genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  102  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31331718--31331886	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
31344844--31345020	40	4.4	40	78	7	162	25	24	23	25	2.00
31346918--31347003	43	2.0	43	84	8	113	29	29	17	24	1.97
31349253--31349421	35	4.8	35	79	0	176	28	8	20	42	1.82
31349253--31349431	70	2.6	69	83	5	209	29	9	20	40	1.84
31352889--31352979	45	2.0	45	100	0	182	24	17	29	28	1.97
31354232--31354312	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
31354761--31354824	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
31354804--31355115	27	11.6	27	89	0	399	25	20	18	35	1.95
31354805--31355161	27	13.2	27	87	0	392	27	19	17	36	1.94
31354804--31355215	54	7.6	54	83	3	366	27	17	17	36	1.93
31355122--31355297	27	6.6	27	80	7	180	31	11	18	39	1.86
31355122--31355297	53	3.3	54	80	5	196	31	11	18	39	1.86
31355176--31355244	26	2.6	27	80	11	79	31	10	14	43	1.79
31356961--31357084	39	3.2	39	87	1	158	26	29	18	25	1.98
31360845--31360885	20	2.0	20	90	0	64	41	29	14	14	1.86
31360725--31360963	98	2.4	98	91	0	379	33	27	20	19	1.96
31361017--31361096	27	3.0	26	83	3	88	37	18	22	21	1.94
31361320--31361621	27	11.3	27	85	3	333	24	20	18	35	1.95
31361605--31361782	27	6.7	27	75	7	148	29	8	21	39	1.84
31363959--31364021	27	2.3	27	83	5	74	36	23	25	14	1.93
31364043--31364281	98	2.4	98	88	0	334	33	27	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31364638--31364907	27	10.0	27	88	1	353	25	20	17	36	1.94
31364898--31365077	27	6.7	27	74	11	156	30	8	19	41	1.82
31364639--31364941	81	3.7	78	79	5	268	27	18	16	37	1.93
31364655--31364995	54	6.3	52	78	8	247	27	16	18	37	1.92
31364873--31365077	80	2.6	80	82	4	191	29	10	18	41	1.83
31364898--31365082	53	3.5	53	79	10	189	30	8	19	41	1.82
31364898--31365082	80	2.3	80	84	5	239	30	8	19	41	1.82
31369553--31369759	35	5.9	35	79	0	216	27	9	21	41	1.84
31369553--31369754	105	1.9	104	83	6	255	28	8	20	42	1.82
31370969--31371001	17	1.9	17	100	0	66	36	0	18	45	1.49
31379349--31379522	40	4.4	39	75	7	136	27	22	27	22	1.99
31385620--31385892	48	5.7	48	86	0	366	24	17	30	27	1.97
31385620--31385892	144	1.9	144	87	4	408	24	17	30	27	1.97
31389689--31389872	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
31389729--31389917	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
31396264--31396447	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
31396304--31396492	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
31404838--31405024	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
31404861--31405024	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
31404861--31405058	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
31412406--31412592	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
31412429--31412592	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31412429--31412626	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
31419705--31419855	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
31427899--31427923	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
31428795--31428864	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
31434302--31434527	43	5.2	43	90	5	321	30	34	23	11	1.91
31435921--31435993	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
31440593--31440649	22	2.5	24	83	8	66	24	1	1	71	1.04
31440589--31440651	23	2.6	25	78	14	69	25	1	1	71	1.04
31442822--31442997	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
31442818--31442989	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
31445916--31445996	15	5.5	15	78	7	85	9	18	13	58	1.63
31445907--31445994	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
31448366--31448541	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
31448362--31448533	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
31452257--31452386	40	3.2	40	82	6	174	23	23	29	23	1.99
31473895--31474134	49	4.8	50	78	2	268	27	18	25	28	1.98
31477196--31477238	15	2.9	14	89	6	50	16	11	16	55	1.68
31477211--31477273	15	4.2	15	81	0	63	12	14	15	57	1.66
31480008--31480240	49	4.7	50	79	2	254	26	19	25	28	1.99
31491060--31491085	12	2.2	12	100	0	52	50	15	19	15	1.79
31495172--31495275	24	4.4	23	78	16	99	27	20	19	32	1.96
31497362--31497522	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31505202--31505337	29	4.7	29	88	3	166	25	30	15	28	1.96
31505177--31505337	58	2.8	58	81	0	160	24	32	15	26	1.95
31508982--31509122	40	3.5	40	80	4	167	24	24	22	27	2.00
31514690--31514728	18	2.2	18	100	0	78	28	30	10	30	1.90
31516818--31516962	40	3.6	40	80	6	159	23	24	23	28	2.00
31520527--31520606	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
31526921--31527145	40	5.6	40	84	2	281	33	29	19	18	1.95
31526921--31527145	120	1.9	120	88	1	344	33	29	19	18	1.95
31530061--31530268	40	5.2	40	80	2	213	25	21	26	26	2.00
31537300--31537354	28	2.0	28	96	0	101	30	12	5	50	1.63
31540377--31540419	22	2.0	22	86	4	61	41	0	2	55	1.12
31543166--31543259	47	2.0	46	91	2	152	15	9	21	53	1.71
31545589--31545652	7	9.0	7	75	21	62	25	1	1	71	1.03
31545590--31545658	18	4.1	17	75	22	74	24	1	1	72	1.01
31545589--31545658	25	2.8	24	79	14	88	25	1	1	71	1.03
31548208--31548245	18	2.1	18	90	0	58	21	39	23	15	1.92
31555233--31555450	27	8.1	27	83	3	235	31	20	7	40	1.80
31555233--31555450	54	4.1	54	84	2	262	31	20	7	40	1.80
31555242--31555450	81	2.6	80	87	3	285	32	20	7	40	1.79
31555779--31555838	27	2.3	27	85	2	77	23	21	18	36	1.95
31555961--31556022	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
31557033--31557090	30	1.9	30	100	0	116	32	3	36	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31558098--31558310	27	7.9	27	86	4	286	31	21	5	41	1.76
31558824--31558896	31	2.4	31	80	0	83	21	17	10	49	1.78
31560959--31560991	9	3.8	9	88	8	50	15	0	0	84	0.61
31560959--31560991	17	1.9	17	93	0	57	15	0	0	84	0.61
31562121--31562169	25	2.0	25	87	0	71	30	10	18	40	1.84
31568772--31568901	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
31568788--31568938	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
31568772--31568938	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
31573674--31573777	43	2.4	43	80	4	122	24	15	27	32	1.95
31574746--31574785	20	2.0	20	100	0	80	35	0	25	40	1.56
31576449--31576669	40	5.6	40	87	3	286	26	22	26	24	2.00
31583168--31583193	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
31584088--31584212	40	3.2	40	85	3	155	28	22	26	23	1.99
31587560--31587598	20	2.0	20	84	0	51	56	10	2	30	1.46
31591573--31591611	20	2.0	20	84	0	51	56	10	2	30	1.46
31599527--31599551	11	2.3	11	100	0	50	44	24	16	16	1.86
31601259--31601318	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
31603855--31603918	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
31604110--31604252	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
31604110--31604251	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
31604109--31604252	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
31604302--31604362	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31604405--31604452	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
31609394--31609425	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
31611067--31611332	47	5.7	48	77	10	223	29	19	28	22	1.98
31611067--31611332	140	1.9	141	84	5	360	29	19	28	22	1.98
31614159--31614330	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
31614164--31614334	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
31614738--31614797	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
31621704--31621873	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	21	1.98
31621699--31621870	46	3.7	46	78	14	210	29	28	20	21	1.98
31629227--31629396	93	1.8	93	89	2	270	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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