genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  140  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43030920--43031007	27	3.2	27	83	4	106	36	23	22	17	1.94
43038143--43038254	27	4.1	27	81	5	111	36	24	21	17	1.95
43039552--43039583	16	2.0	16	93	0	55	28	37	15	18	1.92
43052007--43052178	23	7.3	23	83	9	188	37	17	22	22	1.94
43052007--43052193	68	2.6	69	81	11	209	36	17	21	23	1.94
43054640--43054761	43	2.9	42	78	11	158	29	13	26	30	1.94
43056629--43056689	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
43059197--43059370	46	3.8	46	78	13	203	29	29	20	20	1.98
43059204--43059374	93	1.8	92	93	1	297	28	29	20	21	1.98
43066920--43067091	46	3.7	46	77	13	192	29	30	19	20	1.97
43066927--43067096	92	1.8	92	93	2	297	28	30	20	21	1.98
43074119--43074285	43	3.9	43	77	12	166	28	14	24	32	1.94
43074126--43074284	86	1.9	85	83	9	207	27	14	25	33	1.94
43090731--43090770	22	1.9	19	85	14	53	65	10	5	20	1.42
43093867--43094016	78	1.9	80	84	5	207	22	28	24	25	1.99
43093827--43094017	40	4.8	39	78	6	161	22	28	24	24	1.99
43095739--43095989	55	4.7	54	80	9	270	35	17	24	22	1.96
43095742--43095942	108	1.8	110	90	4	327	33	17	25	23	1.96
43097198--43097230	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
43105750--43105780	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
43111713--43111773	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
43116526--43116725	53	3.8	53	81	7	205	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43116526--43116678	53	2.8	56	84	4	206	33	16	26	22	1.95
43117424--43117465	18	2.3	19	80	12	52	42	0	14	42	1.45
43129835--43130091	56	4.7	56	79	5	263	22	18	31	27	1.97
43133121--43133306	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
43141171--43141355	40	4.7	40	86	6	227	25	27	22	25	2.00
43143173--43143215	20	2.2	20	91	0	68	18	30	32	18	1.95
43147731--43147817	37	2.3	36	88	5	129	24	33	21	20	1.97
43147886--43148335	49	9.2	49	94	0	744	29	29	8	32	1.88
43151319--43151380	26	2.3	26	83	2	79	37	27	9	25	1.87
43151334--43151384	26	1.9	27	92	4	86	35	25	13	25	1.93
43151485--43151591	27	4.0	27	93	2	162	18	24	22	34	1.96
43151497--43151625	54	2.4	54	81	5	145	20	23	20	34	1.96
43157578--43158003	47	9.0	47	87	3	604	32	9	30	27	1.89
43157576--43158003	96	4.5	93	85	5	599	32	9	29	27	1.89
43157572--43157988	143	2.9	143	98	0	798	32	9	29	28	1.89
43160014--43160213	40	5.0	40	86	0	274	21	23	31	25	1.98
43160008--43160213	80	2.6	80	93	0	340	20	22	30	25	1.98
43160374--43160427	25	2.2	25	83	6	65	31	12	27	27	1.93
43160412--43160565	28	5.5	28	65	6	96	21	20	27	29	1.98
43160410--43160592	56	3.3	56	92	0	312	20	20	30	28	1.97
43160437--43160592	28	5.6	28	65	6	100	19	19	32	28	1.96
43163730--43164157	96	4.5	93	85	4	588	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43163726--43164142	143	2.9	143	98	0	798	32	9	29	28	1.89
43163730--43164169	47	9.3	47	86	3	614	33	9	29	27	1.88
43166258--43166319	26	2.3	27	78	10	74	37	25	9	27	1.87
43166424--43166536	27	4.2	26	82	5	129	21	23	20	35	1.96
43166424--43166535	54	2.1	53	83	6	145	21	23	19	35	1.96
43172113--43172217	40	2.6	40	83	3	122	25	20	27	25	1.99
43185915--43186010	48	2.0	48	97	0	183	30	10	30	29	1.90
43199330--43199363	17	2.1	16	88	5	50	41	0	17	41	1.50
43202844--43202873	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
43202898--43203249	176	2.0	176	99	0	695	30	24	8	35	1.86
43209564--43209686	29	4.2	29	93	0	192	26	29	15	29	1.96
43216608--43216660	20	2.7	20	84	0	79	33	22	22	20	1.97
43219650--43219707	30	1.9	30	82	6	73	39	12	13	34	1.82
43230191--43230409	40	5.5	39	81	8	208	23	26	23	26	2.00
43230177--43230410	80	2.9	80	82	3	256	23	26	23	26	2.00
43238237--43238478	40	6.1	40	81	8	138	23	26	23	26	2.00
43238301--43238478	81	2.3	76	82	5	221	24	27	23	25	2.00
43239371--43240362	497	2.0	492	91	6	1607	32	24	11	31	1.91
43247303--43247516	40	5.5	39	80	11	206	23	26	23	26	2.00
43247330--43247517	75	2.4	81	83	6	244	23	27	22	26	2.00
43247341--43247517	81	2.3	75	83	5	219	23	27	23	25	2.00
43247331--43247517	40	4.8	39	84	7	211	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43255372--43255590	40	5.5	40	84	4	246	23	26	23	26	2.00
43263168--43263205	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
43263677--43263777	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
43263706--43263777	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
43267902--43267952	25	2.0	25	88	0	75	29	23	19	27	1.98
43267993--43268045	10	4.8	11	88	11	74	33	16	18	30	1.94
43267994--43268045	21	2.4	22	93	6	88	32	17	19	30	1.95
43270030--43270071	19	2.2	19	100	0	84	23	14	11	50	1.76
43275880--43275983	52	2.0	52	100	0	208	21	25	7	46	1.77
43276057--43276108	16	3.3	16	76	12	54	15	28	1	53	1.52
43281983--43282207	49	5.0	42	84	9	204	30	26	13	29	1.94
43282053--43282285	49	4.8	49	87	5	266	30	27	13	28	1.94
43282068--43282285	95	2.3	96	82	7	266	30	27	14	27	1.95
43282307--43282424	31	3.8	31	89	0	173	25	25	19	29	1.98
43287827--43287959	51	2.6	51	83	2	171	26	19	25	28	1.99
43296392--43296425	17	1.9	18	94	5	61	35	14	17	32	1.91
43297937--43298020	30	2.7	30	88	3	114	42	1	20	35	1.60
43298430--43298466	4	9.2	4	87	0	56	70	0	29	0	0.88
43299525--43299572	6	7.8	6	83	2	60	16	20	16	45	1.85
43299735--43299779	18	2.5	18	81	0	54	40	13	13	33	1.83
43312549--43312616	33	2.1	33	94	0	118	20	20	25	33	1.97
43313306--43313696	124	3.1	125	83	5	506	29	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43313753--43313874	34	3.8	32	76	13	124	46	12	0	40	1.47
43313754--43313854	35	3.0	34	83	8	125	45	12	0	41	1.42
43313903--43313985	42	2.0	42	90	4	132	44	27	2	25	1.66
43317562--43317594	16	2.1	16	100	0	66	33	0	18	48	1.48
43321537--43321641	47	2.2	47	86	0	147	20	9	21	48	1.77
43322882--43323014	46	2.9	47	87	3	180	33	25	20	21	1.97
43330124--43330219	27	3.6	27	88	2	122	41	16	13	28	1.86
43339649--43339718	30	2.3	30	90	0	104	14	27	30	28	1.95
43340827--43340888	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
43341082--43341164	25	3.4	25	75	9	89	34	21	22	20	1.96
43341041--43341160	50	2.4	49	84	4	152	30	23	23	22	1.99
43347125--43347332	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
43347225--43347332	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
43355239--43355446	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
43355339--43355446	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
43360131--43360240	25	4.4	25	74	12	93	30	20	24	25	1.99
43360131--43360254	50	2.5	50	85	3	153	30	18	25	25	1.98
43362718--43362781	23	2.8	23	95	0	119	23	21	29	25	1.99
43375515--43375583	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
43378119--43378338	40	5.6	40	80	5	225	25	23	25	24	2.00
43385067--43385188	38	3.2	38	80	6	138	21	20	26	31	1.98
43394828--43394898	21	3.2	21	68	24	65	38	25	14	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43394810--43394898	45	2.0	45	93	0	151	38	24	13	23	1.91
43396827--43396896	21	3.2	21	64	18	52	40	24	12	22	1.89
43396814--43396900	45	1.9	45	95	0	156	36	25	12	25	1.91
43399592--43399660	33	2.3	30	79	18	88	52	14	4	28	1.61
43399602--43399667	33	2.0	33	96	0	123	50	12	7	30	1.67
43403212--43403297	45	1.9	45	95	0	154	38	23	11	26	1.89
43413449--43413609	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
43415162--43415267	33	3.2	33	83	5	124	27	26	23	22	2.00
43415210--43415281	33	2.3	30	81	13	76	29	27	22	20	1.99
43421541--43421591	19	2.7	20	80	17	63	66	3	5	23	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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