genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  235  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73205134--73205296	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
73208931--73209104	27	6.4	27	69	7	93	20	25	12	41	1.88
73208945--73209104	54	3.0	53	75	7	135	21	25	11	41	1.87
73209302--73209391	27	3.3	27	76	3	99	27	23	14	34	1.94
73212365--73212513	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
73212406--73212513	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
73213381--73213426	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73218747--73218876	40	3.2	40	82	4	156	23	28	25	23	1.99
73231514--73231606	35	2.7	35	81	6	91	21	1	35	41	1.60
73231493--73231609	7	17.0	7	70	16	66	19	0	35	43	1.57
73231541--73231599	21	2.8	21	84	2	73	20	1	37	40	1.63
73231550--73231626	35	2.2	34	90	6	120	14	2	38	44	1.59
73231824--73232105	123	2.3	122	85	2	361	35	11	26	26	1.91
73231824--73232177	123	2.9	122	80	5	308	33	12	26	27	1.92
73233483--73233509	5	5.4	5	100	0	54	40	18	0	40	1.51
73235019--73235157	37	3.5	36	70	23	109	33	6	2	58	1.36
73234850--73235119	104	2.6	105	92	2	445	34	4	3	57	1.37
73235024--73235189	85	2.0	85	93	0	287	34	6	3	54	1.44
73235019--73235157	42	3.3	42	68	20	117	33	6	2	58	1.36
73235455--73235573	18	7.1	18	67	19	78	47	15	0	36	1.45
73235447--73235560	47	2.4	47	98	0	219	48	14	0	36	1.45
73235461--73235577	9	13.0	9	71	15	64	47	16	0	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73241398--73241448	19	2.9	17	78	16	59	39	0	0	60	0.97
73242293--73242357	27	2.4	27	89	0	103	36	20	10	32	1.87
73242270--73242367	27	3.6	26	76	10	81	37	23	10	28	1.87
73242406--73242850	27	16.2	27	81	3	512	37	18	19	23	1.94
73242436--73242509	35	2.1	35	89	0	112	40	20	16	22	1.91
73242467--73242865	81	4.9	81	91	0	627	36	19	20	23	1.95
73243275--73243467	6	31.3	6	70	16	101	20	19	12	47	1.81
73243306--73243397	19	4.6	19	74	21	80	20	20	11	46	1.82
73243275--73243342	25	2.7	25	83	0	91	19	20	14	45	1.85
73243276--73243467	62	3.1	62	84	2	244	19	19	13	47	1.81
73243305--73243379	37	2.0	37	86	0	105	18	20	16	45	1.86
73243338--73243401	25	2.6	25	82	0	83	23	20	9	46	1.79
73243365--73243446	37	2.2	37	80	0	101	20	18	10	50	1.77
73243455--73243488	18	1.9	17	88	5	50	23	11	14	50	1.76
73247063--73247256	40	4.9	39	87	1	253	24	31	20	23	1.98
73255324--73255516	39	4.9	39	88	0	251	23	31	21	23	1.98
73255354--73255516	39	4.2	39	91	0	263	24	31	20	23	1.98
73257223--73257350	40	3.2	40	91	2	195	22	22	28	25	1.99
73265325--73265541	40	5.5	40	89	3	298	22	23	29	25	1.99
73265325--73265541	79	2.7	80	87	6	291	22	23	29	25	1.99
73265325--73265541	119	1.8	119	86	4	312	22	23	29	25	1.99
73268242--73268275	16	2.1	17	88	5	52	38	0	29	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73269585--73269628	21	2.1	21	83	8	54	34	15	45	4	1.67
73285241--73285422	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
73285271--73285425	39	3.9	39	93	0	256	24	31	20	23	1.98
73292013--73292139	40	3.2	40	79	2	139	24	24	28	22	2.00
73293745--73293950	40	5.2	40	81	2	236	26	27	22	23	2.00
73297405--73297534	66	1.9	68	84	7	174	33	16	30	20	1.95
73304180--73304303	39	3.2	38	81	3	142	36	30	15	17	1.91
73308671--73308801	29	4.5	29	77	5	113	24	16	32	26	1.96
73317678--73317740	15	4.1	15	75	13	58	31	22	6	39	1.79
73322544--73322606	26	2.4	26	83	0	81	15	15	28	39	1.89
73322590--73322692	29	3.6	29	82	2	118	27	13	26	33	1.94
73326797--73327021	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.90
73327016--73327145	40	3.2	40	83	4	165	23	24	29	23	1.99
73338441--73338665	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.90
73338660--73338789	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73343538--73343581	20	2.1	21	87	4	63	43	15	13	27	1.85
73344841--73344870	12	2.5	12	88	0	51	6	0	76	16	0.99
73350217--73350528	47	6.6	47	75	11	248	24	30	19	25	1.98
73350233--73350526	141	2.1	140	81	6	326	23	30	19	26	1.98
73352144--73352264	54	2.2	53	81	7	136	38	20	20	20	1.94
73367414--73367554	70	2.0	70	98	0	273	29	17	21	31	1.96
73368520--73368557	18	2.1	18	100	0	76	47	0	21	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73369527--73369756	53	4.3	54	83	1	239	37	18	24	19	1.94
73372899--73373090	40	4.8	40	76	6	176	23	28	22	25	2.00
73372944--73373090	79	1.9	80	84	7	201	23	27	22	25	2.00
73375077--73375244	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
73375077--73375244	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
73383433--73383493	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
73388168--73388349	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
73388168--73388349	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
73396735--73396941	40	5.2	39	83	2	209	25	26	23	25	2.00
73396735--73396940	79	2.6	79	82	3	243	25	26	23	25	2.00
73407146--73407209	33	1.9	33	96	0	119	23	15	25	35	1.94
73408295--73408445	75	2.0	75	90	0	239	23	9	32	34	1.88
73416016--73416176	41	4.0	41	79	9	143	30	24	15	29	1.96
73416063--73416206	40	3.6	40	83	4	166	29	25	15	29	1.96
73416017--73416175	81	1.9	83	82	7	200	30	25	15	28	1.96
73416105--73416236	40	3.3	40	85	6	135	34	24	12	28	1.92
73420425--73420616	79	2.4	81	82	6	232	24	27	22	25	2.00
73420425--73420616	40	4.8	40	81	7	178	24	27	22	25	2.00
73431746--73431884	40	3.5	40	85	6	151	24	28	23	23	1.99
73431730--73431937	79	2.6	81	81	8	232	25	26	22	24	2.00
73434536--73434646	23	4.7	24	77	15	108	35	18	23	23	1.96
73447215--73447382	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73455265--73455432	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
73458561--73458703	37	3.9	37	93	1	225	25	31	18	23	1.98
73458849--73459129	48	5.8	48	91	2	456	31	27	7	34	1.84
73459099--73459292	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
73459192--73459263	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
73459052--73459292	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
73461998--73462067	27	2.7	26	84	8	90	21	24	20	34	1.97
73473009--73473058	26	2.0	26	84	11	68	34	2	12	52	1.50
73477729--73478148	47	9.0	47	89	0	626	32	11	29	26	1.91
73477750--73478156	187	2.2	187	93	1	611	32	11	29	26	1.92
73478321--73478497	37	4.8	37	93	0	291	23	19	31	25	1.98
73479759--73480003	80	3.1	80	90	0	364	26	22	26	24	2.00
73479759--73479990	40	5.8	40	84	0	302	26	22	26	24	2.00
73484048--73484374	47	7.0	47	87	0	438	32	11	28	26	1.91
73484263--73484338	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
73484537--73484725	37	5.1	37	94	0	315	22	20	32	24	1.97
73485635--73485713	35	2.2	36	93	6	144	40	2	26	30	1.69
73486380--73486451	20	3.7	21	83	10	82	56	4	0	38	1.18
73486381--73486493	19	5.6	20	76	20	103	53	3	0	42	1.24
73495972--73496168	40	4.9	41	82	7	140	22	25	23	28	1.99
73495999--73496205	80	2.6	79	81	2	234	24	26	23	26	2.00
73496016--73496205	40	4.7	40	86	0	182	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73501685--73501715	15	2.1	15	100	0	62	12	12	9	64	1.50
73504031--73504250	40	5.5	40	84	4	239	23	25	24	26	2.00
73507241--73507266	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
73507704--73507772	23	2.9	24	74	8	70	21	23	20	34	1.96
73507938--73508017	19	4.2	19	74	4	63	33	10	17	38	1.83
73511495--73511528	14	2.4	14	95	0	59	26	5	11	55	1.58
73513755--73513785	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
73515052--73515085	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
73518721--73518914	39	4.9	39	89	0	244	24	20	31	23	1.98
73518738--73518952	78	2.7	78	83	5	209	25	21	31	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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