genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  166  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51854134--51854343	27	7.7	27	75	4	125	30	8	20	40	1.83
51854163--51854343	54	3.3	52	79	9	166	29	7	20	41	1.79
51854375--51854467	27	3.4	27	89	1	132	45	9	19	25	1.81
51854363--51854467	54	1.9	54	84	7	142	44	9	18	27	1.80
51854447--51854505	27	2.2	27	84	0	73	28	8	20	42	1.81
51856796--51856878	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
51857098--51857167	25	2.8	25	88	0	104	27	22	21	28	1.99
51857979--51858053	27	2.8	27	78	11	82	21	20	21	37	1.95
51858091--51858260	27	6.2	27	74	9	94	32	9	18	40	1.82
51858185--51858280	27	3.6	27	76	10	81	29	7	19	43	1.78
51858091--51858280	54	3.5	54	79	5	186	31	8	18	40	1.82
51858312--51858403	27	3.4	27	92	0	148	41	6	22	29	1.79
51858625--51858682	28	2.1	28	90	0	89	13	41	25	18	1.88
51860671--51860826	28	5.6	28	72	15	126	29	16	29	24	1.97
51860668--51860831	56	2.9	56	87	5	217	30	16	28	24	1.96
51860894--51861005	32	3.5	32	82	0	143	40	13	20	25	1.89
51861409--51861454	21	2.1	22	84	4	58	32	2	17	47	1.60
51861811--51861908	28	3.5	27	75	10	99	24	16	30	28	1.96
51861810--51861937	56	2.3	56	86	0	166	28	18	27	25	1.98
51861815--51861964	56	2.7	56	83	2	149	26	18	28	26	1.98
51863363--51863387	13	1.9	13	100	0	50	28	32	32	8	1.86
51865039--51865209	93	1.8	93	87	2	254	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51870798--51870843	21	2.1	22	84	4	58	32	2	17	47	1.60
51871207--51871297	28	3.2	28	75	6	103	25	15	30	28	1.96
51871202--51871326	56	2.2	56	84	0	160	28	18	27	25	1.98
51871202--51871353	56	2.7	56	82	2	153	27	17	28	26	1.97
51874494--51874668	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
51874501--51874672	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
51877254--51877325	33	2.1	34	82	2	83	26	20	26	26	1.99
51881060--51881109	20	2.5	20	96	3	91	48	4	10	38	1.56
51882141--51882249	57	1.9	57	98	0	209	26	13	16	43	1.85
51890137--51890289	42	3.6	42	80	9	152	31	22	14	32	1.94
51892219--51892321	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
51899108--51899422	24	13.1	24	96	0	558	20	18	25	36	1.95
51903497--51903599	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
51913024--51913057	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
51913239--51913272	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
51916977--51917163	6	30.8	6	75	14	170	48	13	17	20	1.81
51916977--51917163	30	6.4	30	84	9	251	48	13	17	20	1.81
51916977--51917163	85	2.2	85	96	0	347	48	13	17	20	1.81
51917281--51917346	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
51917299--51917354	27	2.1	27	83	6	69	37	21	23	17	1.94
51917305--51917362	27	2.1	27	81	6	64	37	27	18	15	1.92
51917519--51917577	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51917665--51917746	27	3.1	26	87	5	110	36	20	21	20	1.95
51917946--51918141	27	7.3	27	86	0	239	26	19	18	35	1.95
51918146--51918636	27	18.2	27	85	2	601	41	9	21	27	1.84
51928461--51928519	31	1.9	31	92	0	100	33	27	10	28	1.89
51934331--51934361	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
51936678--51936780	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
51944403--51944533	29	4.6	29	78	5	104	23	33	16	26	1.95
51944441--51944533	29	3.2	28	84	3	114	23	27	16	32	1.96
51949753--51949791	21	1.9	20	94	5	69	17	30	41	10	1.83
51950947--51951217	99	2.8	96	78	11	272	25	30	18	25	1.98
51955487--51955552	34	1.9	34	81	6	80	30	24	19	25	1.98
51961451--51961564	31	3.7	31	92	3	187	23	25	17	33	1.96
51961771--51961826	26	2.2	25	78	12	60	35	17	19	26	1.94
51961784--51961845	26	2.4	26	83	5	72	35	16	25	22	1.94
51966650--51966749	51	2.0	51	83	0	128	25	17	27	31	1.97
51967715--51967768	2	27.0	2	92	0	90	50	1	1	46	1.23
51968409--51968482	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51972588--51972623	13	2.8	13	86	0	54	50	22	11	16	1.77
51977127--51977153	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
51988319--51988370	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
51988942--51989060	27	4.4	27	88	0	157	24	20	20	35	1.96
51994945--51995047	29	3.6	28	79	7	100	29	32	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52002969--52003071	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
52005796--52006020	40	5.6	40	82	3	272	24	22	27	26	2.00
52005796--52006020	83	2.8	80	87	4	326	24	22	27	26	2.00
52013454--52013709	49	5.3	49	94	1	439	32	7	30	30	1.86
52016008--52016403	39	10.1	40	94	1	660	24	20	29	25	1.99
52019935--52020190	49	5.3	49	94	1	439	32	7	30	30	1.86
52024403--52024626	40	5.6	40	86	4	317	22	23	28	25	1.99
52024403--52024626	82	2.8	80	90	6	371	22	23	28	25	1.99
52028475--52028507	13	2.6	13	85	4	50	45	24	0	30	1.53
52030954--52031128	56	3.1	57	82	6	162	36	24	12	26	1.91
52037761--52037832	26	2.8	26	83	6	94	25	22	23	29	1.99
52037865--52037937	21	3.5	21	84	3	85	34	17	10	36	1.85
52037879--52037945	10	6.6	10	83	6	82	32	19	10	37	1.86
52040505--52040605	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
52044178--52044215	19	2.0	19	94	0	67	39	5	23	31	1.77
52054726--52054795	25	2.8	25	73	0	68	25	18	24	31	1.98
52067059--52067143	44	1.9	44	90	0	134	20	20	29	30	1.97
52071898--52071962	20	3.2	20	73	16	62	13	36	13	35	1.85
52071883--52072092	40	5.2	40	82	0	249	15	29	18	37	1.91
52071909--52072093	20	9.2	20	67	11	110	14	28	18	37	1.91
52072001--52072117	40	2.9	40	82	5	103	16	29	19	35	1.94
52074889--52074946	30	1.9	30	85	3	80	31	22	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52084427--52084480	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
52087329--52087367	20	1.9	20	84	5	51	28	0	12	58	1.34
52089377--52089434	30	1.9	30	89	0	89	29	32	22	15	1.95
52095552--52095590	20	1.9	21	85	15	55	58	0	10	30	1.31
52097261--52097324	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
52097535--52097696	26	6.3	26	90	3	242	27	22	20	29	1.99
52097749--52097820	20	3.7	20	87	7	96	33	19	9	37	1.85
52101279--52101540	48	5.7	48	78	10	278	31	15	22	30	1.95
52101249--52101579	133	2.5	133	90	0	545	31	15	23	29	1.95
52101514--52101590	38	2.0	38	89	0	118	31	15	24	28	1.96
52104841--52104882	15	2.8	15	92	0	66	16	14	14	54	1.71
52104839--52104892	15	3.5	15	85	10	65	14	12	18	53	1.72
52107691--52107852	38	4.0	38	75	16	137	30	13	25	30	1.94
52107639--52107845	85	2.4	85	92	0	342	30	13	24	31	1.93
52111682--52111774	46	2.0	47	87	6	136	19	20	20	39	1.92
52119977--52120108	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
52125486--52125651	40	4.2	40	82	3	176	24	27	21	25	1.99
52126448--52126493	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
52133044--52133210	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
52133044--52133210	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
52134036--52134081	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
52134497--52134568	29	2.5	29	97	0	135	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52140069--52140233	42	3.9	42	76	10	131	30	26	13	28	1.94
52143652--52143834	48	3.9	48	74	9	162	26	19	26	27	1.99
52148928--52148957	13	2.3	13	94	0	51	46	10	10	33	1.71
52149986--52150020	18	1.9	18	100	0	70	31	5	0	62	1.18
52155676--52155783	26	4.2	26	92	0	171	36	23	7	33	1.83
52155676--52155783	52	2.1	52	94	3	191	36	23	7	33	1.83
52157415--52157561	24	6.2	24	83	5	156	37	19	20	23	1.94
52157423--52157563	72	2.0	69	83	4	174	37	19	20	22	1.94
52169056--52169082	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
52178984--52179022	20	1.9	21	84	5	53	51	5	0	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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