	0	86	57	19	7	15	1.62
11381288--11381368	23	3.5	23	80	5	101	35	19	20	23	1.96
11388811--11388876	23	2.9	23	79	4	80	31	12	22	33	1.91
11388846--11388965	22	5.3	22	69	14	73	34	18	25	22	1.96
11388835--11388965	69	1.9	68	85	1	181	33	18	23	24	1.97
11394820--11395033	47	4.6	47	80	10	249	24	19	27	28	1.98
11394862--11395087	47	4.8	49	81	11	219	22	19	28	29	1.98
11394822--11395079	140	1.8	140	95	0	471	23	19	27	29	1.98
11398689--11398740	24	2.2	24	92	0	86	36	3	9	50	1.54
11404008--11404038	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11404108--11404169	23	2.7	23	94	2	106	45	3	3	48	1.34
11408454--11408518	25	2.5	25	78	9	69	60	16	0	23	1.36
11408948--11409028	29	2.9	28	75	12	76	50	4	0	44	1.23
11409009--11409067	12	5.0	12	75	17	52	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11414825--11414967	34	4.2	34	75	5	135	38	23	18	20	1.93
11416928--11416957	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
11419867--11419914	18	2.6	18	78	15	53	68	0	4	27	1.07
11420800--11420829	7	4.3	7	95	0	51	83	0	16	0	0.65
11425018--11425044	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
11431695--11431733	19	2.1	19	85	0	51	46	5	0	48	1.24
11432971--11433183	27	7.9	27	80	12	224	35	22	23	18	1.95
11432989--11433183	54	3.6	54	94	1	320	35	23	23	17	1.95
11432971--11433183	81	2.6	81	83	7	256	35	22	23	18	1.95
11434803--11434910	26	4.2	26	85	4	146	37	23	5	33	1.78
11434803--11434910	52	2.1	52	92	0	180	37	23	5	33	1.78
11436225--11436275	5	10.8	5	89	10	81	21	0	13	64	1.28
11436224--11436275	14	3.7	14	92	7	88	21	0	13	65	1.26
11436225--11436275	19	2.7	19	88	11	86	21	0	13	64	1.28
11436225--11436275	24	2.2	24	96	3	95	21	0	13	64	1.28
11440456--11440485	16	1.9	15	93	6	51	56	3	0	40	1.16
11442861--11443020	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
11442861--11443020	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
11446569--11446645	33	2.3	33	84	4	93	29	19	24	25	1.98
11448331--11448384	18	3.1	17	75	19	58	20	3	3	72	1.16
11458556--11458602	19	2.5	19	86	6	60	27	19	6	46	1.74
11466097--11466147	3	16.7	3	95	4	93	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11473439--11473529	35	2.6	35	80	0	119	27	19	16	36	1.93
11474981--11475167	6	30.3	6	72	17	125	49	14	17	18	1.79
11474990--11475083	37	2.5	37	84	0	116	52	13	15	18	1.75
11475063--11475158	37	2.6	37	85	5	131	45	16	19	17	1.85
11475002--11475167	25	6.7	25	82	8	123	49	15	17	18	1.80
11475010--11475139	19	6.6	19	73	19	106	49	15	17	17	1.80
11475002--11475166	62	2.7	62	93	0	267	49	15	17	17	1.80
11475684--11476041	27	13.3	27	85	1	412	25	19	18	36	1.94
11475688--11476041	81	4.4	81	87	1	469	25	20	17	36	1.94
11476078--11476313	27	8.7	27	78	3	242	30	8	21	39	1.83
11476078--11476313	81	2.9	80	83	6	278	30	8	21	39	1.83
11476134--11476313	27	6.7	27	85	0	243	31	7	20	40	1.80
11478033--11478154	56	2.1	58	87	3	185	29	19	4	45	1.71
11483147--11483259	25	4.6	24	73	6	95	20	23	20	35	1.96
11483423--11483462	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
11493935--11494005	25	2.8	25	76	0	70	22	26	21	29	1.99
11494179--11494203	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11501266--11501298	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
11508010--11508041	7	4.6	7	92	0	55	43	12	0	43	1.42
11513397--11513473	23	3.4	23	78	8	86	28	20	24	25	1.99
11517267--11517406	27	5.2	26	80	10	149	18	24	20	37	1.94
11517256--11517387	54	2.4	54	92	2	212	18	23	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11517267--11517388	27	4.5	27	81	10	151	17	23	21	37	1.94
11530656--11530878	47	4.8	46	76	13	181	25	17	30	26	1.97
11530655--11530878	93	2.4	93	80	9	242	25	17	30	26	1.97
11530706--11530877	94	1.8	95	82	8	226	25	16	30	26	1.97
11533531--11533670	39	3.6	39	90	0	208	14	26	21	37	1.92
11539830--11539871	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
11542537--11542601	21	3.2	21	71	20	66	12	24	23	40	1.89
11542519--11542603	39	2.2	39	91	0	134	14	23	23	38	1.91
11542536--11542619	39	2.2	39	88	0	123	14	25	23	36	1.92
11546613--11546712	23	4.3	23	76	8	96	33	19	21	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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