genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  168  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52447868--52448026	27	5.9	27	87	2	203	30	23	6	38	1.81
52447870--52448026	54	2.9	54	89	1	235	30	23	6	39	1.80
52447868--52448026	81	2.0	81	88	2	239	30	23	6	38	1.81
52448058--52448208	27	5.6	27	85	4	189	42	23	7	27	1.80
52448025--52448208	54	3.4	53	79	4	181	40	21	9	27	1.85
52448186--52448271	27	3.1	27	79	14	86	39	13	9	37	1.78
52449191--52449364	26	6.8	26	84	1	210	28	22	20	28	1.99
52449191--52449364	52	3.4	52	92	2	273	28	22	20	28	1.99
52449509--52449600	42	2.2	42	94	0	157	29	15	21	33	1.94
52449624--52449709	31	2.8	31	90	0	136	31	18	23	26	1.97
52455891--52456040	60	2.5	58	79	13	144	26	24	20	29	1.99
52456033--52456078	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
52459841--52459974	60	2.2	63	81	9	170	26	27	18	26	1.98
52459857--52460003	60	2.4	59	80	9	147	25	25	19	28	1.99
52464042--52464193	40	3.8	40	79	5	146	26	24	26	22	2.00
52466963--52467122	86	1.9	85	84	8	218	21	18	27	32	1.97
52466964--52467122	43	3.7	42	79	10	171	22	18	27	32	1.97
52470178--52470353	46	3.8	46	75	8	169	22	21	26	29	1.99
52470174--52470346	93	1.9	93	90	2	276	23	21	27	28	1.99
52477862--52477897	16	2.2	16	90	0	54	47	16	25	11	1.79
52478114--52478175	29	2.2	29	85	8	83	27	14	30	27	1.95
52478474--52478541	33	2.1	33	97	0	127	58	10	14	16	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52478529--52478677	27	5.5	27	80	6	140	41	21	10	26	1.85
52478529--52478677	55	2.8	54	77	6	149	41	21	10	26	1.85
52479042--52479067	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
52483486--52483635	43	3.5	44	81	9	175	26	18	24	31	1.97
52484699--52485058	27	13.3	27	78	6	250	39	20	8	31	1.82
52484699--52485039	81	4.2	81	78	4	312	39	20	8	31	1.83
52484832--52485094	108	2.4	107	85	2	330	38	22	7	31	1.83
52484751--52485096	54	6.4	54	76	8	188	38	21	8	31	1.83
52485075--52485225	79	1.9	77	86	5	196	37	19	18	24	1.94
52485078--52485243	27	6.3	27	80	3	176	36	18	19	25	1.94
52485673--52485734	22	2.8	22	85	7	81	22	22	20	33	1.97
52485893--52485994	27	3.8	27	84	5	125	18	22	21	37	1.94
52486126--52486236	6	17.8	6	70	20	77	19	17	13	49	1.79
52486126--52486236	31	3.5	31	87	3	143	19	17	13	49	1.79
52490365--52490582	110	2.0	110	95	0	391	29	15	13	41	1.85
52496240--52496303	34	1.9	34	96	3	121	35	3	10	50	1.54
52497953--52498027	33	2.3	33	86	6	100	40	16	22	21	1.91
52499794--52499873	39	2.1	39	90	4	126	30	27	10	32	1.89
52499833--52499973	51	2.7	52	93	1	248	31	24	12	31	1.93
52499997--52500095	28	3.7	27	85	13	141	25	26	14	34	1.94
52502167--52502248	23	3.6	23	73	9	69	39	18	18	24	1.92
52506195--52506250	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52506678--52506947	48	5.6	48	89	0	362	26	15	28	28	1.96
52506710--52506984	144	1.9	145	83	3	358	27	16	26	29	1.97
52508977--52509028	20	2.6	20	96	0	95	19	30	32	17	1.95
52510774--52510837	31	2.1	31	96	0	119	39	12	18	29	1.88
52512481--52512614	47	2.9	47	83	9	175	29	17	28	23	1.97
52516718--52516939	116	1.9	116	96	0	408	27	28	20	23	1.99
52516919--52517037	40	3.0	40	83	3	141	15	36	22	25	1.93
52519536--52519711	46	3.8	46	74	14	164	21	20	27	30	1.98
52519536--52519704	93	1.8	93	88	2	259	21	20	27	29	1.98
52520538--52520594	28	2.0	28	100	0	114	26	21	17	35	1.95
52522710--52522763	14	3.8	14	75	4	54	11	12	16	59	1.61
52522707--52522762	29	1.9	29	92	0	94	12	14	16	57	1.66
52525479--52525651	93	1.9	93	82	0	220	23	19	27	30	1.98
52528325--52528498	48	3.7	48	85	3	235	24	17	31	27	1.97
52528325--52528497	94	1.8	94	88	0	265	24	16	31	27	1.96
52534678--52534809	28	4.7	27	74	14	106	24	32	15	27	1.96
52541656--52541682	14	1.9	14	100	0	54	44	0	18	37	1.50
52554413--52554690	27	10.3	27	79	6	199	41	20	10	28	1.85
52554430--52554662	80	2.9	83	82	7	239	42	19	9	27	1.83
52554412--52554670	54	4.8	54	82	3	263	40	19	11	28	1.86
52554412--52554692	81	3.5	79	79	4	231	40	19	11	28	1.86
52554930--52555006	40	1.9	40	91	0	127	22	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52555152--52555216	22	3.0	22	71	8	60	21	26	21	30	1.98
52557070--52557149	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
52557693--52557718	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
52564927--52565006	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
52581019--52581056	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
52581553--52581586	13	2.6	13	100	0	68	29	26	29	14	1.95
52592296--52592320	7	3.6	7	100	0	50	44	28	0	28	1.55
52595985--52596096	44	2.5	44	98	0	215	33	16	17	31	1.93
52598484--52598634	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
52598488--52598674	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
52602652--52602821	83	2.0	83	93	0	286	28	24	17	29	1.97
52604846--52604910	23	2.8	24	83	6	89	27	20	15	36	1.92
52604878--52604941	23	2.7	23	73	23	60	28	18	20	32	1.96
52605097--52605165	19	3.7	18	75	13	59	31	5	20	42	1.76
52605236--52605310	38	2.0	38	100	0	150	37	5	16	41	1.71
52614139--52614175	19	1.9	19	100	0	74	21	5	18	54	1.64
52614139--52614187	19	2.6	19	87	9	66	22	6	20	51	1.69
52620234--52620268	15	2.2	16	90	5	54	14	0	2	82	0.77
52625101--52625143	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
52634737--52634875	42	3.2	43	77	7	113	23	17	26	32	1.97
52641838--52641994	43	3.7	42	75	12	142	22	19	26	31	1.98
52644136--52644172	16	2.3	16	95	0	65	37	13	13	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52658246--52658379	23	5.3	23	65	17	70	36	1	11	50	1.47
52658222--52658376	51	3.0	51	98	0	292	34	1	12	51	1.50
52658229--52658362	28	5.1	28	62	16	90	35	1	11	52	1.46
52658243--52658379	28	5.2	28	61	22	82	35	1	10	51	1.46
52658762--52658786	7	3.6	7	100	0	50	16	52	0	32	1.44
52664128--52664185	29	2.0	29	100	0	116	20	10	31	37	1.86
52668009--52668136	40	3.2	40	83	6	152	24	22	28	25	2.00
52670033--52670254	41	5.5	41	89	3	308	27	26	21	24	1.99
52675266--52675356	27	3.4	27	83	8	116	24	20	12	42	1.86
52675316--52675365	26	1.9	26	95	0	91	22	18	18	42	1.90
52675320--52675473	27	5.8	26	69	13	62	33	20	14	31	1.92
52675388--52675511	27	4.6	27	77	7	128	41	22	8	27	1.83
52675388--52675512	54	2.3	55	84	2	155	40	22	8	28	1.83
52675489--52675574	27	3.1	27	71	17	77	39	16	9	34	1.80
52675626--52675691	27	2.5	27	81	13	77	34	16	22	25	1.95
52676500--52676569	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
52676499--52676582	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
52676716--52676808	42	2.2	42	94	0	159	32	17	18	32	1.94
52676831--52676913	31	2.7	31	94	3	143	30	16	25	27	1.97
52678144--52678233	23	3.8	25	77	15	68	31	21	24	23	1.98
52678194--52678317	23	5.2	24	73	15	91	34	19	23	22	1.96
52678178--52678256	23	3.5	23	79	11	83	35	18	24	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52683548--52683584	16	2.3	16	95	0	65	37	13	10	37	1.80
52700492--52700516	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
52711756--52711807	26	2.0	26	85	3	70	30	17	23	28	1.97
52711783--52711864	23	3.7	21	76	16	76	36	17	21	24	1.94
52711858--52711883	10	2.6	10	100	0	52	38	26	11	23	1.89
52714756--52714923	40	4.2	40	85	3	232	23	22	27	26	1.99
52715160--52715201	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
52719427--52719456	15	2.0	15	100	0	60	46	26	0	26	1.53
52723289--52723438	38	3.9	39	91	4	234	18	24	32	24	1.97
52725955--52726006	25	2.1	24	82	10	61	36	13	28	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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