genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  253  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78946396--78946450	7	7.4	7	78	10	56	47	0	0	52	1.00
78946402--78946487	30	2.9	30	80	19	101	43	0	0	56	0.99
78953230--78953355	46	2.7	46	93	0	207	21	22	26	30	1.99
78958221--78958369	40	3.7	40	83	0	172	24	26	22	26	2.00
78958193--78958366	80	2.2	80	81	3	199	25	25	21	27	1.99
78966378--78966543	39	4.2	40	80	4	178	25	27	21	25	2.00
78966369--78966543	79	2.2	79	81	3	201	25	26	21	25	2.00
78969681--78969710	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
78978865--78978984	43	2.8	42	82	2	150	30	25	13	30	1.94
78978865--78978991	42	3.0	42	79	6	148	30	25	12	31	1.93
78989540--78989581	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
79000048--79000085	19	2.0	20	89	5	60	76	2	2	18	1.02
79009267--79009411	47	3.1	47	88	2	211	30	10	13	46	1.76
79010190--79010367	45	4.0	45	91	0	284	23	19	28	29	1.98
79010211--79010397	45	4.2	44	88	2	198	24	19	27	28	1.98
79010898--79010930	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
79012070--79012104	18	2.0	18	94	5	63	48	5	28	17	1.69
79016803--79016857	28	2.0	28	88	0	83	30	9	10	49	1.69
79020442--79020571	40	3.2	40	83	4	165	21	26	29	23	1.99
79031694--79031802	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
79031694--79031802	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
79033544--79033721	45	4.0	45	96	0	320	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79035780--79035997	29	7.5	29	86	3	287	27	16	29	26	1.96
79037597--79037630	16	2.0	18	88	11	54	23	20	11	44	1.84
79052017--79052211	39	4.9	39	90	0	273	22	20	32	25	1.98
79055829--79055872	2	21.5	2	90	4	70	50	2	0	47	1.13
79058868--79058899	14	2.3	14	100	0	64	46	6	12	34	1.67
79062691--79062760	25	2.8	24	75	12	68	37	15	22	24	1.93
79064142--79064293	39	3.8	40	85	6	191	23	28	23	24	2.00
79069737--79069920	78	2.3	82	83	8	236	26	27	22	23	1.99
79069737--79069921	40	4.7	40	84	7	216	26	27	22	23	1.99
79077873--79078091	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
79077887--79078091	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
79078798--79078829	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
79082592--79082641	20	2.5	20	96	0	91	22	34	30	14	1.93
79085628--79085672	17	2.7	17	77	16	58	17	4	2	75	1.07
79085714--79085773	3	19.0	3	83	10	57	26	3	8	61	1.40
79088953--79089021	34	2.0	34	97	0	129	39	11	33	15	1.84
79091866--79091953	46	1.9	46	88	4	133	31	17	26	25	1.97
79092253--79092447	89	2.2	89	81	5	216	27	18	24	28	1.98
79092330--79092612	143	2.0	143	83	4	356	32	19	21	26	1.97
79094273--79094329	3	19.0	3	96	0	105	31	0	1	66	1.02
79094649--79094700	18	2.8	19	77	11	63	17	5	1	75	1.10
79094742--79094916	3	56.3	3	88	6	224	28	2	5	63	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79094750--79094916	72	2.3	72	100	0	334	28	2	5	62	1.31
79095918--79095974	23	2.3	23	85	8	69	14	29	21	35	1.92
79103728--79103934	24	8.6	24	94	0	333	35	25	18	20	1.95
79109882--79109944	32	2.0	32	100	0	126	34	25	6	33	1.81
79118480--79118520	20	2.2	18	86	8	55	36	24	0	39	1.56
79118725--79118764	13	3.1	13	88	0	62	30	7	22	40	1.81
79127873--79127942	27	2.5	28	88	2	106	30	27	14	28	1.95
79129795--79129919	47	2.7	46	81	9	137	28	16	29	24	1.97
79131293--79131465	93	1.9	93	83	0	229	28	28	19	23	1.98
79132771--79132893	47	2.6	47	82	8	142	29	19	28	22	1.98
79134427--79134556	39	3.3	39	79	0	152	34	18	13	33	1.89
79140167--79140218	26	2.0	26	96	0	95	38	28	15	17	1.90
79142608--79142725	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79142576--79142739	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79150186--79150303	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79150154--79150317	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79153993--79154064	22	3.5	22	66	26	57	45	20	2	30	1.65
79153976--79154044	17	3.9	16	70	26	50	44	21	1	31	1.61
79153926--79154071	39	3.7	39	90	0	220	43	20	3	32	1.68
79160199--79160259	21	3.0	20	79	13	70	14	27	32	24	1.95
79164250--79164280	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
79164360--79164430	15	4.6	15	72	16	56	47	0	2	49	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79164890--79164919	14	2.1	14	100	0	60	40	13	6	40	1.71
79165102--79165129	13	2.2	13	100	0	56	53	0	14	32	1.41
79166955--79166985	6	5.2	6	96	0	53	35	0	0	64	0.94
79170582--79170634	26	2.0	27	81	3	63	37	22	7	32	1.82
79176840--79177058	40	5.5	40	92	2	345	23	22	27	26	2.00
79179144--79179176	16	2.1	16	88	5	50	75	9	6	9	1.18
79180090--79181049	177	5.4	177	85	3	1200	28	25	17	29	1.97
79180710--79180805	44	2.2	45	84	1	122	30	22	16	30	1.96
79182302--79182344	22	1.9	23	90	4	70	16	2	9	72	1.21
79182325--79182404	13	6.4	12	72	20	58	16	2	2	78	0.96
79182324--79182402	15	5.0	15	73	15	70	16	2	2	78	0.97
79182327--79182403	27	2.9	27	73	21	72	15	2	2	79	0.96
79187633--79187657	13	1.9	13	100	0	50	56	16	8	20	1.65
79187974--79188007	15	2.3	15	89	0	50	58	0	2	38	1.13
79189112--79189141	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
79189565--79189609	6	7.5	6	87	0	63	60	0	26	13	1.34
79191449--79191512	3	21.0	3	96	3	119	65	1	0	32	1.02
79193347--79193668	91	3.6	89	78	6	307	37	17	14	31	1.89
79193576--79193744	73	2.3	74	82	2	205	33	18	16	31	1.93
79193723--79193758	14	2.6	14	95	0	63	52	5	19	22	1.66
79193648--79193812	89	1.9	89	93	0	285	31	21	17	29	1.96
79193528--79193906	162	2.4	161	90	2	609	34	20	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79193741--79193885	73	2.0	73	93	0	245	31	22	17	28	1.96
79196255--79196290	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
79196286--79196314	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
79196255--79196310	12	4.2	13	88	11	71	69	0	0	30	0.89
79198101--79198267	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
79208207--79208240	13	2.6	13	85	0	50	82	8	8	0	0.85
79208302--79208371	36	1.9	36	94	0	122	48	20	14	17	1.81
79210928--79210966	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
79210943--79210978	12	3.3	11	88	11	56	61	0	0	38	0.96
79211179--79211209	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
79213054--79213227	68	2.5	68	94	0	303	41	18	14	25	1.89
79213279--79213679	71	5.5	72	77	8	328	30	22	16	29	1.96
79213706--79213840	72	1.9	72	90	0	216	28	21	17	31	1.96
79213396--79213931	151	3.4	160	92	3	840	31	21	17	29	1.96
79213778--79214020	89	2.7	89	91	0	387	32	18	17	30	1.95
79213957--79214090	71	1.9	71	90	0	214	29	20	17	32	1.96
79213868--79214181	161	2.0	160	92	0	529	31	19	18	30	1.96
79213617--79214188	250	2.3	250	95	0	1011	32	19	18	29	1.95
79226752--79226892	49	3.0	46	77	14	114	56	2	4	36	1.31
79226835--79226873	20	2.0	20	90	10	62	61	2	0	35	1.10
79226850--79226885	12	3.3	11	88	11	56	61	0	0	38	0.96
79227087--79227117	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79227666--79227833	86	1.9	87	95	3	304	32	17	44	5	1.71
79229954--79230000	20	2.4	21	82	13	64	55	4	10	29	1.53
79230324--79230368	24	1.9	24	86	4	65	62	0	6	31	1.21
79230474--79230563	3	29.7	3	91	6	146	65	0	3	31	1.09
79230562--79230599	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
79232070--79232186	44	2.7	43	84	7	146	25	25	23	25	2.00
79232259--79232654	44	8.7	44	68	9	125	28	22	19	30	1.98
79232117--79232602	232	2.1	232	83	2	600	28	22	19	30	1.98
79232528--79232652	45	2.8	45	79	1	135	32	25	15	27	1.95
79239834--79239880	20	2.4	21	79	13	55	57	4	8	29	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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