genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  268  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83511142--83511183	21	2.0	21	95	0	75	40	19	2	38	1.64
83512785--83512900	29	4.0	29	78	8	112	29	27	15	27	1.96
83512776--83512887	58	1.9	58	85	3	154	27	29	16	26	1.97
83516281--83516434	39	3.9	38	90	4	209	23	30	20	25	1.99
83516272--83516434	78	2.1	80	87	4	242	24	31	20	23	1.98
83520618--83520733	29	4.0	29	79	8	112	28	27	15	28	1.96
83520610--83520720	58	1.9	57	85	7	152	26	29	16	27	1.97
83524807--83524861	26	2.2	25	83	9	67	16	14	25	43	1.86
83526419--83526605	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
83526442--83526605	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83526442--83526639	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
83533989--83534175	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
83534012--83534175	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
83534012--83534209	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
83535479--83535562	29	2.9	30	75	3	82	29	27	11	30	1.92
83535464--83535576	58	1.9	58	82	3	138	26	30	15	28	1.96
83536880--83537054	46	3.8	46	77	11	169	22	29	21	26	1.99
83540425--83540632	40	5.2	40	83	2	240	25	21	26	26	1.99
83545517--83545552	19	1.9	19	88	5	56	27	8	0	63	1.23
83550087--83550250	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
83550087--83550284	71	2.8	70	90	3	231	21	27	16	34	1.95
83561029--83561054	11	2.4	11	100	0	52	19	34	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83561719--83561809	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
83561905--83562222	49	6.5	49	94	2	507	29	30	8	30	1.88
83565764--83566039	29	9.6	29	97	0	491	25	31	15	26	1.96
83565767--83566071	144	2.1	145	93	1	524	25	31	16	26	1.97
83568121--83568240	36	3.3	37	94	3	208	20	33	20	25	1.97
83568342--83568707	49	7.5	49	94	3	587	30	30	8	30	1.87
83572315--83572626	46	6.7	46	78	12	352	22	20	27	29	1.99
83572312--83572482	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
83572316--83572626	139	2.2	139	98	0	595	22	20	27	28	1.99
83575595--83575765	46	3.7	45	75	11	168	30	27	19	22	1.98
83575643--83575785	47	3.1	44	73	16	123	30	27	19	22	1.98
83576186--83576242	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
83580647--83580728	21	3.8	21	68	15	67	25	10	20	42	1.85
83580654--83580739	45	1.9	45	87	0	127	26	9	22	41	1.83
83582877--83582909	16	2.1	16	88	11	50	51	3	24	21	1.62
83583461--83583620	42	3.7	42	72	12	126	26	19	26	28	1.99
83585378--83585560	66	2.8	64	77	9	194	30	17	29	22	1.97
83600612--83600702	34	2.6	36	79	5	107	26	18	23	31	1.97
83603173--83603491	49	6.1	49	80	13	361	30	7	30	31	1.85
83603310--83603350	18	2.3	18	100	0	82	26	0	34	39	1.57
83603261--83603399	67	2.1	67	98	0	269	28	5	33	33	1.79
83603211--83603448	116	2.1	116	95	0	440	29	6	31	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83603173--83603491	165	1.9	165	95	0	575	30	7	30	31	1.85
83603325--83603530	98	2.1	96	82	7	252	32	7	30	30	1.86
83603562--83603648	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
83605113--83605227	43	2.7	43	80	1	151	31	22	14	31	1.94
83606375--83606445	31	2.3	31	92	0	115	45	12	19	22	1.84
83606584--83606685	27	3.8	27	84	5	125	35	19	24	20	1.96
83606844--83606908	22	3.0	21	78	13	60	35	23	20	21	1.96
83607336--83607664	27	12.2	27	85	4	389	25	20	19	34	1.96
83607648--83607746	27	3.7	27	68	5	74	34	8	20	37	1.82
83607695--83608067	54	7.0	54	87	2	493	32	8	19	39	1.82
83607695--83608067	107	3.5	107	86	4	493	32	8	19	39	1.82
83607704--83608067	27	13.6	27	82	2	430	31	8	19	39	1.82
83610043--83610136	6	15.3	6	68	16	59	48	12	18	20	1.80
83610064--83610136	31	2.4	31	92	0	119	47	12	19	20	1.81
83610273--83610374	27	3.8	27	84	5	125	35	19	24	20	1.96
83610533--83610597	22	3.0	21	78	13	60	35	23	20	21	1.96
83611025--83611377	27	13.2	27	88	2	500	24	21	19	33	1.97
83611359--83611431	27	2.7	26	72	8	74	31	8	23	36	1.84
83611413--83611809	27	14.8	26	83	4	407	31	8	20	39	1.82
83611413--83611809	81	4.9	80	85	1	481	31	8	20	39	1.82
83611470--83611809	27	12.6	27	86	0	439	32	7	19	40	1.80
83614097--83614244	40	3.6	41	78	4	147	24	29	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83614417--83614514	28	3.5	28	88	0	133	29	22	10	37	1.87
83616033--83616195	39	4.2	39	90	0	254	24	33	19	22	1.97
83623696--83624001	40	7.5	41	72	11	202	24	29	18	26	1.98
83623696--83623959	81	3.3	80	77	14	326	25	29	18	26	1.98
83623684--83624002	160	2.0	160	98	0	620	25	28	18	27	1.98
83629435--83629658	47	4.8	48	79	8	203	28	19	30	21	1.98
83629397--83629658	94	2.8	94	77	10	236	29	19	29	22	1.98
83629807--83629831	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
83630240--83630315	38	2.0	38	92	0	125	30	10	28	30	1.90
83630559--83630645	40	2.2	40	91	4	140	18	20	44	16	1.86
83640064--83640128	21	3.2	21	75	20	84	40	20	26	13	1.89
83640058--83640146	39	2.3	39	98	0	169	38	22	24	14	1.92
83651241--83651287	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
83653480--83653690	40	5.3	40	86	4	277	27	27	19	25	1.99
83653508--83653690	79	2.3	79	92	1	305	26	27	19	26	1.99
83653508--83653743	40	5.9	40	84	8	261	27	27	19	25	1.99
83653508--83653743	79	3.0	79	85	6	300	27	27	19	25	1.99
83658328--83658387	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
83665307--83665477	45	3.7	46	80	14	210	28	28	21	21	1.98
83665312--83665480	92	1.8	92	94	2	304	27	29	21	21	1.98
83665899--83665958	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
83671854--83672117	40	6.7	40	84	5	313	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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83750848--83750920	31	2.4	31	92	0	119	49	13	17	19	1.80
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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