genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  240  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74862328--74862375	19	2.6	19	80	3	53	39	2	10	47	1.49
74865467--74865522	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
74867379--74867448	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
74871430--74871634	47	4.3	47	91	1	302	31	8	31	28	1.86
74873494--74873560	22	3.0	23	73	16	70	35	8	5	49	1.59
74873485--74873554	21	3.3	21	75	11	79	35	10	7	47	1.65
74874484--74874531	18	2.7	18	100	0	96	35	14	12	37	1.84
74874960--74875197	72	3.3	72	91	2	383	23	5	15	55	1.62
74877018--74877074	19	2.9	19	89	7	80	56	0	0	43	0.99
74877235--74877274	13	3.1	13	88	0	53	40	20	7	32	1.80
74877240--74877277	13	2.9	13	92	0	58	39	23	7	28	1.83
74877255--74877300	13	3.5	13	81	0	56	39	23	8	28	1.84
74879229--74879281	21	2.5	21	87	0	79	24	32	32	11	1.91
74881216--74881274	29	2.0	29	100	0	118	28	10	13	47	1.75
74881365--74881435	28	2.5	28	88	4	99	25	25	16	32	1.96
74883412--74883640	47	4.9	48	74	10	181	24	29	18	27	1.98
74883470--74883638	46	3.6	47	78	7	150	23	29	18	28	1.98
74885305--74885345	21	2.0	20	85	4	55	39	9	9	41	1.71
74885381--74885435	21	2.6	21	100	0	110	18	38	30	12	1.88
74887441--74887518	38	2.1	38	100	0	156	42	5	15	37	1.69
74887892--74887980	42	2.1	42	91	0	142	21	31	23	23	1.98
74888795--74888846	23	2.2	23	93	3	86	53	13	5	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74889660--74889753	45	2.1	45	100	0	188	47	21	2	28	1.62
74890517--74890604	45	2.0	45	93	2	151	28	26	17	28	1.97
74892415--74892484	36	1.9	36	88	0	104	42	27	12	17	1.85
74899358--74899394	18	2.0	19	85	15	51	16	18	37	27	1.92
74905125--74905325	108	1.9	108	87	2	296	34	18	21	25	1.96
74907272--74907318	25	1.9	25	91	4	78	40	0	2	57	1.11
74909218--74909259	19	2.2	19	95	0	75	50	9	16	23	1.75
74909226--74909268	19	2.3	19	84	8	52	48	6	18	25	1.73
74909372--74909408	18	2.1	18	89	0	56	40	18	18	21	1.91
74911336--74911375	21	1.9	21	89	0	62	45	22	10	22	1.82
74915438--74915506	25	2.8	25	76	10	70	18	23	18	39	1.93
74915469--74915546	25	3.2	25	74	18	74	25	24	20	29	1.99
74915442--74915546	49	2.1	49	82	6	124	23	22	20	33	1.97
74915477--74915550	25	3.0	25	76	9	80	27	25	18	28	1.98
74915692--74915750	31	1.9	31	83	16	79	44	6	15	33	1.73
74917240--74917288	14	3.5	14	91	0	80	40	12	10	36	1.77
74923515--74923556	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
74923900--74923930	8	3.9	8	91	0	53	6	38	25	29	1.81
74923900--74923944	16	2.6	17	89	10	65	6	33	24	35	1.82
74936691--74936762	25	2.9	24	77	6	72	26	22	15	36	1.93
74940209--74940302	28	3.3	29	79	2	93	21	10	37	30	1.87
74945173--74945197	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74947514--74947565	27	1.9	27	84	0	68	36	19	11	32	1.87
74947820--74947874	22	2.5	22	81	0	74	12	30	25	30	1.93
74948879--74948942	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
74949135--74949328	25	8.0	23	83	9	219	27	22	21	28	1.99
74949374--74949457	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
74949379--74949453	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
74949501--74949548	25	1.9	25	91	0	78	27	14	25	33	1.94
74950704--74950787	27	3.1	27	91	3	125	22	25	21	30	1.98
74950849--74951078	27	8.4	27	78	5	131	32	8	19	39	1.82
74950937--74951078	54	2.6	54	84	5	187	30	7	21	39	1.82
74950826--74951078	81	3.1	79	73	11	215	31	9	20	39	1.84
74951057--74951266	27	7.8	26	85	4	206	40	6	23	29	1.80
74951030--74951190	54	3.0	54	85	0	160	39	7	21	31	1.81
74951057--74951258	54	3.8	53	85	3	237	41	6	22	30	1.79
74951046--74951293	107	2.3	108	78	3	259	38	6	23	31	1.81
74951272--74951361	27	3.3	26	81	6	99	32	8	17	41	1.81
74956212--74956276	20	3.2	20	73	0	67	21	23	20	35	1.96
74957986--74958027	13	3.2	13	86	0	57	19	4	33	42	1.72
74959513--74959543	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
74959773--74959841	34	2.0	34	100	0	138	49	14	5	30	1.67
74963250--74963355	37	2.9	37	89	0	167	26	30	17	25	1.98
74963504--74963688	48	3.8	48	89	4	291	30	26	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74963504--74963687	98	1.9	97	91	4	300	30	26	6	36	1.82
74963658--74963851	47	4.1	47	88	0	271	26	29	10	33	1.89
74967981--74968110	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
74967997--74968148	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
74967997--74968146	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
74973713--74973787	22	3.3	22	64	14	62	32	10	30	26	1.90
74973689--74973801	46	2.2	51	79	20	146	32	7	30	30	1.84
74973712--74973815	46	2.2	47	96	1	192	34	7	29	27	1.85
74975776--74975880	38	2.8	38	79	5	106	30	18	23	27	1.97
74975908--74976133	40	5.7	40	91	0	353	22	24	27	25	2.00
74977559--74977892	49	6.9	49	92	2	509	32	8	29	28	1.87
74979976--74980205	79	2.9	79	88	0	334	24	21	28	25	1.99
74979976--74980205	40	5.8	40	88	2	329	24	21	28	25	1.99
74983034--74983367	49	6.9	49	92	2	509	32	8	29	28	1.87
74985452--74985683	40	5.8	40	88	0	329	25	21	28	25	1.99
74989739--74989924	49	3.8	49	98	0	363	32	9	29	28	1.89
74989900--74989947	23	2.1	23	92	0	78	31	6	35	27	1.82
74989932--74990059	47	2.7	47	92	0	211	32	7	32	28	1.84
74989802--74990041	119	2.0	118	88	3	356	31	8	31	27	1.87
74989851--74989994	70	2.0	71	91	2	236	32	8	31	27	1.86
74991868--74991922	25	2.2	25	77	6	58	30	12	29	27	1.93
74997491--74997855	49	7.7	47	91	3	502	32	7	30	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74999783--74999994	40	5.2	41	84	3	214	24	22	27	25	2.00
74999977--75000154	43	4.1	43	96	0	311	14	21	32	31	1.93
75003895--75004236	46	7.7	46	76	15	260	32	7	30	29	1.84
75003895--75004183	47	6.5	42	76	16	207	33	6	29	30	1.83
75004021--75004232	47	4.6	47	80	11	224	32	7	31	29	1.84
75004110--75004188	25	3.3	25	66	20	78	32	3	31	31	1.76
75005735--75005909	40	4.4	40	84	7	216	25	23	27	23	2.00
75005735--75005909	79	2.2	78	85	7	230	25	23	27	23	2.00
75005768--75005935	79	2.1	80	81	5	191	27	23	26	22	2.00
75013807--75014010	40	5.1	40	77	8	175	27	22	25	25	1.99
75013793--75013970	40	4.4	40	82	4	198	25	23	25	25	2.00
75013793--75013970	79	2.2	81	85	4	236	25	23	25	25	2.00
75013827--75014010	79	2.3	80	80	6	212	28	23	23	23	1.99
75021083--75021211	54	2.5	52	80	12	151	37	17	18	27	1.93
75021111--75021245	27	5.0	27	76	7	139	36	16	20	26	1.94
75021112--75021246	54	2.5	54	83	7	175	36	17	20	25	1.94
75021449--75021557	27	4.0	27	86	5	139	19	22	22	36	1.95
75021680--75021748	12	5.7	12	74	16	61	20	20	11	47	1.80
75023694--75023850	43	3.7	43	74	5	122	31	22	18	28	1.97
75026130--75026155	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
75033077--75033300	29	8.0	28	74	11	145	24	15	23	36	1.94
75036761--75037050	48	6.0	48	92	0	481	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75037194--75037292	36	2.7	37	92	3	164	23	18	34	24	1.96
75043099--75043232	70	1.9	70	90	0	214	28	23	10	37	1.88
75045641--75045725	17	4.7	17	69	18	64	48	11	2	37	1.53
75045632--75045747	56	2.1	56	96	0	214	46	13	3	36	1.61
75054456--75054538	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
75056752--75056877	24	5.2	24	85	4	157	29	19	20	30	1.97
75056926--75056992	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
75056926--75056981	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
75058668--75058705	20	2.1	19	85	14	53	76	0	15	7	1.01
75060013--75060115	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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