genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  264  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82060105--82060175	30	2.5	27	86	6	88	29	28	14	28	1.95
82064279--82064381	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
82070151--82070268	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82070119--82070282	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82077688--82077805	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82077656--82077819	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82085042--82085139	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
82092723--82092820	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
82097021--82097204	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
82097061--82097249	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
82105136--82105319	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
82105176--82105364	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
82108382--82108563	79	2.3	79	84	8	230	24	22	27	25	2.00
82108382--82108563	40	4.7	40	85	7	232	24	22	27	25	2.00
82116471--82116651	40	4.5	40	82	5	188	24	20	27	27	1.99
82116524--82116688	80	2.1	79	79	7	174	26	19	26	27	1.99
82116472--82116675	40	5.1	40	78	10	118	24	20	27	26	1.99
82122773--82122938	46	3.6	46	78	13	187	21	18	28	30	1.97
82122767--82122992	93	2.4	93	89	1	337	21	18	29	30	1.97
82122767--82122985	46	4.7	46	74	16	159	21	18	29	30	1.97
82140756--82140848	40	2.3	40	92	0	150	22	18	21	37	1.94
82140758--82140892	40	3.4	40	80	8	132	24	16	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82157881--82157907	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
82165407--82165543	40	3.4	40	84	2	168	24	16	24	35	1.94
82167816--82167900	34	2.6	31	89	8	102	63	11	7	17	1.49
82167835--82167903	34	2.0	34	100	0	138	65	11	5	17	1.44
82170242--82170296	27	2.0	27	100	0	110	32	7	10	49	1.65
82174955--82175039	26	3.2	26	69	12	82	36	21	9	32	1.85
82175088--82175154	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
82175204--82175321	23	5.0	24	85	7	161	29	20	20	29	1.97
82175514--82175577	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
82183497--82183585	20	4.5	19	80	9	97	42	20	28	8	1.82
82183496--82183585	40	2.2	40	90	3	137	42	20	28	8	1.82
82185020--82185101	43	1.9	43	92	0	137	21	20	29	28	1.98
82190556--82190588	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
82190869--82190893	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
82192362--82192533	46	3.7	46	77	11	199	22	19	27	30	1.98
82200688--82200873	40	4.7	40	100	0	372	21	29	23	25	1.99
82207567--82207748	40	4.6	39	86	7	226	27	25	21	25	1.99
82207532--82207748	80	2.8	78	81	8	228	27	25	20	26	1.99
82215622--82215750	40	3.2	40	90	3	181	29	27	18	24	1.98
82229241--82229287	24	2.0	24	87	8	69	31	21	4	42	1.72
82229613--82229842	68	3.5	66	77	9	177	24	30	14	30	1.95
82235324--82235362	13	3.1	12	85	10	51	76	5	15	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82237454--82237649	53	3.6	54	77	8	184	22	23	16	36	1.94
82237465--82237651	55	3.5	54	80	7	186	21	23	17	37	1.94
82237640--82237757	47	2.5	47	91	1	184	24	26	15	33	1.95
82237784--82237896	45	2.4	47	73	18	119	25	23	17	32	1.97
82237809--82237894	45	1.9	45	85	4	120	23	25	17	33	1.96
82239601--82239710	18	6.1	18	76	4	105	35	12	14	37	1.84
82239601--82239682	36	2.3	36	86	0	119	36	13	14	35	1.86
82239601--82239706	54	2.0	54	84	0	140	35	13	14	36	1.85
82245968--82246117	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
82245992--82246174	67	2.8	64	76	8	183	30	16	30	22	1.96
82247257--82247283	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
82248979--82249005	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
82256950--82257112	39	4.2	39	92	0	254	24	32	20	22	1.98
82261931--82261979	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
82262019--82262079	10	5.9	10	71	7	50	34	14	16	34	1.89
82262019--82262079	21	2.9	21	77	0	68	34	14	16	34	1.89
82268595--82268630	18	2.0	18	88	0	54	22	0	30	47	1.52
82271398--82271605	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	25	2.00
82274774--82274991	40	5.5	40	86	2	271	23	23	27	25	2.00
82277728--82277772	20	2.2	20	100	0	90	17	42	6	33	1.76
82279808--82279971	72	2.3	73	88	1	249	13	32	4	50	1.61
82283049--82283115	33	2.0	33	94	0	116	25	13	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82283808--82283896	43	2.0	46	82	6	112	33	24	7	33	1.84
82283882--82283960	16	4.9	16	88	0	113	30	24	5	40	1.76
82285920--82285987	22	3.0	22	81	10	84	41	19	23	16	1.90
82285964--82286020	29	1.9	29	92	3	96	43	15	19	21	1.87
82287158--82287203	15	2.8	17	80	12	60	47	0	0	52	1.00
82287166--82287209	22	2.0	23	90	4	72	50	0	0	50	1.00
82292910--82292973	28	2.3	28	83	0	83	35	10	23	29	1.89
82293046--82293229	39	4.7	39	89	2	253	19	22	28	29	1.98
82295313--82295356	6	7.2	6	84	5	61	45	15	20	18	1.85
82296399--82296432	17	1.9	18	94	5	61	0	29	0	70	0.87
82296407--82296436	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
82296967--82297008	20	2.2	19	87	12	59	57	7	0	35	1.26
82304936--82305074	39	3.5	39	81	6	131	21	27	25	25	1.99
82304944--82305126	79	2.3	78	81	9	203	23	27	24	25	2.00
82311261--82311445	79	2.3	81	81	9	211	23	28	23	24	2.00
82311254--82311392	40	3.5	40	83	4	149	21	28	24	25	1.99
82316142--82316174	17	1.9	17	93	0	57	30	12	6	51	1.63
82316445--82316477	17	1.9	17	93	0	57	24	3	15	57	1.52
82319786--82319849	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
82320043--82320232	24	8.0	24	89	4	269	26	21	23	28	1.99
82320042--82320233	47	4.0	48	89	4	282	26	20	22	29	1.99
82320043--82320233	71	2.7	72	88	4	280	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82320290--82320366	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
82320286--82320368	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
82320286--82320357	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
82321693--82322222	27	19.6	27	84	5	610	41	9	21	27	1.84
82324070--82324113	18	2.4	19	76	3	54	45	11	20	22	1.83
82324094--82324197	45	2.3	45	81	3	129	42	14	17	25	1.87
82325171--82325220	18	2.7	19	78	12	59	2	26	0	72	0.96
82325750--82325791	20	2.2	19	87	12	59	54	4	0	40	1.21
82334238--82334270	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
82338612--82338956	49	7.1	47	89	5	519	33	8	28	29	1.87
82338621--82338956	96	3.5	96	94	1	555	33	8	28	29	1.87
82338612--82338955	145	2.4	145	95	2	602	33	8	29	29	1.87
82338948--82339147	48	4.2	48	94	0	346	32	6	29	32	1.82
82339195--82339314	37	3.2	37	96	0	222	25	18	33	23	1.97
82342815--82342854	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
82353021--82353152	40	3.3	40	92	2	194	30	27	18	24	1.98
82354817--82354919	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
82362119--82362254	67	2.0	67	95	0	245	38	21	9	30	1.85
82363739--82363847	37	2.9	37	93	0	173	27	31	17	23	1.97
82363989--82364117	48	2.7	48	92	0	204	27	27	7	37	1.84
82364097--82364136	19	2.1	19	95	0	71	20	27	15	37	1.92
82364049--82364184	67	2.0	67	98	0	263	27	25	8	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82364116--82364602	48	9.8	48	79	11	466	29	26	7	35	1.83
82363989--82364442	163	2.8	162	80	10	591	28	27	7	36	1.84
82364001--82364347	115	3.0	115	95	0	604	29	26	7	36	1.84
82364164--82364299	67	2.0	67	94	0	236	29	26	7	36	1.83
82364231--82364602	96	3.9	96	94	0	647	30	27	6	35	1.83
82364231--82364598	191	1.9	192	94	0	648	29	27	7	35	1.83
82367420--82368059	324	2.0	320	86	3	899	35	21	14	28	1.93
82368443--82369200	379	2.0	379	98	0	1453	39	8	18	33	1.81
82372792--82372944	43	3.5	44	80	9	190	24	17	25	32	1.97
82380630--82380668	19	2.1	19	100	0	78	43	15	10	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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