genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.363.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  363  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113992911--113993390	248	1.9	248	92	0	800	34	10	17	37	1.83
113993483--113993646	42	3.9	42	79	4	195	31	14	23	30	1.94
113993483--113993646	85	1.9	84	83	3	213	31	14	23	30	1.94
113998456--113998499	23	1.9	23	86	9	63	31	6	22	38	1.81
114003276--114003357	28	2.9	28	83	0	101	28	15	19	36	1.93
114006970--114007054	39	2.2	40	82	2	100	65	7	1	25	1.25
114007052--114007106	29	2.0	27	85	7	74	67	0	1	30	1.01
114007070--114007114	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
114009999--114010029	6	5.2	6	92	0	53	0	48	16	35	1.46
114012229--114012464	113	2.1	113	98	0	454	33	16	4	45	1.66
114027870--114027932	30	2.1	30	85	2	83	46	3	7	42	1.49
114030470--114030523	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
114030682--114030767	28	3.0	29	72	14	81	68	0	4	26	1.09
114030726--114030854	15	8.9	14	73	18	79	66	1	6	25	1.24
114030726--114030853	58	2.2	59	80	8	138	66	1	6	25	1.24
114031216--114031287	35	2.1	34	87	7	101	52	9	18	19	1.72
114031388--114031423	5	6.8	5	87	12	54	80	2	0	16	0.83
114031791--114032196	84	4.8	84	78	9	242	21	22	22	33	1.97
114031902--114032876	84	11.6	84	87	2	1307	19	22	21	36	1.95
114032166--114032315	44	3.5	44	65	18	109	18	22	23	36	1.95
114031983--114032878	251	3.6	252	89	2	1372	19	22	21	36	1.95
114032469--114032605	40	3.4	39	66	23	102	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114031981--114032876	418	2.1	419	88	1	1332	18	22	21	36	1.95
114034684--114034717	11	3.1	11	86	0	50	0	17	2	79	0.86
114039106--114039156	24	2.0	26	92	7	88	56	15	11	15	1.66
114038933--114039341	207	2.0	207	99	0	809	39	19	13	27	1.90
114039518--114039582	23	2.7	23	81	11	69	63	6	1	29	1.28
114039750--114039816	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
114039777--114039863	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
114039775--114039903	15	8.9	14	72	18	70	65	1	6	25	1.26
114039796--114039903	29	3.8	28	73	22	73	64	1	7	25	1.30
114040436--114040464	15	1.9	15	100	0	58	68	0	3	27	1.05
114040437--114040480	5	8.4	5	80	9	52	75	2	2	20	1.03
114040679--114040703	10	2.5	10	100	0	50	80	0	12	8	0.92
114043644--114043876	41	5.5	42	75	6	200	29	26	17	27	1.97
114050441--114050482	17	2.3	19	88	8	61	21	2	7	69	1.25
114050954--114050999	22	2.1	22	88	8	67	36	2	0	60	1.09
114057966--114058085	60	2.0	60	100	0	240	28	10	11	50	1.71
114061686--114061712	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
114063520--114063555	17	2.0	18	89	10	56	52	2	16	27	1.57
114064872--114064939	20	3.4	20	70	8	57	35	17	36	10	1.84
114064873--114064949	40	1.9	40	83	0	100	36	16	35	11	1.86
114068911--114069062	76	2.0	76	97	0	286	29	24	13	32	1.94
114070307--114070346	20	2.0	20	90	0	62	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114070607--114070675	31	2.3	30	82	5	84	31	4	15	47	1.65
114070623--114070692	31	2.3	31	80	4	81	37	5	11	45	1.64
114071554--114071991	3	146.3	3	67	16	81	61	3	7	27	1.40
114071554--114071608	22	2.5	21	82	11	65	67	0	5	27	1.12
114071827--114071879	23	2.3	23	83	0	61	56	1	7	33	1.38
114071863--114071909	19	2.4	19	73	16	51	68	0	6	25	1.13
114072915--114073009	45	2.1	47	84	11	126	61	0	0	38	0.96
114072958--114073011	28	1.9	28	81	7	65	57	0	0	42	0.98
114073028--114073085	26	2.1	27	87	9	91	62	1	8	27	1.35
114073035--114073089	26	2.1	26	100	0	110	61	0	7	30	1.23
114073861--114073901	19	2.2	19	90	0	64	65	0	9	24	1.22
114091963--114092030	31	2.2	31	78	5	75	19	5	7	67	1.36
114096503--114096579	26	2.9	26	77	11	84	38	9	18	33	1.82
114098756--114098944	40	4.8	40	79	5	170	23	29	24	22	1.99
114098792--114098945	79	1.9	80	83	6	197	24	29	23	22	1.99
114106907--114107095	40	4.8	40	80	3	177	23	30	24	21	1.99
114106944--114107096	79	1.9	80	82	6	195	24	29	23	22	1.99
114110707--114110770	31	2.1	31	93	0	110	21	21	17	39	1.93
114110961--114111079	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
114110961--114111079	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
114111130--114111189	20	3.0	20	90	0	102	33	20	8	38	1.82
114132929--114132965	15	2.5	15	90	0	56	5	0	13	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114133934--114134237	91	3.3	90	76	10	312	42	19	5	32	1.75
114134833--114135109	96	3.0	96	71	17	307	38	13	3	43	1.62
114134857--114135024	81	2.1	81	89	0	255	39	12	3	44	1.60
114138843--114138885	21	2.0	21	100	0	86	32	18	13	34	1.90
114139395--114139463	36	1.9	36	100	0	138	56	11	14	17	1.67
114141477--114141518	23	1.9	22	81	18	52	26	7	7	59	1.50
114152544--114152984	221	2.0	222	82	3	548	38	14	17	29	1.89
114155986--114156046	26	2.4	26	88	2	88	39	6	21	32	1.79
114157429--114157487	21	2.8	22	82	7	68	40	15	15	28	1.87
114157841--114157877	19	1.9	19	94	0	65	40	13	5	40	1.67
114164188--114164273	45	1.9	45	92	0	145	25	12	25	36	1.92
114165862--114165896	13	2.7	13	95	0	61	25	37	34	2	1.71
114174735--114174797	30	2.1	31	87	3	92	25	23	12	38	1.90
114174821--114174910	42	2.1	42	83	4	110	40	22	12	25	1.88
114175054--114175218	23	7.1	23	89	4	260	27	21	22	27	1.99
114175054--114175220	70	2.4	70	91	3	266	27	21	22	28	1.99
114175277--114175333	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
114175265--114175335	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
114175270--114175324	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
114175372--114175418	24	2.0	24	91	0	76	25	14	25	34	1.94
114176585--114176672	27	3.3	27	90	3	133	18	25	20	36	1.95
114176788--114176955	54	3.1	54	82	6	196	30	8	22	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114176703--114176955	27	9.3	27	76	5	170	32	10	20	36	1.86
114176933--114177171	27	8.9	27	85	1	291	41	8	22	26	1.83
114176932--114177171	81	3.0	81	85	6	324	41	8	22	27	1.83
114177167--114177276	27	4.0	27	73	13	91	31	10	20	38	1.85
114180059--114180121	30	2.1	31	87	3	92	25	23	12	38	1.90
114180145--114180234	42	2.1	42	81	4	101	40	23	12	24	1.89
114180378--114180543	23	7.1	23	91	2	269	27	21	22	27	1.99
114180376--114180543	47	3.6	47	94	0	284	27	22	22	27	1.99
114180378--114180545	70	2.4	71	92	2	277	27	21	23	27	1.99
114180602--114180658	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
114180590--114180660	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
114180595--114180649	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
114180697--114180744	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
114181913--114182000	27	3.3	27	90	3	133	18	25	20	36	1.95
114182031--114182269	27	8.8	27	76	3	194	32	10	19	37	1.86
114182261--114182499	27	8.9	27	86	1	291	42	9	22	26	1.83
114182496--114182557	27	2.3	27	86	5	81	29	11	22	37	1.89
114184520--114184634	43	2.7	44	82	5	128	26	17	25	31	1.97
114193238--114193391	28	5.4	28	72	3	128	18	19	33	29	1.95
114193264--114193418	29	5.4	28	72	3	112	18	17	34	29	1.94
114193236--114193418	57	3.2	57	90	0	285	18	18	33	29	1.95
114195591--114195677	40	2.2	40	83	4	104	21	18	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114195645--114195760	41	2.8	41	84	5	153	24	16	27	31	1.96
114200108--114200184	13	5.9	13	83	6	93	31	6	25	36	1.82
114201999--114202269	137	2.0	137	98	0	524	30	25	19	24	1.98
114204054--114204163	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
114206153--114206189	19	2.0	19	89	5	58	8	18	2	70	1.25
114206598--114206735	9	14.9	9	66	19	52	34	2	2	60	1.27
114206614--114206647	17	2.0	17	88	11	52	35	0	2	61	1.11
114206645--114206739	28	3.4	27	71	13	77	35	4	2	57	1.30
114212426--114212544	33	3.5	33	83	7	141	49	16	20	13	1.79
114213712--114213750	20	2.0	20	85	10	53	28	5	38	28	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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