genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  310  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96635458--96635569	53	2.2	52	87	7	158	25	27	16	29	1.97
96635470--96635574	53	2.0	53	90	3	167	27	27	18	26	1.98
96642859--96642886	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
96644673--96644846	49	3.5	49	85	3	240	29	27	19	23	1.98
96644665--96644851	100	1.9	100	94	0	329	29	27	20	22	1.99
96645501--96645560	30	2.0	30	87	6	86	28	23	8	40	1.83
96646854--96646905	26	2.0	26	100	0	104	26	30	11	30	1.92
96646966--96647013	21	2.3	21	82	7	62	0	29	0	70	0.87
96646975--96647010	15	2.6	14	87	12	56	0	25	0	75	0.81
96647974--96648031	3	19.7	3	86	10	84	68	0	0	31	0.89
96648337--96648467	65	2.0	65	96	0	244	24	13	18	43	1.86
96652015--96652542	267	2.0	268	87	2	767	32	20	10	36	1.87
96653595--96653651	24	2.5	24	78	13	66	49	1	43	5	1.35
96659262--96659443	41	4.4	40	74	14	165	21	21	29	26	1.99
96659948--96659973	13	2.0	13	100	0	52	15	15	7	61	1.55
96667738--96667825	40	2.2	41	87	2	124	25	20	29	25	1.99
96670698--96670745	23	2.1	23	100	0	96	25	45	20	8	1.79
96672765--96672978	47	4.6	46	79	7	238	27	17	31	23	1.97
96672765--96673034	47	5.8	47	75	12	202	28	18	29	23	1.98
96674625--96674724	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
96674565--96674724	58	2.7	59	86	3	200	25	30	16	27	1.96
96682036--96682169	29	4.6	29	85	1	101	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96682035--96682194	58	2.7	59	86	3	200	25	30	16	27	1.96
96682095--96682194	29	3.4	29	100	0	200	27	28	15	30	1.96
96687084--96687212	50	2.5	51	87	2	197	34	17	22	25	1.95
96687188--96687336	31	4.8	31	88	0	208	27	19	26	26	1.99
96687354--96687478	46	2.6	47	80	6	144	30	15	24	29	1.95
96694473--96694790	141	2.3	141	91	0	519	28	18	27	24	1.98
96694421--96694827	44	8.7	47	71	15	199	28	19	28	23	1.98
96697812--96697846	15	2.2	17	90	10	56	5	8	2	82	0.91
96697812--96697845	16	2.2	15	89	5	50	5	8	2	82	0.93
96699102--96699260	87	1.8	87	91	0	264	18	8	24	48	1.75
96700907--96700955	24	2.2	22	82	13	57	28	24	8	38	1.84
96710008--96710037	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
96712004--96712067	32	2.0	32	100	0	128	46	9	21	21	1.79
96713953--96714141	24	8.0	24	86	5	260	28	20	22	28	1.99
96713974--96714140	23	7.1	23	89	3	253	28	19	22	28	1.98
96713974--96714142	47	3.6	47	93	0	284	28	19	23	28	1.98
96714199--96714255	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
96714187--96714257	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
96714192--96714246	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
96714294--96714341	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
96725259--96725336	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
96740069--96740114	19	2.3	21	81	11	60	17	15	4	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96740234--96740267	18	1.9	18	88	5	52	23	0	23	52	1.47
96741943--96742131	75	2.5	75	86	0	252	41	10	15	32	1.81
96745046--96745120	26	2.9	26	92	4	116	44	24	12	20	1.85
96759617--96759659	5	8.6	5	80	10	52	44	0	0	55	0.99
96760759--96760862	22	4.6	22	87	3	136	15	24	18	42	1.88
96761939--96761994	23	2.4	23	96	0	103	44	21	16	17	1.86
96763481--96763583	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
96771567--96771669	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
96782172--96782232	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
96786226--96786345	43	2.8	42	83	7	170	30	17	24	27	1.97
96794828--96794927	27	3.5	27	85	9	103	29	14	27	30	1.95
96802759--96802859	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
96811688--96811784	40	2.4	40	87	0	131	34	25	16	23	1.95
96812940--96812977	20	1.9	20	94	0	67	55	0	0	44	0.99
96812931--96812979	24	2.0	24	100	0	98	55	0	0	44	0.99
96813255--96813298	23	2.0	22	81	4	52	25	4	4	65	1.30
96831652--96831791	27	5.2	27	86	1	183	42	22	15	19	1.88
96831652--96831802	53	2.8	52	85	5	194	42	22	14	20	1.88
96831661--96831815	27	5.8	27	78	11	122	42	20	14	21	1.88
96831660--96831815	80	1.9	81	81	3	190	42	20	14	21	1.88
96831810--96831869	27	2.2	28	82	8	79	28	8	11	51	1.67
96831821--96831887	27	2.5	27	82	0	71	20	13	16	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96832260--96832327	18	3.8	18	86	0	91	17	20	17	44	1.87
96836563--96836645	41	2.0	41	97	0	157	32	15	24	27	1.95
96838817--96838974	43	3.7	43	80	7	178	22	18	26	32	1.97
96841402--96841500	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
96849073--96849171	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
96851622--96851656	18	2.0	17	88	5	52	65	2	2	28	1.21
96851704--96851747	21	2.2	20	87	4	61	56	4	9	29	1.50
96851718--96851758	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
96851756--96851788	16	1.9	18	88	11	52	63	6	3	27	1.32
96851977--96852020	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
96852045--96852134	25	3.6	24	76	14	67	57	2	4	35	1.31
96852076--96852207	22	6.0	22	73	18	105	56	4	3	35	1.35
96852076--96852181	11	8.9	11	72	13	68	58	3	2	34	1.31
96852151--96852219	25	2.6	25	84	6	84	53	4	5	36	1.45
96854345--96854398	21	2.6	21	87	0	81	25	31	12	29	1.93
96854456--96854666	89	2.4	87	82	6	239	36	22	16	25	1.94
96854593--96855005	76	5.3	76	79	12	428	36	20	14	28	1.92
96854593--96854914	149	2.1	150	89	4	490	36	20	13	29	1.91
96854856--96855188	91	3.6	92	86	4	444	38	15	15	30	1.89
96854859--96855188	184	1.8	181	85	6	468	38	15	15	30	1.88
96855090--96855262	77	2.3	75	84	6	206	37	15	16	30	1.90
96864154--96864336	39	4.6	39	84	4	127	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96864154--96864377	40	5.7	40	83	5	233	24	20	27	27	1.99
96864154--96864384	79	2.9	79	79	8	236	24	20	27	27	1.99
96864222--96864410	79	2.4	79	79	6	188	25	20	25	27	1.99
96869428--96869470	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
96870343--96870463	47	2.6	47	96	2	219	30	29	19	20	1.97
96870932--96870991	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
96877803--96877972	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
96877803--96877972	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
96878389--96878448	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
96886335--96886515	40	4.6	40	79	6	163	28	21	27	23	1.99
96886378--96886484	39	2.7	38	84	9	135	26	22	28	22	1.99
96903143--96903243	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
96911098--96911198	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
96913531--96913670	29	4.9	29	77	9	137	27	15	31	25	1.96
96913537--96913671	57	2.4	57	81	10	152	28	16	31	23	1.96
96917576--96917678	29	3.6	29	81	2	118	21	17	33	28	1.96
96919471--96919520	18	2.5	20	81	15	59	20	26	40	14	1.90
96924128--96924162	16	2.2	16	94	0	61	54	20	17	8	1.68
96924374--96924525	29	5.3	29	76	3	121	28	13	29	28	1.95
96932230--96932490	40	6.6	40	82	3	260	24	24	23	27	2.00
96935426--96935647	40	5.6	40	79	7	229	26	27	20	25	1.99
96935426--96935590	79	2.1	79	84	6	210	26	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96943842--96944023	40	4.6	40	86	2	260	24	25	24	25	2.00
96943842--96944023	79	2.3	78	87	4	249	24	25	24	25	2.00
96943806--96944023	39	5.5	39	81	6	237	25	25	23	25	2.00
96951018--96951118	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
96955638--96955741	39	2.6	39	84	1	127	26	18	30	24	1.98
96962289--96962389	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
96964826--96964891	33	2.0	34	82	8	82	27	21	25	25	1.99
96969257--96969348	6	15.0	6	71	13	62	46	11	20	20	1.82
96969267--96969370	31	3.4	31	86	0	136	45	12	22	20	1.84
96969894--96970177	27	10.2	27	76	11	189	26	20	16	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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