genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  228  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71090122--71090587	48	9.9	48	93	3	784	30	27	6	35	1.82
71090307--71090589	89	3.1	89	89	7	449	31	26	6	35	1.82
71094113--71094242	29	4.6	29	80	6	140	33	30	15	20	1.94
71094248--71094444	40	4.9	40	89	1	272	26	29	21	22	1.99
71102681--71102708	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71104675--71104814	37	3.8	37	90	3	219	25	31	19	23	1.98
71104951--71105287	48	6.9	48	93	2	566	30	28	6	35	1.82
71109730--71109945	112	1.9	112	84	0	288	41	16	12	30	1.85
71111589--71111621	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
71116666--71116722	29	2.0	29	89	3	89	21	17	22	38	1.93
71122601--71122626	8	3.2	8	100	0	52	38	0	34	26	1.57
71123306--71123356	18	2.8	19	70	11	61	47	3	7	41	1.51
71125141--71125203	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
71136868--71137720	44	19.4	44	64	16	279	33	21	22	22	1.97
71136812--71137842	88	11.8	88	87	2	1318	33	21	22	22	1.98
71136812--71137730	438	2.1	440	89	1	1387	33	21	22	22	1.97
71137692--71138024	44	8.1	37	67	23	148	30	21	21	26	1.98
71137781--71138108	44	7.6	43	73	6	209	30	22	21	25	1.99
71137703--71137938	122	1.9	124	87	8	352	29	22	23	25	1.99
71137703--71138108	86	4.8	86	79	5	323	30	22	21	25	1.99
71137867--71138114	130	1.9	130	89	1	390	31	21	20	26	1.98
71137867--71138180	130	2.4	130	83	6	379	31	22	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71138198--71138424	44	5.2	43	64	16	133	29	24	19	26	1.99
71138116--71138535	88	4.8	88	90	1	617	29	24	18	27	1.98
71138569--71138954	44	8.7	44	68	11	171	30	18	22	28	1.97
71140851--71140893	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
71141104--71141128	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
71147061--71147267	53	3.8	54	78	3	220	38	17	23	20	1.93
71148604--71148678	33	2.2	35	83	7	100	30	18	26	24	1.98
71149821--71150085	40	6.7	40	86	3	347	26	28	20	25	1.99
71149821--71150085	80	3.3	80	92	0	424	26	28	20	25	1.99
71152745--71152787	20	2.2	20	100	0	86	13	34	27	23	1.93
71156599--71156872	80	3.4	80	88	1	390	27	27	19	25	1.99
71156599--71156871	40	6.9	39	83	4	305	26	27	19	26	1.99
71156593--71156871	120	2.3	120	82	6	336	27	27	19	25	1.99
71181617--71181674	26	2.2	26	90	0	89	36	24	24	15	1.94
71181617--71181685	26	2.7	26	82	8	79	34	21	26	17	1.95
71185061--71185152	37	2.5	37	85	5	123	28	31	17	22	1.97
71185201--71185468	49	5.7	49	83	10	353	29	30	8	30	1.88
71185278--71185442	86	1.9	86	96	0	303	28	31	10	29	1.90
71188094--71188257	40	4.1	40	81	4	170	25	27	21	25	2.00
71188080--71188257	80	2.2	80	81	3	198	24	26	21	26	2.00
71189047--71189158	40	2.8	40	94	0	188	25	29	19	25	1.99
71190929--71191001	37	2.0	37	91	0	119	26	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71191064--71191491	49	8.7	49	94	0	721	30	31	8	30	1.87
71199256--71199913	94	7.0	94	94	0	1136	30	11	19	39	1.86
71199869--71200001	24	5.5	24	70	10	76	25	14	28	31	1.95
71204133--71204159	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
71214073--71214099	10	2.7	10	100	0	54	22	18	22	37	1.95
71219676--71219738	30	2.1	30	100	0	126	28	12	26	31	1.93
71219629--71219787	79	2.0	79	100	0	318	30	10	28	30	1.90
71219706--71219914	49	4.3	49	92	2	336	32	7	30	30	1.84
71219708--71219914	96	2.2	98	92	3	350	32	7	29	30	1.84
71224203--71224272	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
71224203--71224284	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
71232137--71232206	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
71232137--71232218	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
71235742--71235794	23	2.4	22	80	3	61	18	1	24	54	1.54
71237625--71237687	30	2.1	30	90	0	99	57	15	3	23	1.53
71237665--71237695	12	2.7	11	90	9	53	70	6	0	22	1.09
71239219--71239249	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
71251898--71252073	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71251895--71252065	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71258024--71258186	39	4.2	39	91	0	245	23	32	20	22	1.98
71260641--71260716	38	2.0	38	100	0	152	34	5	15	44	1.69
71264751--71264838	45	1.9	46	84	6	117	37	14	20	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71276909--71276949	12	3.3	13	86	6	59	2	7	12	78	1.06
71276949--71277002	24	2.2	24	93	0	90	9	25	12	51	1.70
71278902--71278948	21	2.2	22	85	11	62	38	51	6	4	1.47
71281803--71281954	40	3.8	40	88	1	216	23	23	28	23	1.99
71284373--71284417	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
71295363--71295696	50	6.6	50	84	5	334	26	18	31	23	1.97
71295440--71295553	57	2.0	57	98	0	219	26	18	31	23	1.97
71295389--71295696	107	3.0	104	78	8	344	25	18	31	23	1.98
71295454--71295607	57	2.8	57	85	6	180	26	17	33	22	1.96
71295497--71295696	48	4.1	48	85	6	249	23	18	33	25	1.96
71296860--71296912	25	2.1	25	100	0	106	32	16	15	35	1.90
71306044--71306073	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
71309972--71310044	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
71311218--71311275	26	2.3	26	82	8	66	6	15	1	75	1.09
71317873--71317945	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
71319114--71319169	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
71321652--71321818	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
71321647--71321818	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
71324163--71324191	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
71325519--71325704	91	2.0	91	91	0	300	21	7	13	56	1.62
71325732--71325787	23	2.4	23	82	5	69	39	17	14	28	1.89
71325849--71325878	4	7.5	4	92	0	51	46	23	3	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71325909--71325936	8	3.5	8	100	0	56	85	0	0	14	0.59
71326673--71326707	16	2.1	17	89	5	54	37	0	5	57	1.23
71328372--71328415	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
71333555--71333584	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71334939--71334979	12	3.5	12	83	6	57	53	14	14	17	1.73
71335621--71335666	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
71335621--71335653	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
71351360--71351385	9	2.9	9	100	0	52	46	7	0	46	1.31
71352013--71352048	16	2.2	16	90	0	54	33	2	2	61	1.25
71365108--71365150	15	2.6	17	89	10	72	37	16	4	41	1.69
71365831--71365878	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
71365892--71365982	43	2.2	44	88	7	136	28	5	13	52	1.62
71370568--71370615	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
71370625--71370722	43	2.3	42	89	7	144	31	5	13	50	1.63
71382525--71382584	28	2.1	28	81	6	68	66	3	1	28	1.17
71382535--71382592	18	3.2	18	76	16	57	62	3	0	34	1.12
71385351--71385452	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
71388863--71389038	40	4.5	39	86	7	225	26	26	21	26	1.99
71392394--71392453	28	2.1	28	81	6	68	66	3	1	28	1.17
71392404--71392461	18	3.2	18	76	16	57	62	3	0	34	1.12
71395217--71395318	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
71402272--71402331	28	2.1	28	81	6	68	66	3	1	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71402282--71402339	18	3.2	18	76	16	57	62	3	0	34	1.12
71405125--71405198	29	2.5	28	82	4	85	29	33	17	18	1.94
71408611--71408835	40	5.7	40	86	5	280	25	26	21	25	2.00
71408611--71408835	79	2.8	79	83	7	285	25	26	21	25	2.00
71408611--71408835	119	1.9	120	83	8	298	25	26	21	25	2.00
71411334--71411480	47	3.1	47	86	0	195	27	29	10	32	1.91
71421235--71421312	35	2.2	35	86	0	111	30	23	20	25	1.98
71423220--71423342	46	2.6	45	83	10	133	28	18	28	24	1.98
71425900--71426032	54	2.5	54	92	0	221	32	26	18	23	1.97
71428283--71428469	29	6.6	29	87	4	238	25	15	32	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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