genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  325  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101694903--101694936	14	2.4	14	90	0	50	23	11	11	52	1.70
101696697--101696775	19	4.2	19	83	9	108	40	8	15	35	1.78
101696703--101696775	36	2.0	38	91	5	123	41	9	13	35	1.77
101697289--101697339	26	2.0	26	85	7	70	27	3	7	60	1.42
101700871--101700905	19	1.9	18	88	11	54	37	0	20	42	1.52
101701139--101701225	40	2.2	40	83	4	113	24	17	25	33	1.96
101703978--101704091	56	2.0	56	100	0	228	34	17	17	30	1.93
101704194--101704336	48	3.0	48	86	0	187	27	24	20	26	1.99
101707860--101707947	45	2.0	44	82	8	106	30	14	29	25	1.95
101707956--101708079	47	2.6	47	86	7	144	25	19	27	27	1.99
101710386--101710570	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
101710439--101710603	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
101713627--101713717	37	2.4	37	88	1	137	25	31	17	25	1.97
101713813--101714291	49	9.4	49	82	11	561	28	32	9	29	1.89
101713908--101714044	70	2.0	70	98	0	265	25	31	13	29	1.93
101713859--101714090	119	1.9	119	94	0	410	27	32	11	28	1.92
101713813--101714142	168	2.0	168	96	0	615	28	32	10	29	1.90
101717541--101717675	29	4.7	29	99	0	261	23	33	17	25	1.96
101719766--101719856	37	2.4	37	88	1	137	25	31	17	25	1.97
101719952--101720481	49	10.4	49	83	9	659	28	33	9	28	1.88
101720096--101720232	70	2.0	70	98	0	265	25	31	13	29	1.93
101720047--101720278	119	1.9	119	95	0	419	27	32	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101719998--101720330	168	2.0	168	96	0	612	27	32	10	29	1.90
101719952--101720376	217	2.0	217	95	0	760	28	33	9	28	1.88
101727951--101728135	40	4.6	39	81	5	194	24	21	28	25	1.99
101728004--101728168	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
101737345--101737600	94	2.7	96	80	6	281	27	25	19	27	1.99
101737345--101737600	48	5.4	48	77	10	256	27	25	19	27	1.99
101740337--101740544	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
101748435--101748642	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
101754551--101754583	9	3.7	9	88	12	50	45	0	24	30	1.53
101755344--101755446	40	2.6	40	81	6	111	21	16	29	33	1.95
101755460--101755538	28	2.8	28	84	0	113	32	10	25	31	1.89
101763317--101763565	48	5.4	48	70	11	157	25	26	20	27	1.99
101763315--101763526	90	2.4	90	80	1	228	27	24	20	27	1.99
101763403--101763493	42	2.2	42	83	0	110	26	28	19	25	1.99
101767919--101768126	40	5.2	40	81	4	224	25	22	26	25	2.00
101772118--101772326	49	4.3	49	97	1	386	32	8	28	30	1.87
101773955--101774022	34	2.0	34	100	0	136	35	26	17	20	1.95
101775702--101775764	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
101783250--101783339	40	2.2	40	88	0	135	42	20	24	13	1.87
101783493--101783581	25	3.5	25	72	14	74	16	42	14	25	1.87
101785365--101785399	18	1.9	18	94	0	61	37	8	37	17	1.80
101786336--101786379	13	3.2	14	81	15	56	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101789879--101789910	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
101790337--101790669	24	13.9	24	71	11	218	26	11	25	36	1.90
101790337--101790638	48	6.3	48	75	3	284	26	11	24	37	1.89
101790338--101790638	96	3.1	96	93	0	503	26	11	24	36	1.90
101794837--101794944	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
101796428--101796480	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
101797020--101797127	26	4.2	26	93	0	189	36	25	6	32	1.81
101802545--101802597	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
101804049--101804156	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
101808328--101808388	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
101812661--101812809	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
101812702--101812809	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
101816616--101816783	40	4.2	40	82	2	196	25	27	22	25	2.00
101825347--101825512	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
101825347--101825496	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
101827770--101827899	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
101835851--101835980	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
101839903--101839937	17	2.1	17	88	0	52	5	25	45	22	1.74
101858214--101858310	40	2.4	41	84	6	119	29	28	16	24	1.97
101859471--101859500	13	2.3	13	94	0	51	23	6	36	33	1.81
101861776--101861803	12	2.3	12	100	0	56	42	25	10	21	1.85
101862715--101862840	41	3.0	41	93	3	209	29	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101862799--101862922	47	2.7	46	85	7	162	29	26	16	27	1.97
101862947--101863064	31	3.8	31	85	4	157	28	27	16	26	1.97
101863040--101863168	50	2.5	51	91	2	206	24	23	17	34	1.96
101870835--101871007	43	4.0	44	76	12	171	23	17	26	31	1.97
101874773--101874842	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
101875396--101875421	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
101882681--101882750	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
101883305--101883334	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
101885760--101885923	40	4.2	39	77	3	168	26	20	26	26	1.99
101885757--101885923	80	2.1	80	82	4	196	25	21	26	25	2.00
101893765--101893912	40	3.7	40	85	1	172	27	22	27	22	1.99
101893765--101893932	80	2.1	80	82	5	198	26	22	27	24	2.00
101893765--101893932	40	4.2	40	76	9	164	26	22	27	24	2.00
101896724--101896896	46	3.8	45	79	10	206	22	21	26	29	1.99
101896720--101896891	93	1.8	93	94	0	308	22	21	27	28	1.99
101897764--101897804	21	2.0	21	85	0	55	53	2	2	41	1.27
101901569--101901700	47	2.8	48	86	6	180	21	14	28	35	1.93
101905203--101905249	18	2.7	18	86	3	60	48	4	8	38	1.53
101914173--101914734	297	1.9	292	80	5	657	40	9	12	37	1.76
101915528--101915664	7	19.7	7	76	8	120	27	2	29	40	1.68
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101989517--101989698	80	2.3	80	82	0	220	24	26	23	25	2.00
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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