genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  290  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90476049--90476081	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
90487125--90487270	40	3.7	40	81	7	127	24	19	26	28	1.99
90494592--90494912	48	6.7	49	75	7	239	28	19	28	23	1.98
90494645--90494912	96	2.8	93	86	3	293	28	19	28	23	1.98
90494595--90494912	144	2.2	143	82	5	365	28	19	28	23	1.98
90499442--90499954	47	11.0	47	89	0	760	31	12	29	26	1.92
90499469--90499544	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
90499562--90499636	23	3.1	25	63	24	61	29	13	33	24	1.93
90499722--90499847	25	5.3	25	63	21	72	31	11	27	28	1.92
90499843--90499918	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
90500117--90500268	37	4.1	36	90	3	223	21	21	32	25	1.98
90514883--90514925	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
90514947--90514987	21	2.0	21	86	13	59	36	9	9	43	1.71
90522937--90523248	49	6.6	46	73	8	155	29	18	28	23	1.98
90522926--90523239	140	2.2	140	80	7	341	29	18	28	22	1.98
90526786--90526834	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
90527660--90527826	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
90535676--90535842	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
90537244--90537466	79	2.8	79	84	8	290	24	27	22	25	2.00
90537242--90537466	119	1.9	120	82	8	289	24	27	22	24	2.00
90537223--90537466	40	6.1	40	84	6	277	24	27	22	25	2.00
90541183--90541219	18	2.1	18	94	0	65	45	2	29	21	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90542092--90542158	29	2.2	29	84	5	80	32	10	13	43	1.78
90542113--90542171	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
90542117--90542180	29	2.2	29	83	8	76	31	10	12	45	1.77
90542315--90542400	31	2.9	30	78	3	93	34	15	12	37	1.85
90542353--90542422	29	2.3	29	82	4	77	40	15	10	34	1.81
90544113--90544211	37	2.6	37	87	3	135	34	28	0	37	1.58
90544398--90544436	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
90545401--90545448	17	2.9	17	78	3	53	66	2	0	31	1.03
90554690--90554771	45	1.9	42	87	9	121	45	3	14	36	1.63
90571927--90571962	15	2.3	16	95	4	65	63	13	0	22	1.29
90571943--90572005	24	2.6	24	87	0	99	55	20	0	23	1.43
90579571--90579609	15	2.6	15	100	0	78	41	7	25	25	1.82
90585874--90585947	37	2.0	37	97	0	139	20	13	25	40	1.89
90592940--90593018	39	2.0	39	100	0	158	35	7	24	32	1.83
90603834--90603865	2	16.0	2	93	0	55	3	0	46	50	1.17
90606523--90606679	43	3.7	42	82	4	163	29	15	24	31	1.95
90610230--90610410	39	4.6	39	84	3	213	24	21	30	23	1.99
90616042--90617094	526	2.0	526	99	0	2088	28	14	23	32	1.94
90620842--90620906	32	2.0	32	93	0	112	32	3	16	47	1.62
90621492--90621565	24	3.0	24	86	4	94	24	22	18	33	1.97
90621529--90621609	23	3.3	24	77	6	74	27	22	17	33	1.96
90621743--90621787	20	2.2	20	84	7	56	37	8	15	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90622564--90622631	30	2.3	30	87	5	93	17	19	29	33	1.95
90627592--90627742	39	3.9	39	90	1	216	23	31	20	23	1.98
90635519--90635740	40	5.7	40	87	9	334	25	27	22	24	2.00
90643454--90643484	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
90647592--90647857	46	5.7	46	71	15	215	24	19	26	29	1.98
90647589--90647806	47	4.7	47	73	16	195	24	19	26	28	1.99
90647589--90647852	93	2.8	93	88	4	381	23	19	27	29	1.98
90648082--90648119	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90648809--90648846	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
90647870--90649327	727	2.0	727	99	0	2853	32	12	20	35	1.89
90650496--90650527	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
90652844--90652889	8	5.8	8	100	0	92	63	0	0	36	0.95
90652893--90652930	20	1.9	20	89	10	60	73	0	15	10	1.09
90653661--90653718	27	2.1	28	84	9	75	36	0	24	39	1.55
90655648--90655689	12	3.5	12	87	9	59	54	4	0	40	1.21
90656560--90656648	46	1.9	47	84	6	119	26	0	7	65	1.20
90659276--90659416	43	3.3	43	87	2	194	34	24	17	24	1.96
90659343--90659497	43	3.7	41	83	9	154	30	22	16	29	1.96
90662852--90662932	40	2.0	40	82	0	99	24	27	20	27	1.99
90663007--90663054	23	2.0	24	88	4	71	20	14	14	50	1.78
90664406--90664449	24	1.9	22	81	9	52	47	15	13	22	1.81
90673790--90673919	47	2.8	46	80	10	156	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90673899--90673961	32	2.0	32	90	6	101	23	17	30	28	1.97
90680894--90681003	56	1.9	57	82	8	136	53	8	14	23	1.67
90689285--90689346	29	2.1	30	96	3	117	48	12	9	29	1.73
90692564--90692588	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90692748--90692809	14	4.4	14	79	6	54	40	38	0	20	1.53
90692749--90692807	21	2.8	21	75	10	50	40	38	0	20	1.53
90692748--90692835	14	6.3	13	74	12	52	40	38	0	20	1.53
90692890--90692941	14	3.7	14	76	0	50	48	23	0	28	1.51
90693163--90693263	40	2.5	41	85	3	150	15	19	25	38	1.92
90694611--90694778	46	3.6	45	75	12	144	29	20	27	22	1.98
90694611--90694829	46	4.7	45	73	15	135	28	19	29	22	1.98
90696675--90696700	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
90696724--90696931	41	5.1	40	83	6	181	37	23	21	16	1.93
90696795--90696931	41	3.4	41	91	1	213	36	25	23	14	1.93
90696778--90696931	82	1.9	82	85	5	213	35	24	24	16	1.95
90697099--90697179	21	3.7	21	75	12	81	28	1	24	45	1.61
90697102--90697195	46	2.0	46	93	0	161	29	2	23	44	1.65
90697770--90697832	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
90702105--90702175	37	1.9	37	88	0	106	18	22	32	26	1.97
90709850--90709915	32	2.1	32	100	0	132	37	19	6	36	1.77
90711633--90711944	48	6.5	48	79	3	299	28	21	27	22	1.99
90711629--90711943	144	2.2	144	86	2	427	28	20	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90717644--90717814	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
90717636--90717811	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
90720166--90720253	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
90720166--90720244	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
90720177--90720253	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
90723200--90723370	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
90723192--90723367	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
90729896--90730027	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
90737959--90738090	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
90740027--90740164	39	3.5	39	88	3	181	23	21	29	24	1.99
90747747--90747913	85	2.0	85	84	2	219	28	16	22	32	1.95
90754113--90754257	40	3.6	40	83	4	175	23	25	24	26	2.00
90759909--90760255	49	7.1	49	96	0	613	34	10	27	28	1.89
90760031--90760113	27	3.3	27	61	22	70	36	7	25	31	1.83
90760329--90760410	37	2.2	36	91	4	128	21	21	32	23	1.98
90763050--90763105	19	2.9	18	82	15	67	60	5	0	33	1.19
90763051--90763106	20	2.8	19	84	12	69	60	5	0	33	1.19
90764286--90764324	16	2.4	16	79	12	53	48	0	5	46	1.24
90764349--90764383	17	2.1	17	100	0	70	45	8	0	45	1.34
90766105--90766137	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
90766103--90766137	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
90766189--90766225	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90767249--90767274	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
90767875--90767959	18	4.8	18	86	4	120	40	10	12	36	1.78
90767866--90767960	35	2.7	35	93	1	154	40	9	13	36	1.77
90768280--90768310	12	2.5	13	89	10	55	35	0	0	64	0.94
90768278--90768386	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
90768275--90768305	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
90768326--90768432	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
90768765--90768808	3	14.3	3	95	4	79	34	0	0	65	0.93
90771787--90771813	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
90774307--90774339	11	3.1	11	91	4	50	87	0	12	0	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433